自由貿易港區設置管理條例於92年7月10日通過，同年7月23日公布施行。截至109年3月，營運中之海港自由貿易港區(以下簡稱海港自貿區)計有基隆港、臺中港、高雄港、臺北港、安平港及蘇澳港等6處，花蓮港自貿區尚在籌設中。經查：
(一)近年度海港自貿區廠商家數增幅有限，貿易量值集中於臺中港、高雄港及臺北港
近5年度海港自貿區進駐廠商家數由104年度之80家增為108年度之85家，各年度約增加1家或2家，增幅有限；同期間各海港自貿區進駐廠商家數雖有增減，惟係以高雄港及臺中港為多，基隆港及臺北港次之，蘇澳港及安平港最少，以108年度為例，前述各海港自貿區進駐廠商分別為33家、31家、10家、9家、1家及1家(詳附表3.7.1)。而海港自貿區貿易量值主要來自臺中港、高雄港、臺北港，以108年度為例，上述3港自貿區之貿易量合計為612萬公噸、貿易值合計為3,100億7,000萬元，占該年度海港自貿區貿易量值之比率分別為99.43%、98.53%。
附表3.7.1：104年度至108年度海港自貿區進駐廠商家數表 單位：家
年度
基隆港
臺中港
高雄港
臺北港
蘇澳港
安平港
合計
104
11
35
27
6
1
-
80
105
10
34
28
7
1
1
81
106
11
31
31
7
1
1
82
107
10
31
32
8
1
1
83
108
10
31
33
9
1
1
85
5年度增減率%
-9.1
-11.4
22.2
50.0
0
-
6.3
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
2.安平港自貿區103年度營運，第1家自貿區事業於105年度通過營運許可審查，故104年度無相關數據。
(二)近年度各海港自貿區貿易量值互有消長，惟整體係呈現衰退情形
108年度與104年度相比，基隆港、臺中港及臺北港自貿區之貿易量衰退75.6%、28.9%及81.3%，貿易值衰退53%、8.2%及26.7%；高雄港自貿區108年度貿易量雖低於106及107年度，惟較104年度成長30.4%，然該港自貿區之貿易值除107年度較106年度減少外，其餘各年度均為成長，5年度共成長51.7%。另蘇澳港及安平港自貿區之貿易量值雖有增減，惟規模相對小，對整體之影響有限。
是以，近5年度各海港自貿區之貿易量值互有消長，惟整體係呈現衰退情形，108年度之貿易量為615萬5千公噸，較104年度之881萬5千公噸減少30.2%；貿易值減幅較小，108年度為3,146億8,300萬元，較104年度之3,233億2,900萬元減少2.7%(詳附表3.7.2)。上開貿易量值衰退主因包括：近年來油品業者以船艙取代傳統儲油槽以降低操作成本、鄰近國家自貿區之競爭及公海駁油作業受到國際關注等。
附表3.7.2：104年度至108年度海港自貿區貿易量值概況表
單位：千公噸；新台幣百萬元
項目
基隆港
臺中港
高雄港
臺北港
蘇澳港
安平港
合計
貿易量
104年度
27
6,960
745
1,082
未達千公噸
-
8,815
105年度
11
11,805
770
1,276
8
13,869
106年度
14
7,808
1,183
511
13
9,529
107年度
16
5,718
1,116
612
12
7,474
108年度
7
4,946
972
202
28
6,155
5年度增減率%
-75.6
-28.9
30.4
-81.3
106.3
-
-30.2
貿易值
104年度
6,487
167,313
59,875
89,646
8
-
323,329
105年度2,614
206,430
69,540
69,807
20
404
348,814
106年度
5,025
168,628
81,326
55,238
7
766
310,991
107年度
4,612
153,654
80,857
62,519
1
810
302,452
108年度
3,048
153,556
90,801
65,713
4
1,561
314,683
5年度增減率%
-53.0
-8.2
51.7
-26.7
-53.3
-
-2.7
※註：1.資料來源，108年度為交通部，其餘年度為港務公司統計年報；本報告整理。
2.安平港自貿區103年度營運，第1家自貿區事業於105年度通過營運許可審查，因104年度無相關數據，故該港未計算5年度增減率%。惟108年度與105年度相比，貿易量由8千公噸增至2萬8千公噸，增幅2.5倍、貿易值由4億400萬元增至15億6,100萬元，增幅2.86倍。
3.蘇澳港自貿區104年度至108年度貿易量各為16、42、85、2及33公噸。
4.5年度增減率%係108年較104年度之增減率，計算公式為[(108年度數據/104年度數據)-1]%。
5.因4捨5入之故，可能會產生尾差。
(三)海港自貿區土地使用面積達9成，後續成長空間有限
104年度至109年3月底，海港自貿區已使用之土地面積由719.75公頃增至751.71公頃，該期間共增加31.96公頃。109年1至3月可使用面積822.11公頃，扣除已使用面積751.71，占91.44%，未來可招商之面積僅70.4公頃，其中最大者為臺中港之53.55公頃，其餘各海港自貿區未來可招商面積大小依序為蘇澳港8.85公頃、高雄港4.87公頃及安平港3.13公頃，而基隆港及臺北港為0(詳附表3.7.3)，顯示海港自貿區土地使用已近飽和，後續成長空間有限。
附表3.7.3：104年度至109年3月海港自貿區土地使用情形表
單位：公頃
項目
基隆港
臺中港
高雄港
臺北港
蘇澳港
安平港
總計
較上年度增加
已
使
用
面
積
104年度
35.32
264.42
280.09
133.94
5.73
0.25
719.75
-
105年度
35.36
264.42
283.29
136.75
5.00
0.25
725.07
5.32
106年度
35.32
283.18
285.29
135.22
5.00
0.37
744.38
19.31
107年度
35.32
283.18
288.94
135.22
5.00
0.37
748.03
3.65
108年度
35.15
283.87
288.92
135.22
5.00
0.37
748.53
0.50
109年1-3月
35.15
289.00
286.76
135.22
5.00
0.58
751.71
3.18
109年1-3月較104年度增加
31.96
109年3月底可招商面積
0
53.55
4.87
0
8.85
3.13
70.40
-
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
(四)為發展各港公共倉儲並推動港口物流服務，轉投資國際物流公司，107年度轉虧為盈，惟近2年度營業收入各1億餘元，尚未具規模效益
港務公司為發展各港公共倉儲並推動港口物流服務，於103年投資1億2千萬元，與民間業者共同投資成立臺灣港務國際物流股份有限公司(以下簡稱國際物流公司)，於高雄港、臺中港及臺北港經營物流倉儲業務，承租位於自貿區之倉庫，利用自貿區優勢，提供各項高附加價值物流服務。國際物流公司103年度成立後連續4年度虧損，106年度累計虧損1億1,375萬4千元，於107年度轉虧為盈，獲利1萬元、108年度獲利492萬1千元，109年第1季獲利301萬3千元，累計虧損降為1億581萬元；惟國際物流公司107年度及108年度營業收入各僅約1億餘元(詳附表3.7.4)，其物流量值尚未具規模效益，允宜賡續加強監督。
附表3.7.4：轉投資臺灣港務國際物流股份有限公司成立至109年3月之營運情形概況表 單位：新台幣千元
年度
營業收入
本期損益
累計損益
103
-
-3,184
-3,184
104
3,273
-38,031
-41,215
105
56,274
-46,911
-88,126
106
80,295
-25,628
-113,754
107
113,499
10
-113,744
108
142,883
4,921
-108,823
109Q1
37,449
3,013
-105,810
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
(五)海港自貿區未來加強推動措施
詢據港務公司表示，海港自貿區土地出租率已達9成，後續量值未能有大幅度成長空間，惟該公司仍持續發展自貿區多元營運模式，如委託加工、貨物轉快遞及郵包、跨境電商等業務，以提升自貿區量值；持續辦理招商吸引業者進駐自由港區、協助解決業者面臨議題，提報法規鬆綁內容，以提升整體自貿區業務。
綜上，我國海港自貿區整體土地使用率達9成，多數海港無充裕之土地可供後續發展，未來成長空間有限，雖港務公司仍積極規劃各項加強推動措施，惟在土地面積有限下，似難發揮成效，容待研議改善；另物流與倉儲對自貿區之發展至關重要，港務公司103年度轉投資之國際物流公司於107年度轉虧為盈，惟其近2年度之營業收入各僅約1億餘元，允宜加強監督，有效利用自貿區優勢，積極拓展業務，創造具規模效益之物流量值，強化海港自貿區之功能。