依據中央政府總預算案揭示，我國營所稅之稅式支出金額從91年度986.67億元增至96年度之2,356.55億元，增加1,369.88億元，增幅高達138.84%，為近20年之最高。隨後因97年全球性金融風暴之衝擊，廠商投資減少及促產條例相關租稅優惠於98年底落日等影響，營所稅之稅式支出轉為減少，101年度為929.88億元，較96年度減少1,426.67億元，108年度估算營所稅之稅式支出僅625.33億元。經查：
(一)租稅優惠多集中在大型企業及電子業
1.以營收規模觀察，104年度營所稅合於獎勵規定之免稅所得為2,151億5,413萬3千元，其中營收5億元以上者占99.31%；104年度營所稅申報投資抵減稅額為105億2,059萬1千元，其中營收5億元以上者占97.82%(詳附錄之表9)。依據經濟部中小企業處統計資料，我國106年底中小企業數占全部企業之97.70%，惟享受之租稅優惠卻未達3%，顯示租稅優惠多集中在大型企業。現行產業創新條例第10條雖未限制適用企業之規模大小與產業別，惟中小企業受限於內部資源缺乏，在研發創新投入力道較為不足，恐限縮申請研發投資抵減之機會。
2.另以行業別觀察，107年度產業創新條例有關研究發展支出適用投資抵減稅額情形，製造業占整體之92.52%，其中電子零組件及電腦、電子產品及光學製品(以下簡稱電子業)等占整體之85.68%(詳附錄之表10)，顯示目前租稅減免並未能產業普遍受益。依據經濟部統計資料，我國107年第4季產業結構，服務業占64.37%，製造業僅占29.77%，其中電子業僅占製造業之32.64%，惟製造業享受9成之租稅優惠，電子業更享受8成之租稅優惠，顯示租稅優惠多集中在電子業，亦反映出傳統產業及服務業因其創新認定不易，申請研發投資抵減稅額仍相對困難。
(二)中小企業稅式支出評估，稅損有高估之虞，且中小企業申請租稅優惠之意願亦不高，恐弱化政府鼓勵中小企業發展之政策目標
1.為鼓勵我國中小企業發展，政府近年來推動多項租稅優惠措施，包括：「研發投資抵減」、「技術入股緩課」、「薪資加成減除」等。惟檢視中小企業稅式支出評估報告，稅損有高估之虞，例如:
(1)中小企業發展條例第35條(105.1.6)之稅式報告估計中小企業之研發抵減最初收入損失法之稅損為26.69億元，惟104年度適用中小企業發展條例第35條之營利事業抵減營所稅或上一年度未分配盈餘加徵稅額僅2億0,816萬3千元。
(2)另中小企業發展條例第36條之2第2項(105.1.6) 之稅式支出評估報告推估中小企業增僱24歲以下員工薪資費用加成減除150%之措施，以最初收入損失法計算所得稅損失為3,172萬元，惟105年度及106年度實際稅損僅約144萬2千元及228萬8千元等(詳附表2)，均低於預估數。
2.依據經濟部中小企業處「中小企業發展條例」第36條之2第3項實施成效報告之實施檢討略以，無需繳納營利事業所得稅及採擴大書審制（非查帳制）報稅之企業，因租稅優惠對其並無減少稅捐之效果，爰中小企業申請意願較低。而依財政部財政資訊中心《106年度營利事業所得稅結算申報案件收件統計表》，營業額3千萬以下採擴大書審制之家數比率高達6成，顯然有為數不少之中小企業因稅務問題而無意申請。
綜上，近20年來我國營所稅之稅式支出規模已大幅縮減，目前營所稅之租稅減免主要以適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之規定為最大宗，惟以往租稅優惠多集中在大型企業，且電子業所獲得租稅優惠亦高於其他產業，然而中小企業稅式支出評估卻有高估稅損之虞，且中小企業申請租稅優惠之意願亦不高，恐弱化政府鼓勵中小企業發展之政策目標，允宜兼顧財政收支平衡之外，配合我國產業結構調整租稅獎勵制度，以利經濟均衡發展。
附表2：中小企業發展條例稅式支出稅損推估與實際情形比較表
法案名稱
涉及減免租稅內容
推估稅損
實際稅損
中小企業發展條例第35條
(103.5.20)
中小企業投資於研究發展之支出，得選擇抵減率15%、抵減年限1年或抵減率10%、抵減年限3年;中小企業供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，耐用年數在2年以上者，縮短1/2。
1.最初收入損失法：適用「中小企業研發投抵」之營所稅損失26.69億元。(不含停用「公司研發投抵」之營所稅增加)
2.最終收入損失法：適用「中小企業研發投抵」之營所稅損失28.96億元。
依據財政部財政資訊中心統計資料，適用中小企業發展條例第35條之中小企業抵減營所稅或上一年度未分配盈餘加徵稅額僅2億0,816萬3千元。
中小企業發展條例第36條之2第2項
(105.1.6)
於經濟景氣指數達一定情形下，中小企業倘增加投資及增僱年齡在24歲以下之本國籍員工，得就每年增僱本國籍員工支付薪資金額之150%限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。
1.最初收入損失法：3,146萬元。
2.最終收入稅收損失737萬元。
105年度申報之24歲以下員工加薪費用加成減除所得額僅848萬3千元，稅損約144萬2千元；106年度為1,346萬元，稅損約228萬8千元。
中小企業發展條例第36條之2第3項
(105.1.6)
中小企業得就其每年調升本國籍員工所支付薪資金額之130%限度內，自其加薪當年度營利事業所得額中減除。
最初收入及最終收入損失法之稅收損失均為6.42億元。
105年度申報之基層員工加薪費用加成減除所得額為1,040萬元，乘以營所稅率17%，稅損約176萬8千元，106年度申報之基層員工加薪費用加成減除所得額為753萬8千元，稅損約128萬1千元。
※註：1.資料來源，前揭稅式支出評估報告及實施成效報告；財政部財政資訊中心104年度營利事業所得稅結算申報核定統計專冊，本中心整理。