(一)為穩定金融信用秩序，政府挹注鉅額公共資金設置金融重建基金，以加速處理經營不善之金融機構退出市場
政府為穩定存款人信心，防範金融機構發生系統性風險，經參酌美、日、韓等國以公共資金挹注方式，加速經營不善之金融機構退出市場。基此，立法院於90年6月27日三讀通過「行政院金融重建基金設置及管理條例」(以下稱重建基金管理條例)，並於同年7月9日總統令公布施行，期以專法設置金融重建基金，以有效處理問題基層金融機構多年沈痾，解決部分銀行授信品質急遽惡化問題，並加速經營不善之金融機構退出市場。為期順利執行處理任務，金融重建基金揭櫫之四項處理原則為「安定金融秩序」、「確保存款人權益」、「金融服務不中斷」及「社會成本最低」等事項。
又金融重建基金財源主要為政府金融營業稅收入及金融業者繳納之存款保險費收入，包括：91年1月至99年12月之金融業營業稅稅款2,085億元，以及自91年1月起10年內，依89年1月1日起調高保險費率所增加之存款保險費收入258億元，合共2,343億元；顯示政府為避免存款人信心危機所引發連鎖性之衝擊，除以專法設置金融重建基金外，並挹注鉅額預算資源，俾期重建基金能有充足處理財源，儘速達成前開問題金融機構加速退出市場及處理成本最小化之政策目標。
(二)截至110年3月底，金融重建基金與存保理賠準備金合併賠付金額已高達2,841億元，造成財務沉重負擔
金融重建基金自90年7月設置迄100年底屆期結束，共處理56家經營不善金融機構之退場事宜，其中47家基層金融機構、高企及中興銀行之賠付款，係由金融重建基金負擔；至於台東企銀等7家經營不善金融機構，則由金融重建基金及存保準備金依合併運用機制處理。截至110年3月底止，依合併運用機制賠付之金額已高達2,841億元，其中金融重建基金賠付2,077億元，存保準備金賠付764億元(詳表8)；上開龐大賠付金額，造成存保準備金之鉅額資金缺口，究其原因，主要係自96年下半年起，存保公司除需處理多家問題金融機構退場事宜外，且重建基金設置期間，為避免系統性風險，分別於90年7月至94年7月、97年10月至99年12月間，擴大存款保險保障範圍至全額保障，致準備金不足並呈負數，於102年初始彌平缺口並重新累積。
(三)問題基層金融機構之相關清理措施，缺乏長遠規劃及管理，致不同主管機關彼此之間無法充分配合，徒增政府財務負擔
1.為避免引發地區性金融危機，政府除設置重建基金外，並責由存保公司進駐輔導、監管或接管問題基層金融機構，以加速其退出市場；金融重建基金自90年7月設置迄今共處理38家農、漁會信用部，截至110年3月底止賠付金額已高達496億元［占賠付總額(家數)之17.46%(67.86%)，詳表8］。另在重建基金設置初期，38家農、漁會信用部經台銀(臺灣銀行簡稱，以下同)、土銀、一銀、彰銀、農銀、華銀、合庫等7家行庫承受，以及屏東縣南州鄉農會、嘉義縣竹崎鄉農會命令合併，已平和順利退場，消弭金融危機於無形。
2.然農業金融法於93年1月30日施行後，農、漁會與其信用部改由農業金融中央主管機關(下稱農委會)統籌管理，農委會爰依農業金融法第59條第1項規定許可上開38家農、漁會自93年6月起重新設立信用部，並加入存款保險；不同主(政)管機關考量點各不相同，彼此之間無法充分配合、縝密銜接，以致政府一方面為避免擠兌及造成系統性危機，降低整體社會成本為考量，特立專法設置重建基金，令經營不善之基層金融機構信用部儘速退場，一方面又以落實相關農業政策為由，許可前開經營失敗金融機構信用部重新營業，最後結果可能仍回歸原點，並耗費許多作業成本與寶貴預算資源。顯示農、漁會信用部有其本質上重要性，如僅以懲罰性手段作為管理方式，忽略了協助農、漁會信用部再生之機制，恐將使立意良好改革政策，未蒙其利，先受其害，且需付出龐大社會代價。
表8 截至110年3月底止金融重建基金與存保理賠準備金對經營不善金融機構之賠付情形表 單位：新台幣億元
賠付情形
賠付機構
家數
金融重建
基金負擔(1)
存保公司
負擔(2)
合 計(3)=(1)+(2)
農漁會信用部
38
496
0
496
信用合作社
9
433
0
433
銀行
9
1,148
764
1,912
1.高企
138
0
138
2.中興
585
0
585
3.花企
12
37
49
4.東企11
45
56
5.中聯信託
5
12
17
6.中華
188
281
469
7.寶華
171
250
421
8.亞洲信託
0
0
0
9.慶豐
38
139
177
合 計
56
2,077
764
2,841
資料來源：存保公司提供。