(一)為合理反映要保機構之經營風險，我國於88年7月1日將單一費率改採風險差別費率制度，費率分別為保額內存款萬分之1.5、萬分之1.75及萬分之2等3級。嗣為加速保險賠款特別準備金累積，分別於89年、96年及100年擴大各級費率，目前銀行及信用合作社之保額內存款差別費率分別為萬分之5、6、8、11、15及萬分之4、5、7、10、14；農、漁會信用部之差別費率為萬分之2、3、4、5、6等五級。

(二)另存保公司於102年間研擬「存款保險費率實施方案」部分條文修正案，並報奉主管機關金管會核定自103年1月1日實施。要保機構之存款保險費，保額內存款按其風險指標核算之差別費率計收，保額以上存款按固定費率計收，並以「資本適足率」及「風險差別費率評等系統綜合得分」作為風險分級指標，各分為三級，資料來源雖以要保機構之申報資料為主，但存保公司亦得對要保機構辦理查核，俾確認要保機構申報風險指標相關資料、檔案之正確性。