受極端氣候影響，臺灣在旱澇不均且調蓄設施不足下，每逢乾旱常需以停灌休耕方式節省農業灌溉用水支援工業用水，然此舉不僅與水利法明定之用水標的順序未符，且停灌補償金預算來源之妥適性亦待商榷，說明如下：
(一)水利法明定農業用水優先於工業用水，然逢枯旱期屢發生移撥農業用水予工業用水之權宜作法，與現行法令規定有悖，業經監察院糾正在案
水利法第18條第1項規定，農業用水之順序僅次於家用及公共給水，及同法第20條復規定，因水源之水量不足，發生爭執時，用水標的順序在先者有優先權。顯見，就算水源量不足，農業用水之排序仍優於工業用水，然依前開「2017農業灌溉白皮書」所載，91年至104年間逢乾旱事件，需辦理停灌休耕以節省灌溉用水支援其他標的用水者計6次(詳圖4-9-1)，總計停灌面積約20.9萬公頃、調用支援水量約18.3億噸，發放停灌補償104.5億元，並依「農業用水調度使用協調作業要點」(以下簡稱農業用水調度作業要點)規定分別按調度予家用及公共給水、調度予工業用水等2大用水標的給予損害補償。鑒於水權移用涉及不同用水標的之重大利益，且水利法第19條僅就水源量不敷公共給水時，得停止或撤銷其他用水標的之水權，或加使用上之限制並給予原用水人損害之補償外，並未規範不敷工業用水時之調度作為，然經濟部近年逕以屬行政規則層級之農業用水調度作業要點，規範工業部門調用農業用水所生之協調事項，顯與水利法明定農業享有優先用水權之規定相悖，未善盡完備法制之能事而於105年間經監察院糾正在案。
圖4-9-1 91至104年大規模停灌事件圖
資料來源：2017農業灌溉白皮書。
(二)近年中央政府以農業灌溉用水支援其他用水標的及核發停灌補償金之概況
依農委會所提供104至109年度及110年第1期稻作因缺水而辦理停灌休耕並給予補償金之概況(詳表4-9-1)，近7年總計因逢乾旱缺水辦理4次停灌休耕，迄109年度共公告農田停灌面積6萬3,834公頃、實際核發補償金面積4萬6,562公頃、核發補償金43億8,675萬元，並依前開農業用水調度作業要點第4點規定，分別由農委會、經濟部及所屬(含自來水公司)、科技部及行政院災害準備金等各分攤12億2,269萬元、24億9,693萬5千元、4億4,679萬4千元及2億2,033萬1千元，其中109年度第2期作因宣布停灌時桃竹苗地區均已完成水稻種植且處於抽穗期，故相關補償經費農委會無分攤款項。
復就停灌休耕補償金之核發標準，如就最近1次(110年第1期作)辦理停灌休耕之區域及補償內容以觀(詳表4-9-2)，主要為桃園、石門、新竹、苗栗、台中及嘉南6個農田水利管理處轄管區域，補償金係以農家賺款之105%計算，其中農家不種稻，種植「對地綠色環境給付計畫」之綠肥、景觀或各項獎勵作物者，每公頃補助9.3萬元(樣態1)；不種稻，辦理翻耕或種植非屬「對地綠色環境給付計畫」獎勵作物(排除大宗蔬菜甘藍、結球白菜及花椰菜)或由農田水利署管理處供水養殖者，每公頃補助8.2萬元(樣態2)，迄110年5月14日止，屬樣態1之發放面積為3萬7,535.74公頃、發放補償金34億9,083萬1千元；屬樣態2之面積8,730.74公頃、補償金額7億1,592萬1千元，合共停灌休耕面積4萬6,266.48公頃、發放補償金42億675萬2千元，惟觀110年「對地綠色環境給付計畫」之獎勵標準，種植綠肥或景觀作物者每公頃獎勵4萬5千元、種植獎勵作物之補助中以大專業農耕作非基改大豆(黃、黑)及硬質玉米之每公頃獎勵7萬元最高，而前開樣態1每公頃補助9.3萬元較該獎勵標準高出32.86%至106.67%間，其合理性恐待評估檢討。
表4-9-1 104至110年度因缺水停灌休耕之面積及補償金發放概況表
單位：公頃；新臺幣千元
年 度
公告農田停灌面積
申請停灌補償面積
實際核發停灌補償面積
核發停灌補償金額及來源
農委會(A)
經濟部(B)
科技部(C)
其他(D)
合計(E=A+B+C+D)
104
43,659
-
32,381
1,192,027
1,105,352
270,285
0
2,567,664
105
-
-
-
-
-
-
-
-
106
-
-
-
-
-
-
-
-
107
1,175
-
777
30,6637,713
30,936
0
69,312
108
-
-
-
-
-
-
-
-
109
19,000
14,456
13,404
0
1,383,870
145,573
220,331
1,749,774
104至109年度合計
63,834
14,456
46,562
1,222,690
2,496,935
446,794
220,331
4,386,750
110
(第1期作)
74,375
47,362
46,266
經費分攤尚待協商
4,206,752
說 明：1.表列核發停灌補償金額及來源中，科技部含原國科會；經濟部含所屬、非營業基金及自來水公司；農委會含所屬及非營業基金；其他指補償金非由農委會、經濟部及科技部支應，而係由行政院第二預備金、災害準備金等支應。
2.有關110年第1期作停灌補償申請案迄110年8月5日止仍有爭議案件尚待釐清，各單位分攤金額需俟爭議案件處理完竣後再行協商。
資料來源：農委會。
表4-9-2 110年度第1期作申請及核發停灌休耕補償概況表
單位：公頃；新臺幣千元；%
管理處別
作物別
申請總面積
發放面積
申請筆數
(A)
發放筆數(B)
待撥筆數(C)
發放總金額
完成發放比率(D=B/A*100%)(B/A)
桃園管理處
態樣1
7,523.81
6,819.85
77,469
71,533
5,936
634,248
92.34
態樣2
1,607.69
1,509.95
21,624
20,674
950
123,816
95.61
小計
9,131.50
8,329.80
99,093
92,207
6,886
758,063
93.05
石門管理處
態樣1
4,291.36
4,281.72
39,347
39,301
46
398,200
99.88
態樣2
393.76
393.73
4,038
4,037
1
32,286
99.98
小計
4,685.12
4,675.44
43,385
43,338
47
430,486
99.89
新竹管理處
態樣1
1,950.13
1,938.69
24,875
24,801
74
180,299
99.70
態樣2
609.64
600.67
11,001
10,904
97
49,255
99.12
小計
2,559.77
2,539.36
35,876
35,705
171
229,554
99.52
苗栗管理處
態樣1
1,577.14
1,366.01
13,268
11,530
1,738
127,039
86.90
態樣2
301.63
250.59
2,803
2,343
46020,549
83.59
小計
1,878.77
1,616.60
16,071
13,873
2,198
147,588
86.32
台中管理處
態樣1
7,660.48
7,660.31
66,234
66,229
5
712,410
99.99
態樣2
4,150.59
4,149.31
44,553
44,524
29
340,244
99.93
小計
11,811.06
11,809.62
110,787
110,753
34
1,052,653
99.97
嘉南管理處
態樣1
15,469.16
15,469.16
88,350
88,350
-
1,438,635
100
態樣2
1,826.49
1,826.49
11,283
11,283
-
149,772
100
小計
17,295.65
17,295.65
99,633
99,633
-
1,588,407
100
總計
態樣1
38,472.08
37,535.74
309,543
301,744
7,799
3,490,831
97.48
態樣2
8,889.79
8,730.74
95,302
93,765
1,537
715,921
98.39
小計
47,361.87
46,266.48
404,845
395,509
9,336
4,206,752
97.69
說 明：1.表列發放進度統計至110年5月14日止。
2.表列樣態1指：不種稻，種植「對地綠色環境給付計畫」之綠肥、景觀或各項獎勵作物，每公頃補助9.3萬元；樣態2指：不種稻，辦理翻耕或種植非屬「對地綠色環境給付計畫」獎勵作物(排除大宗蔬菜甘藍、結球白菜及花椰菜)或由農田水利署管理處供水養殖者，每公頃補助8.2萬元。
資料來源：農委會。
(三)農委會以農業受進口損害救助基金支應停灌補償金是否符合該基金原始設立目的，有待商榷
依農委會所提供資料，104至110年度農委會分攤之休耕補償金均係由所主管農業受進口損害救助基金(以下簡稱農損基金)支應，其中110年度第1期作該會預估分攤金額為24億3,245萬元，惟該基金係依農業發展條例第52條第3項規定設置，其救助之原則為國產農產品因進口或與外國或國際組織協議降低關稅稅率或開放進口，而遭受損害或有損害之虞時實施。若就110年度第1期作之發放原因及對象以觀，概係因逢枯水期，水源不足，爰調度農業用水以供應家用、公共給水及工業用水所致，所補償對象除停灌農民外尚包含育秧苗業者、水稻代耕業者、稻穀烘乾業者及糧食倉儲、運輸、碾米等其他受停灌影響業者之救助經費(詳表4-9-3)，雖稻農不種稻作改種植其他作物或綠肥等，有部分作物符合「對地綠色環境給付計畫」獎勵耕作之品項，然該救助經費實乃因缺水造成停灌，而非因進口因素對國內農業造成之損害，故逕以農損基金支應是否合於該基金之原始設立目的，容待商榷。
表4-9-3 110年度第1期作停灌區發放相關稻作業者救助經費明細表
單位：公頃；新臺幣千元
項 目
育秧苗業者
稻穀烘乾業者
水稻代耕業者
合 計
停灌相關稻作業者受影響面積
35,584.19
救助內容及計算方式
每箱秧苗救助8元
按停灌種稻面積每公頃平均產量計算總稻穀量，並以每公噸救助300元計
按水稻代耕機台數發放救助金
-
預撥救助金額
70,131
68,797
184,511
323,440
說 明：依農委會所提供資料，預撥停灌區相關稻作業者救助經費3億2,344萬元中，農委會、科技部、自來水公司及水利署分別分攤1億1,320萬4千元、5,660萬2千元、6,468萬8千元及8,894萬6千元。
資料來源：農委會。