(一)前瞻基礎建設計畫中仍有少數公共建設計畫於計畫尚未核定前即已先行編列預算，惟因核定時間較晚致預算全數結餘或保留
依預算法第34條規定：「重要公共工程建設及重大施政計畫，應先行製作選擇方案及替代方案之成本效益分析報告，並提供財源籌措及資金運用之說明，始得編列概算及預算案，並送立法院備查。」政府公共建設計畫先期作業實施要點第4點規定略以，各機關提報年度重大公共建設計畫經費，新興計畫應依行政院中長程個案計畫編審相關規定完成報核程序，但因應緊急重大政策需要，不在此限。
復據前瞻基礎建設特別條例第5條、第6條第1項及第4項規定略以，中央執行機關辦理前瞻基礎建設計畫，應依國土計畫法等規定及視其計畫性質就其目標、資源需求、財務方案、營運管理等詳實規劃，及依法辦理環境影響評估等，擬具可行性研究、綜合規劃及選擇與替代方案之成本效益分析等報告，提報行政院核定，並按計畫期程提出經費需求，其計畫預算應依計畫屬性分別辦理先期作業審查，該等先期作業未完成可行性評估、綜合規劃、環境影響評估者，不得動支工程預算。
經調查交通部、內政部、科技部、經濟部、教育部、文化部、農委會、衛福部及環保署等9個機關(以下簡稱各機關)於流域綜合治理計畫特別預算(第1期至第3期)及前瞻基礎建設計畫特別預算(第1期至第3期)支應之公共建設中，可行性評估或計畫仍未經核定但先行編列預算者共5項(均為交通部編列至前瞻基礎建設計畫特別預算之公共建設，詳表3-3-1)，其中「花東地區鐵路雙軌電氣化計畫」及「臺鐵都會區捷運化桃園段地下化建設計畫」分別至110年4月及109年9月核定，惟2項計畫於前瞻基礎建設計畫第2期編列預算(3,000萬元及2億3,200萬元)，因計畫核定時已過或已接近2期特別預算結束時間(109年底)，肇致前者預算全數列結餘數及後者全列保留數，顯示計畫納編預算妥適性容有改善空間；此外，前瞻基礎建設計畫第3期尚有「新竹大車站計畫」、「基隆南港間通勤軌道建設計畫」及「新竹輕軌紅線建設計畫」等3項計畫未經行政院核定，其中「新竹輕軌紅線建設計畫」可行性評估報告亦未核定，雖該等計畫開始期間係110年12月後，惟因相關經費已納編預算，仍宜加速審核程序，以避免相關預算未能及時運用。
表3-3-1 各機關前瞻基礎建設計畫第1期至第3期可行性評估或計畫仍未經核定但先行編列預算之公共建設計畫明細
單位：新臺幣千元
預算編列年度
執行
機關
計畫名稱
計畫總金額
計畫起迄年月
計畫核定日期
可行性評估核定日期
前瞻第2期
109
鐵道局
花東地區鐵路雙軌電氣化計畫
45,627,360
110.5-
117.4
110.4.8
106.5.2
109
鐵道局
臺鐵都會區捷運化桃園段地下化建設計畫
104,793,113
109.9-
119.12
109.9.2
106.7.31
前瞻第3期
110
鐵道局
新竹大車站計畫
6,533,258
111.3-
118.12
未核定
109.3.31
110
鐵道局
基隆南港間通勤軌道建設計畫
10,452,100
110.12-
119.12
未核定
108.4.10
111
新竹市政府
新竹輕軌紅線建設計畫
46,178,000
111.1-
118.8
未核定
未核定
資料來源：整理自各機關提供之資料。
(二)部分特別預算編列公共建設計畫預算後逾1年仍未執行或有緩辦情形，恐不利預算資源有效分配
依各機關提供之資料，前瞻基礎建設計畫及流域綜合治理計畫特別預算之公共建設計畫，103年度至110年度3月間曾編列預算但自編列預算後逾1年仍未執行或動工者共有6項(詳表3-3-2，均為交通部計畫)，4項為捷運規劃，2項為鐵路高架化或立體化規劃，計畫期間於106年度及107年度開始，結束則為111年度及112年度，截至109年底累計預算數為1億5,660萬元，累計支用數為0，其中「臺中捷運綠線延伸(大坑及彰化)規劃作業」等4項計畫前期未能執行，後期仍持續編列算，雖6項計畫總經費(5億3,340萬元)及累計編列之預算數不多，然為使政府資源更有效分配，允宜滾動式檢討預算編列之合理性。
表3-3-2 各機關103年至110年3月間曾編列預算但自編列預算後逾1年仍未執行或動工之前瞻基礎建設計畫第1期至第3期公共建設計畫明細 單位：新臺幣千元
計畫名稱
年度
預算數
計畫
總金額
計畫
期間
未執行或未動工原因
實際開工或執行年月
截至109年底累計支用數
臺中捷運綠線延伸（大坑及彰化）規劃作業
107
8,000
40,000
107-112
可行性研究尚未核定(目前仍於行政院審議階段)。
尚未執行
0
109
7,600
110
2,800
桃園綠線延伸至中壢規劃作業（前置作業）
107
4,000
143,000
107-111
行政院於109年2月間核定可行性研究，桃園市府已依據行政院函修改完成招標文件，並於同年6月間將綜合規劃採購案上網公告，同年8月間決標，刻正辦理綜合規劃階段相關作業。
109.8
0
108
4,000
109
45,000
臺南市先進運輸系統第一期藍線規劃作業
107
15,000
225,400
106-111
受台南市議會審議墊付案時程影響。
第一期藍線綜合規劃(108.11.1簽約)
0
臺南市先進運輸系統(藍線、綠線、紅線)規劃作業
109
53,000
第一期藍線延伸線可行性研究(108.10.16簽約)
110
63,000
編列綜合規劃作業費用，須俟可行性研究經中央審核通過始得啟動。
紅線可行性研究(108.10.7簽約)
大臺中山海線鐵路雙軌高架化建置計畫規劃
107
5,000
45,000
106-111
編列綜合規劃作業費用，須俟可行性研究經中央審核通過始得啟動。
尚未執行
0
108
5,000
109
5,000
臺南鐵路立體化延伸至善化地區計畫規劃
107
5,000
80,000
106-111
編列綜合規劃作業費用，須俟可行性研究經中央審核通過始得啟動。
尚未執行
0
資料來源：整理自各機關提供之資料。
據交通部說明，其未執行或未動工主要原因為該等計畫多編列綜合規劃作業費用，必須俟可行性研究經行政院審核通過後始得啟動，另或受地方政府議會審議延遲等影響，截至110年3月底執行狀況，僅有「桃園綠線延伸至中壢規劃作業(前置作業)」、「臺南市先進運輸系統第一期藍線規劃作業」及「臺南市先進運輸系統(藍線、綠線、紅線)規劃作業」之第一期藍線已進入綜合規劃作業，其餘計畫仍持續辦理可行性研究報告之審查或修正，允宜持續積極進行，以利計畫後續規劃進行。
復按各機關提供流域綜合治理及前瞻基礎建設計畫特別預算曾發生停辦之公共建設計畫計有1項，為交通部之「東港觀光鐵道可行性研究」，編列預算為2,500萬元，據該部說明，經依未來發展及當地需求評估後，投資效益不顯著，故暫緩辦理，緩辦前雖未投入經費，惟顯示編列預算前未能審慎考量規劃，肇致相關預算編列卻未能有效運用，允宜適時檢討改善。
(三)部分軌道建設計畫未能先整體規劃或辦理可行性研究，肇致預算編列多年仍於規劃階段，或計畫間互有競合
查審計部前瞻基礎建設計畫第2期特別決算審核報告，其中針對鐵路及捷運多數計畫截至110年3月底仍於規劃(含可行性研究)辦理作業中，說明如下：
1.共26項鐵路建設持續進行規劃(含可行性研究)作業，包含前瞻基礎建設計畫第1期「恆春觀光鐵道計畫規劃作業」、「大臺中地區山海線計畫」及「臺南鐵路延伸善化計畫」等3項尚於可行性研究中(或報告修正中)，「高鐵延伸屏東規劃作業」、「花東鐵路雙軌電氣化計畫規劃作業」、「北宜鐵路提速計畫」、「高鐵彰化站與臺鐵轉乘接駁計畫規劃作業」及「嘉義縣民雄鄉、水上鄉鐵路高架化綜合規劃作業」等5項綜合規劃中，其中部分計畫因交通部仍未擬訂全國鐵路網計畫，致需重新釐清各計畫間競合關係，或有中央與地方政府計畫評估範圍部分重疊等情形。
2.共10縣市政府規劃辦理捷運建設計畫，僅有臺北市及彰化縣政府捷運整體路網評估計畫業經交通部審議通過，臺中市及新竹市核備中，其餘新北市、桃園市、臺南市、高雄市、基隆市及屏東縣仍尚待提報或待審議中，且部分計畫存有可行性研究內容與其撰擬之捷運整體路網評估計畫不符(如新竹捷運環線輕軌計畫)，或與其他計畫互有競合(如基隆南港間通勤軌道建設計畫)等情形。
上開計畫多數需要全面考量及審慎評估，實宜先進行各項整體規劃或可行性研究，以避免預算編列後無法如期執行，或有計畫相互競合情形，致資源無法妥善運用。