為促進國立大學校院財務之彈性運作，政府依國立大學校院校務基金設置條例規定設置校務基金，而教育部為發展高等教育及提升學校資源使用效率，106年度於「國立大學校院教學與研究輔助」、「國立大學校院校務及附設醫院基金」計畫下編列423億5,029萬5千元及429億1,204萬元，以補助各校務基金教學、研究經費及資本支出經費。茲說明如下：
(一)106年度校務基金整體決算短絀雖較預算短絀縮減，亦較105年度決算短絀減少，惟七成以上校務基金仍為短絀，宜予檢討
1.國立大學校院校務基金設置條例第11條規定：「校務基金預算之編製，應以國立大學校院中長程發展計畫為基礎，審酌基金之財務及預估收支情形，在維持基金收支平衡或有賸餘之原則下，定明預估之教育績效目標，並納入年度財務規劃報告書，由國立大學校院公告之。」按國立大學校院由公務預算改制為校務基金，旨在賦予學校財務運用自主空間，鼓勵開源節流，提升運用績效；是以，校務基金之執行應以有賸餘或維持收支平衡為原則，各年度亦應以賸餘逐年成長或改善短絀為目標。
2. 106年度教育部於「國立大學校院教學與研究輔助」、「國立大學校院校務及附設醫院基金」計畫下編列423億5,029萬5千元及429億1,204萬元(決算數與預算數相同)，以補助各校務基金教學、研究經費及資本支出經費，而該年度計有50個校務基金，整體決算短絀36億1,221萬6千元，雖未達成收支平衡，惟較預算短絀61億4,267萬7千元，減少短絀25.3億餘元，亦較105年度整體決算短絀40億2,471萬6千元，減少短絀4.1億餘元，顯示106年度校務基金整體短絀情形已有所改善(詳附表1)。
3.106年度校務基金整體決算短絀雖較預算及105年度決算短絀減少，惟台灣大學等36個校務基金決算仍為短絀，未能達成收支平衡或有賸餘之原則，且短絀學校比率超過七成；其中海洋大學、台東大學、台灣師範大學及台東專科學校等4校之決算短絀，則較預算短絀及105年度決算短絀增加，允宜檢討短絀原因，俾儘速改進。
(二)部分學校實質賸餘減少，允宜賡續強化開源節流措施
1.為真實反映大學校務基金營運及財務運作績效，教育部訂有「不發生短絀方案」，該方案不計入餘絀計算項目包括代管資產之折舊費用，政府補助款及民間捐贈指定用於資本支出所增置資產之折舊費用，與其他財源增置資產之折舊費用乘以最近5年國庫撥款增置之比率，另決算餘絀尚需減除該年度遞延收入轉列收入之數額。
2.據教育部提供校務基金實質賸餘情況，106年度校務基金整體實質賸餘47億餘元，較105年度增加1.2億餘元，惟台灣大學等20個校務基金106年度實質賸餘較105年度減少，且據審計部106年度中央政府總決算審核報告指出，台灣大學、中山大學、陽明大學、嘉義大學、台灣師範大學、高雄師範大學、台北藝術大學、高雄海洋科技大學及台東專科學校等9校實質賸餘連續2年減少，恐潛藏補助收入以外之收入衰退或折舊費用以外之支出過度擴充風險，允宜確實檢討實質賸餘減少原因。
3.國立大學校院校務基金管理及監督辦法第23條規定：「學校校務基金及各項自籌收入之執行，應以有賸餘或維持收支平衡為原則；如實際執行有短絀情形，學校應擬訂開源節流計畫，經管理委員會審議通過後執行。」106年校務基金整體決算短絀雖較105年度減少，惟逾七成學校仍短絀，20個學校實質賸餘減少，教育部允宜督促各校妥擬開源節流措施，並賡續積極辦理。
綜上，國立大學校院校務基金之營運，106年度整體決算短絀情形較預算短絀縮減，亦較105年度決算短絀減少，惟逾七成學校仍為短絀，且部分學校實質賸餘減少，教育部允宜督促各校檢討營運短絀及實質賸餘減少原因，並賡續強化開源節流措施。
附表1：國立大學校院校務基金預、決算餘絀及實質餘絀情形
單位：新台幣千元
學校名稱
105年度
106年度
決算餘絀
實質餘絀
預算餘絀
決算餘絀
實質餘絀
台灣大學
-638,568
356,366
-637,717
-609,582
160,645
政治大學
-2,437
191,221
-121,799
15,810
218,633
清華大學
-349,581
101,994
-426,067
-289,546
137,832
中興大學
-213,010
38,769
-248,219
-201,189
57,531
成功大學
-528,775
6,185
-605,411-308,562
141,459
交通大學
-419,919
5,530
-387,969
-397,208
10,768
中央大學
-56,400
196,066
-253,485
-156,910
68,837
中山大學
-60,680
146,174
-159,732
-77,596
120,737
中正大學
-208,924
19,420
-256,330
-195,350
42,158
台灣海洋大學
-94,489
167,703
-79,137
-101,534
68,297
陽明大學
-47,985
90,071
-99,426
-44,922
77,955
東華大學
-13,483
216,495
-170,120
-34,559
191,506
暨南國際大學
-100,769
15,366
-114,025
-86,391
4,410
台北大學
-9,277
86,975
-101,762
3,548
129,822
嘉義大學
-16,895
120,623
-57,714
-53,474
99,085
高雄大學
-103,309
3,886
-138,302
-109,930
3,132
台東大學
-116,012
77,301
-143,164
-145,351
70,860
宜蘭大學
13,082
163,040
-74,667
871
163,628
聯合大學
-35,897
85,128
-102,880
-14,374
94,379
台南大學
-69,538
914
-94,103
-54,582
9,934
金門大學
-1,559
39,880
-59,372
10,678
52,725
屏東大學
-13,890
134,674
-17,228
13,552
158,083
台灣師範大學
-170,317
80,351
-172,951
-187,349
79,314
彰化師範大學
-102,576
26,212
-128,770
-90,455
33,025
高雄師範大學
-47,372
27,852
-106,284
-69,630
22,615
台北教育大學
40,931
73,492
451
54,239
84,624
台中教育大學
23,049
67,762
-2,104
20,942
71,332
台北藝術大學
-31,117
38,781
-37,339
-18,488
37,727
台灣藝術大學
-5,101
91,680
-64,757
10,303
105,024
台南藝術大學
-12,233
36,803
-33,148
-3,029
45,209
空中大學
32,317
43,777
-1,811
28,526
41,185
台灣科技大學
-110
188,783
-151,199
-6,933
181,230
台北科技大學
-118,685
192,622
-116,587
-51,893
275,558
雲林科技大學
-119,565
127,691
-131,799
-81,077
167,874
虎尾科技大學
-44,480
114,246
-69,116
-12,001
146,717
高雄第一科技大學
-93,093
63,356
-98,825
-97,608
57,639
高雄應用科技大學
-71,322
189,471
-102,769
-71,096
212,969
高雄海洋科技大學
-51,493
56,510
-92,838
-63,435
47,069
屏東科技大學
-91,418
101,824
-127,435
-61,892
129,755
澎湖科技大學
-36,226
33,474
-76,858
-37,847
42,632
勤益科技大學
-75,369
76,237
-80,625
-70,365
83,571
台北護理健康大學
-10,722
48,424
-52,594
8,507
73,272
高雄餐旅大學
-31,418
50,787
-63,966
-30,974
74,701
台中科技大學
90,996
249,209
21,337
94,142
240,091
台北商業大學
29,533
87,609
4,545
6,855
97,740
體育大學
1,869
73,769
-31,467
1,471
59,479
台灣體育運動大學
-25,607
30,187
-19,948
46,555
96,579
台灣戲曲學院
-4,388
52,701
-40,252
-2,440
55,741
台南護理專科學校
-24,568
35,557
-7,850
-20,598
38,813
台東專科學校
12,104
59,037
-9,089
-70,037
22,391
合 計
-4,024,716
4,581,986
-6,142,677
-3,612,216
4, 706,292
※註：1.資料來源，105年度及106年度審計部中央政府總決算審核報告-附冊附屬單位決算及綜計表非營業部分及教育部提供。
2.清華大學與新竹教育大學於105年11月間合併，本表將2校餘絀合併列示。
3.各校餘絀數與合計數之差異係進位尾差。
（分機：8655 歐婉如）