財團法人法於107年8月1日公布，並自108年2月1日施行。該法將財團法人分為政府捐助之財團法人及民間捐助之財團法人，分採高、低密度監督，以回應各界應加強管理政府捐助財團法人之期待。依財團法人法規定，財團法人與該法規定不符者，應自該法施行後1年內補正，但情形特殊未能如期辦理，並報經主管機關核准延長者，不在此限，延長期間以1年為限。該法公布施行，迄今已逾1年。經查：
(一)部分政府捐助之財團法人允宜儘速完備內部控制及稽核制度，並確切落實制度
1.依財團法人法第61條第1項規定，政府捐助之財團法人應建立人事、會計、內部控制及稽核制度，報主管機關核定；另依財團法人法第24條第2項規定，財團法人在法院登記之財產總額或年度收入總額達一定金額以上者，應訂定誠信經營規範。
2.截至109年4月底止，部分政府捐助之財團法人尚未完成內部控制及稽核制度之建立（詳附表3.1.1）。其中部分財團法人已獲主管機關同意展延1年；查部分財團法人未如期完成原因係對法令有所誤解，例如：臺灣省義勇人員安全濟助基金會、福建更生保護會及臺港經濟文化合作策進會等未建立內部控制及稽核制度之原因，包含捐助章程已有相關規範及完整會計制度、未達主管機關依財團法人第24條第2項所定之財產總金額或收入標準等；另尚有非屬營利機構而尚無訂定之必要性及急迫性。惟財團法人法第61條第1項已明定政府捐助之財團法人，無論基金規模或年度收入金額大小，均應建立內部控制及稽核制度，並報主管機關核定，以強化管理。
3.另部分財團法人已建立內部控制及稽核制度，容待確切落實制度，例如文化部主管之文化臺灣基金會已完備制度之建立卻尚無稽核人員執行稽核工作與出具稽核報告。
附表3.1.1：財團法人尚未完備財團法人法規定之制度規範一覽表
主管機關
財團法人
政府捐助基金比率
截至109年4月30日尚未完成制度
環保署
環境權保障基金會
100.00%
內部控制、稽核制度及誠信經營規範（環保署同意展延1年）
文化部
國家電影中心
100.00%
內部控制、稽核制度及誠信經營規範（文化部同意延至109年9月1日）
文化臺灣基金會
95.60%
已完成稽核制度，但尚無稽核人員及出具稽核報告
內政部
二二八事件紀念基金會
100.00%
內部控制、稽核制度及誠信經營規範（內政部同意展延至110年2月1日）
內政部
臺灣省義勇人員安全濟助基金會
100.00%
內部控制
法務部
福建更生保護會
96.77%
內部控制及稽核制度
犯罪被害人保護協會
100.00%
內部控制及稽核制度
台灣更生保護會(註2)
0%
內部控制及稽核制度
退輔會
榮民榮眷基金會
100.00%
內部控制、稽核制度及誠信經營規範
陸委會
臺港經濟文化合作策進會
50.88%
內部控制
※註：1.資料來源，各部會109年5月22日至7月17日陸續提供資料，本研究整理製表。
2.財團法人台灣更生保護會為日本撤退台灣接收其所遺留財產而成立之財團法人。
(二)部分財團法人董事人數超逾15人或監察人未達2人，尚待補正或經主管機關核准
依財團法人法第48條及第49條規定，政府捐助之財團法人董事會置董事7至15人；經主管機關核准者，董事總人數得超過15人。另應置監察人2至5人；經主管機關核准者，監察人總人數得超過5人。惟迄109年4月底止，若干財團法人董事人數超逾15人，亦未經主管機關核准或監察人人數未達2人（詳附表3.1.2），尚待補正或經主管機關核准。
附表3.1.2：董監事人數與財團法人法規定未合一覽表 單位：人
主管
機關
財團法人
108年底累計政府捐助基金比率
董事人數
監察人人數
捐助章程
現任實際
捐助章程
現任實際
文化部
國家文化藝術基金會
99.93%
21
21
符合規定
臺灣生活美學基金會
99.35%
7-15
16
交通部
中華航空事業發展基金會
100.00%
符合規定
1
1
教育部
高等教育評鑑中心
66.67%
15-19
17
符合規定經濟部
生物技術開發中心
86.67%
7-15
19
符合規定
臺灣地理資訊中心
100.00%
符合規定
2-5
1
農委會
農業工程研究中心
100.00%
11-25
16
符合規定
衛福部
惠眾醫療救濟基金會
100.00%
符合規定
5
1
※註：1.資料來源，各部會109年5月22日至7月17日陸續提供資料，本研究整理製表。
2.上表資料日期為109年4月30日。
(三)部分財團法人女性董監事人數未臻三分之一，主管機關宜持續促其符合性別比例原則
依法務部之財團法人法逐條說明第48條所列，各機關就其所管政府捐助之財團法人，如無特別情形，應依行政院函頒之性別平等政策綱領，持續推動其董事組成符合三分之一性別比例原則，以增進政府捐助之財團法人之董事決策之多元觀點。經查部分政府捐助之財團法人女性董事或監察人人數未達三分之一（詳附表3.1.3），其中若干財團法人捐助章程亦未有任一性別比例規定，尚待主管機關持續督促渠等財團法人符合性別平等原則。
附表3.1.3：董監事人數未符任一性別不得低於1/3原則表
主管機關
財團法人
政府捐助比率
董監事人數未符任一性別不得低於1/3原則情形
內政部
臺灣營建研究院
100.00%
現任監察人3人，女性監察人0人。
陸委會
海峽交流基金會
74.66%
現任董事51人，女性董事3人。(捐助章程未規定任一性別比例)
臺港經濟文化合作策進會
50.88%
現任董事30人，女性董事2人；現任監察人3人，女性監察人0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
通傳會
台灣網路資訊中心
52.63%
現任監察人2人，女性監察人0人。
經濟部
中興工程科技研究發展基金會
100.00%
現任董事9人，女性董事2人。(捐助章程未規定任一性別比例)
中興工程顧問社
95.83%
現任董事15人，女性董事1人。(捐助章程未規定任一性別比例)
台灣電子檢驗中心
75.00%
現任董事15人，女性董事3人；現任監察人2人，女性監察人0人。
工業技術研究院
100.00%
現任董事11人，監察人3人，均無女性董監事。(捐助章程未規定任一性別比例)
船舶暨海洋產業研發中心
85.92%
現任董事15人，女性董事0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
台灣非破壞檢測協會
63.64%
現任董事15人，女性董事3人。(捐助章程未規定任一性別比例)
農委會
中華民國對外漁業合作發展協會
96.92%
董事19人，女性董事2人。(捐助章程未規定任一性別比例)
臺灣兩岸漁業合作發展基金會
57.08%
董事11人，女性董事2人。(捐助章程未規定任一性別比例)
中央畜產會
100.00%
董事23人，女性董事5人。(捐助章程未規定任一性別比例)
農村發展基金會
99.61%
現任董事15人，女性董事2人。(捐助章程未規定任一性別比例)
中正農業科技社會公益基金會
100.00%
現任董事15人，女性董事1人；監察人5人，女性監察人0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
農業工程研究中心
100.00%
現任董事16人，女性董事1人；監察人4人，女性監察人0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
維謙基金會
100.00%
現任董事15人，女性董事1人。
桃園農田水利研究發展基金會
100.00%
現任董事15人，監察人5人，女性董監事0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
臺中環境綠化基金會
100.00%
現任董事15人，女性董事3人。(捐助章程未規定任一性別比例)
水利研究發展中心
100.00%
現任董事15人，女性董事3人。(捐助章程未規定任一性別比例)
曹公農業水利研究發展基金會
100.00%
現任董事15人，女性董事2人；監察人5人，女性監察人0人。(捐助章程未規定任一性別比例)
七星環境綠化基金會
100.00%
現任董事15人，女性董事2人。(捐助章程未規定任一性別比例)
※註：1.資料來源，各部會109年5月22日至7月17日陸續提供資料，本研究整理製表。
2.上表資料日期為109年4月30日。
(四)因應財團法人法強化對政府捐助之財團法人之管理規範，主管機關之監督深度容待提升
財團法人法為強化對政府捐助之財團法人之管理，已賦予主管機關採高密度監督之權。經查：
1.詢據各部會就所轄財團法人未符財團法人法規定事項所採措施，部分主管機關容待將財團法人法之遵行與所建立制度之推動落實列為加強監理事項，如附表3.1.1所列法務部主管之福建更生保護會、犯罪被害人保護協會及台灣更生保護會等均屬政府捐助之財團法人，允依財團法人法規定建置內部控制及稽核制度；文化部主管文化臺灣基金會已建立內部控制與稽核制度而尚無稽核人員執行稽核工作，以利促進內部運作機制效能。
2.財團法人法公布施行後，主管機關對政府捐助之財團法人之查核容宜較以往深化，例如經濟部108年度對所轄財團法人進行實地查核，雖已執行以往年度之查核事項，並瞭解財團法人配合法規調整情形，惟相較107年度為加強查核深度而外聘專家評鑑整體運作績效，108年度卻未有前揭專家意見，允宜評估對查核深度之影響，並研謀提升查核深度機制。
3.部分主管機關已將財團法人之轉型或退場評估列為實地查核項目，然部分主管機關實地查核項目尚無含括該項目，例如文化部、教育部。衡酌本院104年度至106年度曾多次決議請各主管機關檢討財團法人之整併或退場，經調查100年度至109年7月財團法人整併或裁撤完成者計10家，而108年施行之財團法人法第58條已賦予主管機關對無法達成設立時之目的或效益不彰而無存續之必要之政府捐助財團法人，得命其解散。為滾動檢討有無上開規定情事，主管機關對政府捐助之財團法人之查核，允宜將轉型或退場之評估列為查核項目。
4.依財團法人法第19條第3項第6款規定，財團法人財產之保管及運用方法含括本於安全可靠之原則所為其他有助於增加財源之投資，而其項目及額度，由主管機關定之。該規定係屬主管機關尚得視需要及規劃訂定之事項，惟經查內政部主管之中央營建技術顧問研究社、衛福部主管之國家衛生研究院、國防部主管之國防工業發展基金會均已有轉投資情事，而該等部會截至109年4月底止均尚未訂有投資之項目及額度規範。衡酌政府捐助之財團法人投資情形為財團法人法第56條第1項所明定主管機關應查核之事項，而政府捐助之財團法人係基於政策目的或特殊行政任務需要，為使財團法人之投資行為有所遵循，並避免過度進行無關設立宗旨之投資，主管機關允宜儘速訂定投資項目及額度上限，俾利查核管控與監督。
綜上，財團法人法公布施行迄今已逾1年，部分政府捐助之財團法人內部控制與稽核制度尚待完備及推動落實，董監事人數與任一性別比例亦待補正，主管機關宜持續督促依規定辦理。另財團法人法賦予主管機關對政府捐助之財團法人採高密度監督之權，部分主管機關或尚未訂定投資項目與額度，或查核深度仍待提升，允宜儘速完成規範之訂定，以及將財團法人內部制度之推動落實、投資之管控、轉型或退場評估列為查核項目，並研謀提升整體監督深度。