按政府捐助之財團法人，係為因應特殊行政任務或政策目的需要，所捐助成立或依法設置，允應有妥適之監督機制，以確認業務執行是否符合公益及設立目的，進而促其有效運作。目前財團法人內部監督，係透過董監事為重要決策及監督財務業務事宜，外部監督則包括行政、立法及審計等三種監督機制，並得依民法規定由法院為必要處分。立法監督主要為預算審議，審計監督則僅針對部分財團法人予以審核，並將審核情形列於審核報告；至行政監督部分，除各主管機關依其職權監督外，行政院另已針對財團法人訂定專法，甫於108年2月1日施行，因本研究後列問題與檢討涵括107年及108年，是以謹就施行前後之行政監督管理機制概述如下：

(一)財團法人法施行前之行政監督機制

各主管機關辦理財團法人之許可設立及監督管理，主要係依據民法相關規定及各主管機關依職權所訂定之命令辦理行政監督，監督密度視檢送預算書予本院審議與否而有所差異：

1.政府捐助基金累計逾50%之財團法人、日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人及依本院決議須將年度預算書送本院審議之財團法人

依國家發展委員會107年6月21日網站資料，行政院所訂政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點及相關通案性行政規則辦理行政監督，範圍涵蓋人事管理、財務管理、績效評估、法制規範等構面，針對各受監督財團法人每3年至少辦理1次實地查核，查核結果列為行政監督報告內容，由主管機關每年度編製受監督財團法人前1年度行政監督報告，提送行政監督專案小組各工作分組完成執行結果及行政監督分組報告，再由行政監督專案小組於每年8月31日完成前1年度行政監督總報告提報行政院。

2.政府捐助基金累計未逾50%，年度預算書無須送本院審議之財團法人

主管機關每年度將財團法人以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理，且財團法人每年須檢送業務計畫書、前1年度之執行業務報告書、經費預決算書、財產清冊及基金存款證明等書面資料報主管機關備查，主管機關並得派員進行檢查。

(二)財團法人法施行後之行政監督機制

財團法人法所定政府捐助之財團法人係指政府捐助基金逾50%之財團法人及日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，至政府捐助之其他財團法人則定義為民間捐助，監督密度亦有區別：

1.政府捐助基金逾50%之財團法人及日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人

前揭所述之行政監督專案小組，於107年10月17日裁撤解編，政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點及相關通案性行政規則亦停止適用。其後監督管控機制詢據法務部表示，財團法人法業已明定相關規定或明文授權各主管機關訂定相關子法，該部就重要管理事項說明如下：

(1)財產登記、董事、監察人任期及退場等事項，財團法人法業有明文規定。

(2)董事及監察人應報主管院遴聘（派）、解任者，行政院已訂定「遴聘派政府捐助之財團法人董事監察人作業辦法」，以規範相關事項。

(3)董事、監察人之兼職費與董事長及其他從業人員之薪資支給基準，應經主管機關審查及核准，並授權主管機關訂定監督規定。

(4)人事、會計、內部控制及稽核制度應報主管機關核定。

另該等財團法人亦應將其工作計畫、預算、工作成果及決算報主管機關，且主管機關應定期以書面或其他方式查核，如與洗錢或資恐高風險國家或地區有關者，並應檢附風險評估報告，並得視需要實地查核。財團法人法發布後之主要區別如下：行政監督專案小組裁撤解編，績效考評回歸各主管機關辦理，行政監督總報告不再由該小組彙整並提報行政院。

2.政府捐助基金未逾50%之財團法人

主管機關每年度將財團法人以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理，且財團法人每年須檢送工作計畫、經費預算、工作報告及財務報表等書面資料報主管機關備查，如與洗錢或資恐高風險國家或地區有關者，並應檢附風險評估報告，主管機關並得派員進行檢查。