依預算法第4條第1項規定：「稱基金者，謂已定用途而已收入或尚未收入之現金或其他財產。基金分左列二類︰…特種基金︰歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左︰…(四)凡經付出仍可收回，而非用於營業者，為作業基金。…」爰屬前揭規定之作業基金，應本使用者付費精神，收回付出成本。惟目前部分作業基金業務收支未盡符合前開定義，謹說明如下：
(一)部分作業基金無適足自有財源，高度仰賴政府補助
經彙整各主管機關提供近年度作業基金之政府補助收入及自籌收入預算編列情形，107至110年度政府補助收入由1,360.26億元逐年成長至1,823.64億元(增幅34.07%)，政府補助收入占基金收入之比率則由8.38%增加至9.58%(詳表3-1-1)，顯示整體作業基金對政府補助收入之需求漸增。又部分基金顯著缺乏自主財源，業務收入來源以政府補助為主，以110年度預算為例，即有54個作業基金之自籌收入占各該基金收入之比率未達50%(詳表3-1-2)，其中如住宅基金、國立臺灣戲曲學院校務基金、國立臺東專科學校校務基金、國立高級中等學校校務基金、花蓮農田水利事業作業基金、國立歷史博物館作業基金及原住民族綜合發展基金(個別)等基金之自籌收入比率甚至未及2成，高度仰賴政府補助，允宜檢討提升相關基金之自籌比率，俾符作業基金自給自足之精神。
表3-1-1 107至110年度作業基金之政府補助收入及自籌收入預算編列情形表
單位：新臺幣億元；%
項目
107年度
108年度
109年度
110年度
預算數
比率
預算數
比率
預算數
比率
預算案數
比率
一、政府補助收入
1,360.26
8.38
1,400.76
8.05
1,730.50
9.56
1,823.64
9.58
二、自籌收入
14,874.96
91.62
16,005.47
91.95
16,371.88
90.44
17,221.49
90.42
收入合計
16,235.22
100.00
17,406.23
100.00
18,102.38
100.00
19,045.13
100.00
資料來源：整理自各主管機關提供資料，本報告製表。
表3-1-2 110年度自籌收入低於50%之作業基金(分基金)概況表
單位：新臺幣億元；%
作業基金/分基金名稱
政府補助收入
自籌
收入
自籌收入比率
作業基金/分基金名稱
政府補助收入
自籌
收入
自籌收入比率
1.住宅基金
50.00
1.40
2.71
28.國立臺北商業大學校務基金
6.31
4.27
40.33
2.國立東華大學校務基金
13.76
10.22
42.61
29.國立高雄科技大學校務基金
27.79
23.42
45.72
3.國立暨南國際大學校務基金
7.49
6.39
46.06
30.國立體育大學校務基金
4.07
2.73
40.19
4.國立臺北大學校務基金
8.87
7.97
47.33
31.國立臺灣體育運動大學校務基金
4.34
2.25
34.13
5.國立嘉義大學校務基金
14.44
10.90
43.00
32.國立臺灣戲曲學院校務基金
4.51
0.85
15.81
6.國立高雄大學校務基金
5.60
5.23
48.30
33.國立臺南護理專科學校校務基金
2.51
0.80
24.07
7.國立臺東大學校務基金
7.37
4.45
37.64
34.國立臺東專科學校校務基金
3.64
0.78
17.56
8.國立宜蘭大學校務基金
6.79
5.43
44.45
35.國立自然科學博物館作業基金
4.79
1.87
28.12
9.國立聯合大學校務基金
6.77
6.33
48.33
36.國立科學工藝博物館作業基金
1.92
1.23
39.06
10.國立臺南大學校務基金
7.31
4.95
40.35
37.國立海洋生物博物館作業基金
1.10
1.01
47.82
11.國立金門大學校務基金
4.86
2.64
35.21
38.國立臺灣科學教育館作業基金
1.43
0.79
35.77
12.國立屏東大學校務基金
9.98
6.37
38.94
39.國立臺灣圖書館作業基金
1.48
0.67
30.99
13.國立彰化師範大學校務基金
8.39
7.95
48.64
40.國立海洋科技博物館作業基金
1.75
0.99
36.23
14.國立高雄師範大學校務基金
7.34
7.10
49.18
41.國立高級中等學校校務基金
273.92
30.49
10.02
15.國立臺北教育大學校務基金
7.64
5.84
43.32
42.宜蘭農田水利事業作業基金
1.06
1.03
49.39
16.國立臺中教育大學校務基金
6.83
5.66
45.32
43.北基農田水利事業作業基金
0.56
0.28
33.66
17.國立臺北藝術大學校務基金
5.91
3.32
35.96
44.南投農田水利事業作業基金
1.27
1.24
49.33
18.國立臺灣藝術大學校務基金
6.46
4.53
41.18
45.彰化農田水利事業作業基金
3.56
2.75
43.55
19.國立臺南藝術大學校務基金
3.80
1.67
30.46
46.雲林農田水利事業作業基金
6.67
5.95
47.17
20.國立雲林科技大學校務基金
12.75
12.34
49.18
47.屏東農田水利事業作業基金
2.64
1.50
36.22
21.國立虎尾科技大學校務基金
10.05
8.79
46.65
48.臺東農田水利事業作業基金
1.60
0.81
33.54
22.國立屏東科技大學校務基金
12.62
12.44
49.62
49.花蓮農田水利事業作業基金
1.53
0.10
6.09
23.國立澎湖科技大學校務基金
3.74
1.90
33.66
50.國立國父紀念館作業基金
2.82
0.72
20.41
24.國立勤益科技大學校務基金
9.07
7.21
44.28
51.國立中正紀念堂管理處作業基金
1.92
0.68
26.22
25.國立臺北護理健康大學校務基金
5.32
3.71
41.06
52.國立歷史博物館作業基金
1.83
0.12
5.93
26.國立高雄餐旅大學校務基金
4.87
3.18
39.53
53.原住民族綜合發展基金(個別)
10.50
0.58
5.22
27.國立臺中科技大學校務基金
10.35
7.77
42.86
54.原住民族就業基金
3.34
3.34
49.98
說 明：1.本表金額為110年度預算案數。
2.本表自籌收入比率=自籌收入/(政府補助收入+自籌收入)。
資料來源：整理自各主管機關提供資料，本報告製表。
(二)部分基金辦理諸多不具自償性質之支出項目，未盡符合作業基金之定義
監察院前於106年4月5日審議之調查報告指出，內政部所屬住宅基金及中央都市更新基金，與經濟部所屬之中小企業發展基金等基金之屬性雖為作業基金，依預算法規定，其支出應有自償性，惟卻負擔諸多不具回收性支出，恐有損及基金營運永續性之疑慮。茲為瞭解各作業基金近年度不具自償性質之支出項目比率變化情形，爰洽請各主管機關填報相關資料，經彙整如表3-1-3。其中，110年度觀光發展基金新增非自償性支出，主要係因應嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算撥入基金執行計畫及運用基金自籌經費辦理相關紓困補助方案等，致該基金非自償比率增至10.04%；另110年度因增設農田水利事業作業基金，該基金辦理農田水利設施興辦改善及灌溉排水營運精進等相關非自償性業務支出隨同增加。
詢據主管機關說明，各基金辦理非自償性支出多係配合法律規範支出(例如原住民族綜合發展基金依原住民保留地禁伐補償及造林回饋條例辦理原住民保留地禁伐補償，法務部依法提列收容人飲食補助費、犯罪被害補償金等)、政策性計畫辦理(例如住宅基金辦理住宅補貼計畫、中央都市更新基金辦理補助都市更新發展計畫等)。惟以原住民族綜合發展基金辦理原住民族保留地禁伐補償計畫為例，原住民保留地禁伐補償及造林回饋條例並未規範補償資金來源，原住民族綜合發展基金雖已將「原住民族土地賠償、補償、收益款、土地資源開發營利所得及相關法令規定之提撥款」與「限制原住民族利用原住民族土地及自然資源之回饋或補償支出」納入該基金收支保管及運用辦法之收入來源及支出用途，惟近4年度(107至110年度)每年度約編列補償支出21億元，雖由國庫撥補10.5億元，然另無其他土地相關收入財源，實際完全不具有自償性質，尚難謂符合作業基金凡付出仍可收回之精神，允宜檢視基金業務支出之妥適性。
表3-1-3 107至110年度作業基金編列非自償性支出情形表
單位：新臺幣億元；%
基金/分基金名稱
(辦理重要之非自償性支出項目)
107年度
108年度
109年度
110年度
非自償性支出
支出
非自償比率
非自償性支出
支出
非自償比率
非自償性支出
支出
非自償比率
非自償性支出
支出
非自償比率
住宅基金
(社會住宅興辦計畫、住宅補貼計畫)
71.42
71.42
100
74.16
74.16
100
75.32
75.32
100
91.97
91.97
100
中央都市更新基金
(補助都市更新發展計畫)
2.82
4.60
61.24
15.30
17.20
88.96
5.75
7.25
79.31
2.87
4.40
65.26
國軍老舊眷村改建基金
(購宅差額補助款、舊有眷舍處理費)
10.84
21.51
50.39
6.61
18.43
35.84
87.11
97.31
89.51
49.49
61.18
80.89
矯正機關作業基金
(依法提列犯罪被害補償金等、改善收容人醫療等經費)
4.17
11.06
37.70
3.93
10.97
35.86
3.93
10.59
37.15
4.33
11.95
36.23
中小企業發展基金
(行銷及業務輔導計畫、中小企業加速投資行動方案、小型店家數位轉型補助方案等)
6.77
7.29
92.82
5.86
6.39
91.78
13.11
14.63
89.60
15.86
17.33
91.53
觀光發展基金
(嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算撥入與自籌經費、跨域亮點及特色加值計畫)
-
-
-
-
-
-
-
-
-
7.79
77.58
10.04
農田水利事業作業基金
(會費補助、農田水利設施興辦改善等)
-
-
-
-
-
-
-
-
-
30.15
153.54
19.64
原住民族綜合發展基金(個別)
(原住民族保留地禁伐補償計畫等)
22.77
23.01
98.94
23.86
24.15
98.77
24.03
24.36
98.65
23.25
23.60
98.52
說 明：1.本表金額107至109年度為法定預算數，110年度預算案數。
2.本表非自償性支出由主管機關認定，非自償比率=非自償性支出/支出。
3.為簡化表件，本表僅列示非自償比率超過10%之基金。
資料來源：整理自各主管機關提供資料，本報告製表。
綜上，作業基金雖非以營利為目的，但所辦理之業務原則應具有自償性質，並本使用者付費精神，收回所付出之成本。惟近年度仍有部分作業基金自籌財源不足，高度仰賴政府補助，允宜積極開源節流，減少對國庫之依賴；另有部分作業基金辦理非自償性業務支出之比率甚高，允宜審慎檢視各項業務支出之妥適性，俾符作業基金之精神。