作業基金賸餘主要係撥充基金或提存公積，繳庫數占比較低，且多數基金之賸餘均留存基金，而109年度特別收入基金預計期末餘額為近年度最高，備供以後年度業務所需，說明如下：
(一)作業基金近年度賸餘多用於撥充基金、提存公積或留存未分配
1.109年度預算賸餘之部主要係分配撥充基金：109年度預算作業基金餘絀撥補概況，賸餘之部總計1,981.93億元，經分配填補累積短絀5.25億元(占賸餘之部0.26%)、提存公積143.28億元(7.23%)、撥充基金253.81億元(12.81%)、解繳公庫淨額155.44億元(7.84%)與其他依法分配數136.14億元(6.87%)後，未分配賸餘計1,288.01億元(64.99%)(詳附表9)。
2.近年度賸餘之部分配概況：自104年度至108年度決算，作業基金本期賸餘加計前期未分配賸餘後賸餘之部由985.78億元增加至2,230.71億元，填補累積短絀等各項分配後之未分配賸餘從738.83億元逐漸提高至1,626.17億元；各年度賸餘分配主要係撥充基金與提存公積(108年度合計占賸餘之部比率21.41%)。
附表9：作業基金近年度餘絀撥補概況表 單位：新臺幣億元
科目
104年度
105年度
106年度
107年度
108年度
109年度
賸餘之部
985.78
1,387.13
1,629.56
1,900.79
2,230.71
1,981.93
本期賸餘
508.40
648.31
612.50
705.43
804.48
532.28
(26.86%)
前期未分配賸餘
477.38
738.83
1,017.07
1,195.35
1,426.22
1,365.44
(68.89%)
公積轉列數
-
-
-
-
-
84.21
(4.25%)
分配之部
246.95
370.07
433.82
470.78
604.54
693.92
(35.01%)
填補累積短絀
41.75
96.73
80.15
65.95
64.39
5.25
(0.26%)
提存公積
57.41
90.94
91.39
107.88
286.08
143.28
(7.23%)
賸餘撥充基金數
132.43
158.14
219.15
238.68
191.45
253.81
(12.81%)
解繳公庫淨額
15.36
24.26
43.13
58.28
62.62
155.44
(7.84%)
其他依法分配數
-
-
-
-
-
136.14
(6.87%)
未分配賸餘
738.83
1,017.07
1,195.74
1,430.00
1,626.17
1,288.01
短絀之部
1,219.36
1,236.37
1,212.03
1,186.52
1,241.80
1,379.58
本期短絀
188.11
183.14
220.81
168.91
211.99
301.06
前期待填補之短絀
1,031.25
1,053.23
991.22
1,017.62
1,029.81
1,078.51
填補之部
166.12
239.37
190.93
156.72
180.51
162.85
撥用賸餘
41.75
96.73
80.15
65.95
64.39
5.25
撥用公積
79.94
84.92
63.17
55.64
76.33
74.76
折減基金
44.43
57.72
47.61
35.13
39.79
82.83
待填補之短絀
1,053.23
997.001,021.09
1,029.81
1,061.29
1,216.73
※註：1.資料來源，104年度至108年度決算係依中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告、109年度法定預算由行政院主計總處109年7月間提供，本研究整理。
(二)特別收入基金期末基金餘額呈增加趨勢
特別收入基金自104年度至108年度，期末基金餘額自4,089.23億元增加至5,785.24億元(增幅41.48%)，109年度預算期末基金餘額5,853.19億元，為近年度最高，較108年度決算增幅1.17%，近年度基金餘額呈現增加趨勢(詳附表4)。
(三)繳庫數占賸餘分配比率不高，累積賸餘多留存基金備供以後年度使用
作業基金109年度預算解繳公庫淨額155.44億元占賸餘之部1,981.93億元之7.84%，較108年度決算解繳公庫淨額占賸餘之部2.81%為高，而特別收入基金109年度預算繳庫數18.13億元，占當期賸餘250.79億元之7.23%，惟繳庫數占賸餘分配之比率仍有限；詢據各主管機關近年度解繳公庫比率較低原因，主要係留存基金備供以後推動業務需要（詳附表10）。
附表10：109年度預算賸餘解繳公庫占比較低原因 單位：新臺幣億元
作業基金
特別收入基金
原因
賸餘之部
解繳公庫淨額
本期餘絀
解繳公庫
合計
1,981.93
155.44
250.79
18.13
總統府主管
-
-
-2.05
-
賸餘留存供支付保留數及接受補助或委託等計畫繼續執行之用。
行政院主管
754.53
123.00
-67.91
-
行政院國家發展基金為配合國家發展策略推動各項投資計畫，預期未來現金需求量大，須保持相當現金安全存量。
內政部主管
15.19
-
0.94
-
營建建設基金之新市鎮開發基金考量未來尚需支應龐大開發經費，故未分配賸餘留待以後年度辦理分配，以利新市鎮開發作業之執行。
國防部主管
27.47
-
-
-
國軍生產及服務作業基金近5年度賸餘依法定預算繳庫，決算賸餘超過預算部分則依中央政府非營業特種基金賸餘解庫及短絀填補注意事項併入以後年度循預算程序分配。
財政部主管
-
-
-
-
-
教育部主管
170.24
-
-25.41
-
主要係供未來各項建設、業務營運或校務發展所需。
法務部主管
-
-
-
-
經濟部主管
17.00
0.27
172.51
-
經濟作業基金之加工出口區作業基金連年解繳國庫，惟因部分計畫開發成本償本付息之財務負擔，故未增加解庫數。至產業園區開發管理基金則因後續將投入開發工程款項等，爰未辦理解庫。
交通部主管
723.96
30.00
6.34
10.06
交通作業基金之民航事業作業基金與國道公路建設管理基金等，因未來需支應資本支出計畫資金需求並償還長期債務，故未解庫。
國軍退除官兵輔導委員會主管
163.47
-
-
-
國軍退除役官兵安置基金因設置背景係專款專用，且為妥辦榮民安置等業務，故需留存自有資金。至榮民醫療作業基金因醫院維運經費需求龐大，為維持醫療品質與病患權益，故未解庫。
科技部主管
34.69
-
-
-
行政院國家科學技術發展基金收支保管及運用辦法、中央政府非營業特種基金賸餘解庫及短絀填補注意事項等規定，該基金年度決算如有賸餘，列入基金餘額處理，用於彈性支應政府整體科技預算之不足。
原子能委員會主管
-
-
0.18
-
核子事故緊急應變基金用途係為支應核子緊急應變相關支出，性質上不宜繳庫。
農業委員會主管
4.40
-
208.20
-
農業作業基金之農業生物科技園區作業基金經行政院同意後留存賸餘，備供園區擴充計畫所需。
勞動部主管
-
-
59.20
-
年度決算賸餘超過預算部分列入基金餘額。
衛生福利部主管
43.85
1.24
-87.89
-
醫療藥品基金參考其他醫療體系之作業賸餘均留存基金運用，故近年度僅105年度繳庫，後續則經行政院核定併入以後年度循預算程序分配。管制藥品製藥工廠作業基金自104年度至108年度均有繳庫數，其餘賸餘則留存基金以供作業運用。
環境保護署主管
-
-
-22.21
-
文化部主管
5.11
-
-
-
國立文化機構作業基金依博物館法，一切收支均納入基金，近5年度決算賸餘超過預算部分，除填補短絀外，報經行政院核准列為未分配賸餘，以備中長期計畫所需。
國立故宮博物院主管
4.21
0.93
-
-
原住民族委員會主管
15.18
-
-
-
留存資金供以後年度辦理業務所需。
金融監督管理委員會主管
-
-
8.58
8.07
國家通訊傳播委員會主管
-
-
0.32
-
公平交易委員會主管
-
-
-0.01
-
考試院考選部主管
2.63
-
-
-
專款專用性質，報經行政院核准免予繳庫，留存基金供以後年度運用。
※註：1.資料來源，各主管機關提供原因說明。
綜上，作業基金與特別收入基金解繳公庫占賸餘分配之比率有限，近年度多以撥充基金或未分配賸餘等方式留存於基金，備供以後年度業務所需。依「中央政府非營業特種基金賸餘解庫及短絀填補注意事項」第4點規定：「作業基金年度決算賸餘超過預算部分，除填補歷年短絀逕列決算辦理外，其餘應依法分配繳庫。但經行政院核准者，得併入以後年度循預算程序辦理分配。債務基金、特別收入基金及資本計畫基金年度決算賸餘超過預算部分，列入基金餘額處理，必要時由行政院依規定分配繳庫。」故作業基金與特別收入基金年度決算賸餘超過預算部分，除依規定分配繳庫外，亦得經行政院核准後併入以後年度循預算程序辦理分配。