行政院主計總處106年度之施政目標第4點為「發揮內部控制功能，協助達成施政目標」；復依該總處內部控制書所列整體層級目標(二)願景之第1項係落實政府內部控制、提升本總處服務品質。爰落實內部控制係該總處重要施政目標及願景。該總處106年度「一般行政」之「政府內部控制規劃及督導」計畫決算數188萬6千元。經查：
(一)105及106年度內部控制關鍵指標設置不足，允宜檢討改善
查近年該總處多以行政院暨所屬機關(構)簽署內部控制聲明書完成率作為年度管控之關鍵績效指標，依105及106年度預算書所列管控目標值分別為104年度內部控制制度聲明書試辦簽署完成率及105年度行政院暨所屬機關(構)簽署內部控制聲明書簽署完成率，爰其內部控制制度聲明書之簽署係事後辦理，而辦理目標值則分別為90%及75%。復依該總處提供考核結果，該2年度分別完成118個試辦機關簽署率100%、792個行政院暨所屬機關(構)簽署率82%，雖已達成目標，惟內部控制之5大組成要素均宜於事前或事中辦理，是以，該項考核方式不若於事中辦理具即時性及有效性，允宜審酌改善。復查依美國全美反舞弊財務報告委員會(COSO)提出之「內部控制－整體架構」報告中曾定義內部控制係由3大目標、5大組成要素合而為之架構，爰對內部控制之督考允宜加強著重前揭組成要素之完備性及目標之達成性等，而非僅有事後簽署聲明，仍待研謀加強，俾增效益。
(二)中央政府各機關被提出之相關財務及財物等內部控制機制未臻周全審核意見數仍多，且106年度意見數尚較105年度增加，顯示多有缺失尚須改善
依審計部101至106年度對中央政府各機關辦理相關財務及財物等內部控制機制未臻周全者之調查結果，各年度經審計部提出相關意見項數分別為258項、379項、370項、366項、338項及365項，106年度項數較105年度增加8%，顯示中央政府整體內部控制機制落實情形尚須改善；復以106年度各類意見項數相較105年度者，6類意見中4類呈明顯增加，包括對於內部稽(審)核之實施提出意見、對於財務(物)之管理與運用及其有關事項提出意見、對於產銷之經營管理提出意見、對於事務管理及其他事項提出意見，分別增加100%、56%、29%及11%(詳附表1)，顯示中央政府內部控制落實情形仍有不足，允宜強化內部控制機制，以達成管控風險、防止弊端，並增施政與營運效益及報導可靠性等目標。
附表1：中央政府內部控制機制未臻周全意見數表 單位:項
年度
對於內部稽(審)核之實施提出意見
對於計畫之實施及預算之執行提出意見
對於財務(物)之管理、運用及其有關事項提出意見
對於產銷之經營管理提出意見
對於採購作業提出意見
對於事務管理及其他事項提出意見
合計
106
18
252
39
22
4
30
365
105
9
251
25
17
9
27
338
104
22
211
45
33
21
34
366
103
24
224
49
26
21
26
370
102
20
236
51
23
18
31
379
101
13
148
44
14
17
22
258
※註：1.資料來源，審計統計及審計部(有關歸類係依審計部101年統計表「內部控制機制未臻周全者」各項類表達)。
綜上，主計總處主要施政目標包括「發揮內部控制功能，協助達成施政目標」，惟內部控制之督考指標設置不足，允宜加強著重5大組成要素之辦理完備性及目標之達成性等。復依審計部調查結果，106年度中央政府內部控制落實情形仍有不足，均宜檢討改善，俾增辦理效益。