勞退基金、退撫基金等基金係依法設立並負重要任務，由於涉及層面廣泛，其資金運用收益多設有虧損補足機制，108年度資金運用績效最卓越，為近5年最佳者，惟109年度初受國際疫情影響，第1季多呈現虧損情形 (詳附表3-4-1)。經查：
(一)為保障基金權益，勞退基金依法訂有未達法定收益率由國庫補足機制
勞退基金資金運用收益設有最低保障收益之規定，茲按舊制與新制勞退基金分述如下：
1.舊制勞退基金：依據勞動基準法第56條第4項規定：「…。最低收益不得低於當地銀行二年定期存款利率之收益；如有虧損，由國庫補足之。…。」另按勞工退休基金收支保管及運用辦法第10條第3項後段規定，最低收益如未達當地銀行二年定期存款利率計算之收益時，不足部分應先以累積賸餘補足之；如有不足，得留待翌年之累積賸餘補足之，並以二年為限。如仍無法補足時，應經主管機關核准由國庫補足其差額。
2.新制勞退基金：依據勞工退休金條例第23條第2項規定：「前項提繳之勞工退休金運用收益，不得低於以當地銀行二年定期存款利率計算之收益；有不足者，由國庫補足之。…。」運用收益如未達當地銀行二年定期存款利率平均數計算之收益應由國庫補足差額部分，依勞工退休金條例退休基金管理運用及盈虧分配辦法第3條第2項規定，由該基金收繳之滯納金先行補足。
3.近5年舊制與新制勞退基金收益率與保障收益率詳附表3-4-1，當年度收益率未達保障收益率者，依前揭規定，就基金內之累積賸餘或滯納金先行補足，尚未有虧損由國庫補足情形發生。
附表 3-4-1：勞退基金及退撫基金104-109年度資金運用收益率與法定利率明細表 單位：%
年度
勞退基金
退撫基金
舊制
新制
收益率
保證收益率
收益率
保證收益率
收益率
台銀2年期定存利率
104
-0.5847
0.9458
-0.0932
1.3722
-1.94
1.38
105
4.1700
0.7086
3.2303
1.1267
4.29
1.12
106
7.7445
0.6421
7.9314
1.0541
7.15
1.04
107
-2.1482
0.6421
-2.0686
1.0541
-1.14
1.04
108
13.4742
0.6421
11.4477
1.0541
10.62
1.04
109
-13.6680
0.6421
-11.3739
1.0541
-10.42
1.04
※註：1.資料來源，勞動資金運用局網站及公務人員退撫基金網站(查詢日期：109年5月30日)。
2.109年度收益率統計至3月底止。
(二)退撫基金以前年度資金運用績效未達法定標準，99年至106年度由國庫撥補48億餘元
依據公務人員退休撫卹基金管理條例第5條第3項之規定：「本基金之運用，其3年內平均最低年收益不得低於臺灣銀行2年期定期存款利率計算之收益。如運用所得未達規定之最低收益者，由國庫補足其差額。」另據退撫基金表示，依主計總處相關規定，其運用之3年平均收益應將投資股票及受益憑證之未實現損益、公平價值變動列入損益之金融資產於資產負債日評價時所產生之未實現損益、未實際兌換為新臺幣部分之未實現兌換損益、長短期投資互轉 (在處分前) 所產生之損益予以排除。
由於受97年金融海嘯之影響，退撫基金97年度至99年度之3年平均最低已實現收益均未達法定收益，需國庫撥補之差額總計48億8,174萬3千元(詳附表3-4-2)，該基金於已於99年度至106年度間編列預算補足，107年度及108年度，則未有虧損由國庫補足情事發生。
附表 3-4-2：公務人員退休撫卹基金未達法定收益撥補情形表
單位：新台幣千元；％
年度
年度新增應撥補數
年度撥補數
97
166,947
0
98
1,757,525
0
99
2,957,271
166,947
100
0
167,000
101
0
167,000
102
0
740,000
103
0
740,000
104
0
740,000
105
0
740,000
106
0
1,420,796
107
0
0
108
0
0
合計
4,881,743
4,881,743
※註：1.資料來源，退撫基金提供。
(三)勞保作業基金109年度預算編列其他補助收入237億餘元補貼各項虧損，允宜加強各分基金財務管理，避免造成國庫負擔
勞工保險作業基金包括勞工保險、農民健康保險及農民職業災害保險(以下簡稱農保及農職保)與職業災害勞工保護等4個分基金，109年度預算編列其他補助收入237億餘元，以支應各分基金所需(詳附表3-4-3)，茲分述如下：
1.勞保基金：依據勞工保險條例第69條規定：「勞工保險如有虧損，在中央勞工保險局未成立前，應由中央主管機關審核撥補。」勞保基金於106年度起勞保收入不敷勞保給付，依據勞動部所提最新勞保精算報告指出，勞保收支加計勞保資金運用收益，勞保基金將於115年度出現破產疑慮，勞動部於109年度編列200億元支應，惟仍無法有效改善勞保基金財務情形；另基金投資報酬率需達到20.6%目標，惟目前勞保基金實際收益率存有大幅落差，且109年上半年資金運用收益率呈現負值，對於勞保基金財務之助益顯不樂觀。
2.農保基金：依據農民保險條例第44條規定，本保險年度結算如有虧損，除由辦理本保險業務機構之主管機關審核撥補，並得申請中央主管機關予以補助外，中央主管機關應即檢討虧損發生原因；如認為應調整保險費率時，應即依規定予以調整。104年度至108年度逐年均編列補助款支應虧損情形，109年度預算編列36.69億元支應。
3.農職保基金：依據農民保險條例第44條之3規定，職災保險所需經費與年度結算如有虧損，準用第43條及第44條規定辦理之，109年度預算編列4,887萬4千元。
4.職業災害勞工保護基金：依照職業災害勞工保護法第4條規定，中央主管機關應編列專款預算，作為補助未加入勞工保險而遭遇職業災害勞工之用，109年度預算編列2,000萬元。
5.前揭勞保作業基金各分基金109年度補助款達237億餘元，雖非資金運用虧損補助，惟同屬各分基金營運績效之法定補助事由，為避免造成政府有限資源排擠現象及國庫負擔，允宜加強各基金財務管理。
附表 3-4-3：勞保作業基金104-109年度補助款統計表
單位：新臺幣千元
類別
勞工保險
農保
農職保
職業災害勞工保護
合 計
104年
-
3,612,600
-
70,000
3,682,600
105年
-
3,639,034
-
40,000
3,679,034
106年
-
3,776,839
-
30,000
3,806,839
107年
-
3,908,525
-
20,000
3,928,525
108年
-
4,076,032
-
20,000
4,096,032
109年
20,000,000
3,668,635
48,874
20,000
23,737,509
※註：1.資料來源，勞動基金管理局提供。
2.104-108年度為決算數，109年度為預算數。
綜上，勞退基金、退撫基金等基金為確保基金權益，多設有法定保障收益或虧損由國庫補足機制，勞退基金未達法定收益率，由滯納金等先行支應，尚無由國庫撥補情事發生；退撫基金以前年度虧損金額達48億餘元，國庫分8年補足之；勞保作業基金109年度由國庫撥補237億元，主要為勞保基金因財務困窘由國庫撥補200億元支應，另同屬勞保作業基金之其他分基金(農保、農職保及職業災害勞工保護)亦有類似虧損補助機制，有鑑於109年度受國際疫情影響，恐影響前揭基金之資金運用收益，允宜加強基金資金運用績效之控管機制，以避免排擠政府其他支出，達到資源最佳配置。