中央政府作業基金及特別收入基金自104年度至108年度先行辦理或補辦預算情形，分述如次：
(一)法令規定
預算法第88條第1項規定略以，附屬單位預算之執行，如因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，報經行政院核准者，得先行辦理；但其中有關固定資產之建設改良擴充及資金之轉投資、資產之變賣及長期債務之舉借償還，仍應補辦預算；且非營業基金每筆數額1億元以上者，應送本院備查。
(二)104年度至108年度先行辦理或補辦預算情形
104年度至108年度作業基金與特別收入基金先行辦理或補辦預算數額1千萬元以上項目分別為8項、19項、26項、17項與24項，其中1億元以上報本院備查案件係4項、1項、2項、4項與5項(詳附表5)；而1億元以上項目每半年報本院備查者例如經濟作業基金-產業園區開發管理基金長期債務之償還，分別於104年度、105年度、107及108年度先行辦理長期債務之償還164.09億元、90.21億元、80億元與14億元；104年度主要為交通作業基金-高速鐵路相關建設基金舉借長期債務與資金轉投資各242億元、國立臺東大學校務基金-固定資產建設改良擴充3.05億元；106年度經濟作業基金-加工出口區作業基金長期債務之償還1億元、交通作業基金-國道公路建設管理基金固定資產建設改良擴充30.50億元；107年度交通作業基金-國道公路建設管理基金、行政院國家科學技術發展基金、國立臺灣大學校務基金之固定資產建設改良擴充分別為12億元、2.12億元與2.90億元；108年度交通作業基金-國道公路建設管理基金、科學園區管理局作業基金之之固定資產建設改良擴充分別為15.6億元與30億元等(詳附表6)。
附表5：作業基金及特別收入基金104年度至108年度1千萬元以上先行辦理或補辦預算情形統計表 單位：項
年度
104
105
106
107
108
1千萬以上項數
8
19
26
17
24
1億元以上項數
4
1
2
4
5
附表6：作業基金及特別收入基金104年度至108年度1千萬元以上先行辦理或補辦預算情形概況表 單位：新臺幣千元
年度
主管機關
基金名稱
基金類別
說明
金額
送本院備查
104
經濟部
經濟作業基金-產業園區開發管理基金
作業基金
長期債務之償還
16,408,811
有
經濟部
經濟特別收入基金-推廣貿易基金
特別收入基金
轉投資之處分
10,000
交通部
交通作業基金-高速鐵路相關建設基金
作業基金
長期債務之舉借
24,200,000
有
交通部
交通作業基金-高速鐵路相關建設基金
作業基金
資金轉投資
24,200,000
有
國軍退除役官兵輔導委員會
國軍退除役官兵安置基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-清境農場「國民賓館耐震補強及電源改善工程委託技術服務，與老舊羊舍整修、增設深水井及給水改善等工程」
12,000
國軍退除役官兵輔導委員會
國軍退除役官兵安置基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-福壽山農場「全場涼亭無障礙設施、銷售部地質改良、露營區桌椅改善及三合院員工宿舍增設衛浴工程」
17,000
教育部
國立大學校院校務基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
337,852
有
105
經濟部
經濟作業基金-產業園區開發管理基金
作業基金
長期債務之償還
9,020,990
有
經濟部
經濟作業基金-產業園區開發管理基金
作業基金
資產之變賣
28,231
國軍退除役官兵輔導委員會
國軍退除役官兵安置基金
作業基金
資金轉投資-收回「南鎮天然氣股份有限公司持股214萬7,182股」
18,020
衛生福利部
醫療藥品基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-金門醫院…修整工程及牙科儀器設備等
67,305
教育部國立大學校院校務基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
385,118
教育部
國立社教機構作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
19,004
106
經濟部
經濟作業基金-加工出口區作業基金
作業基金
長期債務之償還
100,000
有
交通部
交通作業基金-國道公路建設管理基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-國道4號臺中環線豐原潭子段計畫
3,050,000
有
國軍退除役官兵輔導委員會
國軍退除役官兵安置基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-武陵農場「武陵賓館耐震力第2次補強工程」
13,000
國軍退除役官兵輔導委員會
榮民醫療作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-臺中榮民總醫院埔里分院水土保持設施工程
12,959
衛生福利部
醫療藥品基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-澎湖醫院撥用國有財產署經管辦公廳舍
30,438
衛生福利部
醫療藥品基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-屏東醫院高齡醫療大樓護理之家擴充工程
90,000
教育部
國立大學校院校務基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
653,593
教育部
國立大學校院校務基金
作業基金
資產之變賣
83,254
總統府
中央研究院科學研究基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充
11,632
行政院
國家科學技術發展基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充
31,865
107
經濟部
經濟作業基金-產業園區開發管理基金
作業基金
長期債務之償還
8,000,000
有
行政院
行政院國家科學技術發展基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充-一般建築及設備
212,000
有
交通部
交通作業基金-國道公路建設管理基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-高速公路後續路段橋梁耐震補強工程
1,200,000
有
國軍退除役官兵輔導委員會
國軍退除役官兵安置基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-福壽山農場「宋莊及福壽館災後復建外牆整修及防水改善工程
10,400
教育部
國立大學校院校務基金
作業基金
固定資產之建設改良擴充
682,787
有
教育部
國立社教機構作業基金
作業基金
固定資產之建設改良擴充
55,546
總統府
中央研究院科學研究基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充
34,606
108
經濟部
經濟作業基金-產業園區開發管理基金
作業基金
長期債務之償還
1,400,000
有
交通部
交通作業基金-國道公路建設管理基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-高速公路後續路段橋梁耐震補強工程
1,560,000
有
科技部
科學園區管理局作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-新竹科學工業園區建設計畫
3,000,000
有
農業委員會
農產品受進口損害救助基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充-調整產業或防範措施計畫
20,774
衛生福利部
管制藥品製藥工廠作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充-一般建築及設備計畫
31,000
教育部
國立大學校院校務基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
476,010
教育部
國立臺灣大學附設醫院作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
66,000教育部
國立社教機構作業基金
作業基金
固定資產建設改良擴充
31,981
教育部
學產基金
特別收入基金
固定資產建設改良擴充-一般建築及設備
6,477,041
有
教育部
學產基金
特別收入基金
資產之變賣
6,477,041
有
※註：1.附表5與附表6資料來源，行政院依預算法第88條及中央政府附屬單位預算執行要點規定函送本院「中央政府…非營業特種基金1億元以上補辦預算或先行辦理數額表」、各主管機關查填回覆，本研究整理。
綜上，依預算法等規定，附屬單位預算之執行，因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，報准後得先行辦理，其中固定資產之建設改良擴充及資金之轉投資、資產之變賣及長期債務之舉借償還，仍應補辦預算，且作業基金與特別收入基金每筆數額1億元以上者，應送本院備查。惟近年度1千萬元以上未達1億元之先行辦理項目仍多，雖作業基金與特別收入基金係因正常業務實需等法令許可而先行辦理，然送本院備查數額以1億元為區分標準，是否偏高而未充分呈現先行辦理或補辦預算情況，容有調整檢討之空間。