「投資」科目之資本支出，係政府機關用以對非屬信託基金之特種基金及民間企業，挹注資金作為該特種基金及民間企業之資本。各主管機關即視其施政需要，於各年度編列該科目預算以挹注資金予其所屬特種基金，或由該特種基金再轉投資於民間企業，俾期透過基金之特定資金用途以達所主管業務之政策目標。該科目近5 (106-110) 年度從807億餘元至933億餘元之預算規模，向為「設備及投資」資本支出之最主要項目，其重要性不言可喻。惟觀察該科目預算近年於各主要主管機關之配置情形，部分主管機關年度配賦數差異頗大，資源運用欠穩定性。如交通部主管之編列數及占比最高於110年度可達160.74億餘元、17.22%，最低於107年度僅30.6億元、3.79%；農業委員會於109年度尚編列276.46億餘元、占比30.88%，110年度即驟降為18.57億餘元及1.99%（詳表6）。行政院主管部分亦有類似情況，以110年度為例，由於花東地區發展條例第12條第2項規定：「…，中央主管機關應設置花東地區永續發展基金，基金總額新臺幣四百億元，其來源如下：一、中央主管機關分十年編列預算撥入。…。」110年度係應使該基金總額達400億元法定期限之最後1年，其中央主管機關行政院爰於該年度就尚不足撥入基金數255.82億餘元作一次性編列撥足，此舉使行政院主管110年度「投資」科目預算占比，從106-109年度之均不到1.5%躍升至27.41%，同年度其他主管機關於該科目預算可配賦之金額及占比勢必受到影響，此均凸顯該科目年度預算之配置，於部分主管機關存在高度變動性，似欠缺縝密規劃。為使各主管機關在「投資」方面之資本支出預算需求得以依施政計畫獲得較穩定之配賦，行政院允宜落實執行近各年度中央及地方政府預算籌編原則之相關規定，如「特種基金應落實計畫預算制度，依核定之計畫核實編列預算，…」、「非營業特種基金預算編列範圍應與公務預算明確劃分」、「特別收入及資本計畫基金應審慎推估可用資金，並妥作中長程資金運用規劃，…。」等，核實審酌各部會各項中長期施政計畫期程，適時配置所需「投資」科目預算，避免有過大幅度波動之情事。