(一)自96年1月起，存保公司分設一般金融與農業金融存保準備金，以分別管理存款保險相關事宜
農業金融法於93年1月30日公布施行後，農業金融機構統(改)由農委會為主管機關，考量一般金融機構與農業金融機構除主管機關、監理規範不同外，承受之風險亦有明顯差異，其存款保險事項允宜配合分別管理，爰存款保險條例第6條第1項及第2項規定，存保公司辦理銀行、信用合作社、郵政儲金匯兌機構與農業金融機構之存款保險事宜，應分設一般金融及農業金融保險賠款特別準備金帳戶處理，以保障存款人權益並穩定金融市場秩序。
(二)自96年9月起存保公司陸續分攤問題金融機構之賠付款，不僅造成歷年累積準備金快速用罄，亦影響公司穩健經營
96年初因金融重建基金可動用之財源不足以處理由其列管之7家問題金融機構，行政院遂於96年1月核定同意金融重建基金與一般金融存保準備金之合併運用機制，故自96年下半年起，存保公司陸續分攤相關賠付款。在金融重建基金運作期間，存保公司一般金融保險賠款特別準備金，因配合該基金處理經營不善金融機構，自96年12月起由正轉為負數，97年4月甚至達負735億元，嗣經銀行業營業稅撥入款挹注情形下，截至102年3月底止，始轉正為59.4億元，龐大資金缺口不僅造成歷年累積一般金融保險賠款特別準備金快速用罄(如表4)，亦嚴重影響該公司整體健全經營與穩定，顯示系統性金融危機所產生之賠付成本及資金需求頗為龐鉅，如未能適時導入政府金融營業稅收入等長期穩定財源，僅依靠存款保險之保費收入，尚難達成財務穩健之經營目標。
(三)截至109年底，保險賠款特別準備金較法定應提存數尚不足3,737.01億元，亟待妥謀善策因應，俾儘速達成法定政策目標
截至109年底止，存保公司一般金融及農業金融保險賠款特別準備金分別為1,081.60億元及57.35億元，僅占要保機構保額內存款比率之0.47%及0.40%，較法定應提存數不足3,504.47億元及232.54億元(詳表4、表5)，合計不足數高達3,737.01億元，迭遭外界質疑損及賠付能力。該公司雖已研採強化承保風險控管、加強準備金運用效益，暨準備金不足時，向中央銀行申請特別融資，或向金管會與農委會申請動支「金融業特別準備金」及「農會漁會信用部賠付專款」等因應機制，惟仍宜妥謀善策以充實存保準備金，俾儘速達成法定目標。
(四)存保公司所訂至111年度之存保準備金提存目標，距法定目標值仍有不小差距
由於營業基金係本企業化經營，透過市場機制從事各項營業行為，為肆應市場及經營環境之變動，預算管理重點在合理估測執行期間可達成之營運目標，故存保公司對於中長期發展計畫之訂定，應有更詳實之各年度目標及相應之預算項目，俾作為嗣後績效考核之依據。存保公司自87年起訂定中長期發展計畫並經董事會決議通過後據以執行，其中87年至94年間，存保公司視業務狀況採取逐年平移修正；惟依存保公司95年5月第7屆第17次董事會決議，自95年起改訂定各中長期發展計畫，包括：95年至101年七年發展計畫、102年至108年七年發展計畫，以及109年至111年三年發展計畫。
依109年至111年三年發展計畫之計畫目標一：「持續累積保險賠款特別準備金，使一般金融準備金於111年底達保額內存款0.56%；農業金融準備金於111年底達保額內存款0.45%，以保障存款人權益。」存保公司109年至111年三年發展計畫已揭示計畫終期(111年底)之準備金目標比率，惟尚未明確勾勒各年度目標與相對應預算項目及金額，且以該目標比率換算(以表5之109年度資料換算)之準備金，距法定應提存數尚不足3,526.63億元，顯示該公司所訂定中長期存款保險營運值目標偏屬保守，缺乏挑戰性，不易發揮績效管理之功能。
表4 存保公司88年度至110年度保險賠款特別準備金提存情形表
單位：新臺幣百萬元；家數；%
年度
要保機構類 別
要保機構
保險費
收 入
保險賠款特別準備金d
準備金占保額內存款比率e=d/b
家數
要保存款
總額 a
保額內
存款b
占比c=b/a
88
-
459
16,420,478
7,768,931
47.31
900
1,752
0.02
89
-
456
16,900,795
7,694,974
45.53
3,321
4,840
0.06
90
-
417
17,894,174
8,116,107
45.36
3,408
8,528
0.11
91
-
405
18,339,760
8,273,608
45.11
3,597
9,662
0.12
92
-
401
19,183,842
8,613,531
44.90
3,766
10,946
0.13
93
-
396
20,444,435
9,018,811
44.11
3,909
12,154
0.13
94
-
390
21,850,180
9,528,181
43.61
4,019
13,579
0.14
95
-
383
22,670,064
9,686,080
42.73
4,109
15,125
0.16
96
一般金融
98
21,764,787
10,473,522
48.12
3,965
0
0
農業金融
278
1,298,495
901,417
69.42
365
2,180
0.24
97
一般金融
94
存款全額保障
4,067
0
0
農業金融
290
301
2,293
-
98
一般金融
93
4,184
0
0
農業金融
290
291
2,395
-
99
一般金融
90
4,389
0
0
農業金融
301
302
2,507
-
100
一般金融
89
30,127,900
16,310,588
54.14
8,792
0
0
農業金融
303
2,093,921
1,194,099
57.03
355
2,744
0.23
101
一般金融
88
31,305,920
17,036,852
54.42
8,196
0
0
農業金融
303
2,166,797
1,230,068
56.77
324
3,054
0.25
102
一般金融
92
33,053,762
17,668,414
53.45
8,328
27,133
0.15
農業金融
303
2,243,395
1,263,214
56.31
322
3,368
0.27
103
一般金融
91
34,980,573
18,604,213
53.18
8,646
47,343
0.25
農業金融
304
2,314,523
1,299,962
56.17
322
3,690
0.28
104
一般金融
90
36,903,038
19,268,419
52.21
8,799
56,428
0.29
農業金融
307
2,349,858
1,336,482
56.88
325
4,007
0.30
105
一般金融
89
38,318,605
19,955,151
52.08
8,994
65,665
0.33
農業金融
311
2,406,935
1,364,147
56.68
332
4,338
0.32
106
一般金融
89
39,853,676
20,491,068
51.42
9,179
75,556
0.37
農業金融312
2,434,855
1,374,372
56.45
335
4,678
0.34
107
一般金融
88
40,736,004
20,916,986
51.35
9,459
86,276
0.41
農業金融
312
2,428,825
1,380,869
56.85
333
5,017
0.36
108
一般金融
87
43,039,170
21,797,652
50.65
9,700
96,577
0.44
農業金融
312
2,484,703
1,398,463
56.28
334
5,362
0.38
109
一般金融
88
47,246,275
22,930,365
48.53
10,030
108,160
0.47
農業金融
312
2,649,901
1,449,435
54.70
333
5,735
0.40
110
一般金融
-
-
-
-
-
99,067
農業金融
-
-
-
-
-
6,138
-
說 明：表內存保準備金，88年度至108年度為審定決算數，109年度為行政院核定決算數，110年度為預算案數。存保公司自96年9月起陸續分攤處理經營不善金融機構之賠付款，致96年至101年一般金融機構保險賠款特別準備金及該準備金占保額內存款比率皆為0。
資料來源：存保公司提供。
表5 存保公司101年度至110年度一般金融及農業金融保險賠款特別準備金餘額表 單位：新臺幣百萬元；%
年底
類別
保險賠款特別準備金A
以法定目標比率提存數
準備金不足數C-A
準備金占保額內存款比率A/B(%)
保額內存款B
安全存量C
101
一般金融
0
17,036,852
340,737
340,737
0
農業金融
3,054
1,230,068
24,601
21,547
0.25
102
一般金融
27,133
17,668,414
353,368
326,235
0.15
農業金融
3,368
1,263,214
25,264
21,896
0.27
103
一般金融
47,343
18,604,213
372,084
324,741
0.25
農業金融
3,690
1,299,962
25,999
22,309
0.28
104
一般金融
56,428
19,268,419
385,368
328,940
0.29
農業金融
4,007
1,336,482
26,730
22,723
0.30
105
一般金融
65,665
19,955,151
399,103
333,438
0.33
農業金融
4,338
1,364,147
27,283
22,945
0.32
106
一般金融
75,556
20,491,068
409,821
334,265
0.37
農業金融
4,678
1,374,372
27,487
22,809
0.34
107
一般金融
86,276
20,916,986
418,340
332,064
0.41
農業金融
5,017
1,380,869
27,617
22,600
0.36
108
一般金融
96,577
21,797,652
435,953
339,376
0.44
農業金融
5,362
1,398,463
27,969
22,607
0.38
109
一般金融
108,160
22,930,365
458,607
350,447
0.47
農業金融
5,735
1,449,435
28,989
23,254
0.40
110
一般金融
99,067
-
-
-
-
農業金融
6,138
-
-
-
-
說 明：本表基準日為各該年之12月31日，110年度尚無保費基數相關資料。表內存保準備金，101年度至108年度為審定決算數，109年度為行政院核定決算數，110年度為預算案數。
資料來源：存保公司提供。