為因應嚴重特殊傳染性肺炎，行政院編列中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算(109年1月15日至110年6月30日)600億元、追加預算1,500億元及第2次追加預算案2,100億元，並以年度預算移緩濟急方式調整預算分配，支應防治紓困復甦振興之重大支出，說明如次：
(一)特別條例授權編列特別預算，災害防救法並視需要調整收支移緩濟急支應
為有效防治嚴重特殊傳染性肺炎，維護人民健康，並因應其對國內經濟、社會之衝擊，嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例所需經費上限2,100億元，並得視疫情狀況，以不超過原預算額度內再編列特別預算，其預算編製及執行不受預算法第23條、第62條及第63條限制，其經費來源並得移用以前年度歲計賸餘或舉借債務支應等。另災害防救法第43條第2項，災害防救經費，如有不敷支應災害應變措施及災後復原重建，視需要情形調整當年度收支移緩濟急支應，不受預算法第62條及第63條限制。
(二)依法律義務必須之支出占中央政府總預算歲出比率約7成，可供臨時重大政策支出之資源有限
108年度中央政府總預算編列依法律義務支出1兆4,105.48億元，占歲出1兆9,979.78億元之70.60%；109年度1兆4,671.89億元，占歲出2兆775.69億元之70.62%（詳附表11），顯示依法律義務支出占歲出額度比重維持大約7成，在歲出規模無法大幅擴增情況下，其餘可供支應臨時重大施政支出之資源有限。
附表11：中央政府總預算編列依法律義務支出經費概況表
單位：新臺幣億元；%
項目
108年度
109年度
比較增減數
比較增減比率
依法律義務支出
14,105.48
14,671.89
566.41
4.02
歲出(經資門合計)
19,979.78
20,775.69
795.91
3.98
占比
70.60
70.62
-
-
※註：1.資料來源，行政院主計總處109年6月間提供，本研究整理。
(三)作業基金未分配賸餘與特別收入基金餘額龐大，基於預算執行之彈性規定，用以支應臨時重大政策經費
1.因應嚴重特殊傳染性肺炎防治紓困復甦振興之經費，除編列特別預算外，並以營業及非營業基金支應：為因應嚴重特殊傳染性肺炎，行政院已編列特別預算600億元(主要係經濟部主管204.91億元，衛生福利部主管169.58億元居次，第三為交通部主管167.67億元)、追加預算1,500億元(主要為經濟部主管774.40億元，其次為勞動部主管310.25億元，第三為衛生福利部主管198.31億元)，以及第2次追加預算案2,100億元(主要係經濟部主管1,375.47億元、其次為衛生福利部主管373.61億元)，並為支應應變處置等措施需要，移緩濟急調整經費運用，其中非營業基金預計支出622.47億元(主要係勞動部主管334.57億元，其次為交通部主管146.68億元)、營業基金126.27億元(主要係經濟部主管107.44億元)(詳附表12)，另中央銀行辦理銀行承作受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響之中小企業貸款專案融通，總融通額度目前為2千億元，未來視疫情需要調整至4千億元，而中央存款保險公司預計針對承作紓困振興貸款方案績效良好之優等銀行抵減其保費收入，總金額以3億元為限，以投入防治、紓困、復甦與振興，維護人民健康並降低對國內經濟與社會之衝擊。
附表12：因應嚴重特殊傳染性肺炎防治紓困復甦振興之經費概況表
單位：新臺幣千元
主管別
原特別預算
追加特別預算
第2次追加特別預算案
以非營業基金支應
以營業基金支應
總計
60,000,000
150,000,000
210,000,000
62,247,387
12,626,639
總統府主管
-
-
-
1,572
-
行政院主管
569,056
159,070
207,137
10,798,811
2,157
考試院主管
-
-
-
19,175
-
內政部主管
169,235
365,035
638,550
-
-
財政部主管
-
498,252
-
-
1,277,688
教育部主管
576,037
2,348,000
640,000
971,370
-法務部主管
-
-
-
439
-
經濟部主管
20,491,000
77,440,000
137,546,660
60,000
10,743,508
交通部主管
16,767,107
13,128,924
9,780,880
14,667,524
602,476
勞動部主管
-
31,025,000
4,709,320
33,457,232
-
原子能委員會主管
-
-
-
446
-
農業委員會
3,556,947
1,985,000
19,116,341
1,811,100
-
衛生福利部主管
16,958,068
19,830,719
37,361,112
-
-
環境保護署主管
-
-
-
37,800
-
文化部主管
800,000
3,220,000
-
7,909
-
科技部主管
-
-
-
217,756
-
金融監督管理委員會主管
-
-
-
-
810
海洋委員會主管
112,550
-
-
-
-
退除役官兵輔導委員會
-
-
-
196,253
-
※註：1.資料來源，各主管機關填覆，本研究整理。
2.「原特別預算」指中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算(109年1月15日至110年6月30日)、「追加特別預算」指中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算追加預算。
3.行政院主管項下以非營業基金支應107億9,881萬1千元係行政院國家發展基金100億元、原住民族委員會主管5,136萬3千元、公平交易委員會主管4千元與行政院國家科學技術發展基金7億4,744萬4千元；以營業基金支應係中央銀行215萬7千元。另科技部主管含服務業租金(權利金)減收等2億1,640萬7千元。
2.基於附屬單位預算執行之規定，以未分配賸餘或基金餘額因應：預算法及附屬單位預算執行要點對預算執行之規定，其配合業務增減需要隨同調整之收支，併入決算辦理，以及如因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，報經行政院核准者，得先行辦理，其中有關固定資產之建設改良擴充、資金之轉投資、資產之變賣及長期債務之舉借償還，仍應補辦預算等；故附屬單位預算得以其餘裕資金，或調整原分配預算，以支應臨時重大政策經費。是以，作業基金近年度撥充基金、提存公積或未分配賸餘數額龐大，而特別收入基金期末基金餘額亦為近年度最高，基於預算執行相關規定調整支應重大政策所需。
綜上，嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例授權編列特別預算，災害防救法並視需要調整收支移緩濟急支應，依法律必須之支出占歲出預算額度比重達7成，在總預算歲出規模無法大幅擴增情況下，可供臨時重大支出之資源有限，基於附屬單位預算執行之相關規定，而以非營業或營業基金餘裕資金調整支應，期維護人民健康並降低對國內經濟與社會之衝擊。