(一)毒品防制基金之經費來源不限於政府補助，亦包括民間捐贈及其他有關收入等
依據毒品危害防制條例第2條之2第1項規定：「法務部為推動毒品防制業務，應設基金，其來源如下：一、循預算程序之撥款。二、犯本條例之罪所科罰金及沒收、追徵所得款項之部分提撥。三、違反本條例所處罰鍰之部分提撥。四、基金孳息收入。五、捐贈收入。六、其他有關收入。」為推動毒品防制業務，法務部前於108年1月1日設立毒品防制基金，其設立宗旨主要係政府於公務預算外，增加資源，協助推動各項毒品防制業務，藉以更有效落實整體性、跨部會間之反毒工作，加強各機關執行措施之銜接與合作，並讓民間資源更易於參與公部門之反毒行列。另據法務部補充說明：「毒品防制基金設立時已設置捐款專戶，請各受補助單位於辦理相關毒品防制活動時協助宣導，以促進民眾瞭瞭解毒品防制基金設立功能並提高捐款意願。」
(二)毒品防制基金經費來源仍多仰賴政府補助，經費自籌能力待加強
按預算法第4條第1項第2款：「…歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左…(五)有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。…。」特別收入基金設置之目的，主要為達成特定政策目的或支應特定業務，性質與普通基金相近，故依照我國政府會計準則公報、特別收入基金亦屬政事型基金，其與普通基金之最大區別，即在於特別收入基金需有特定或指定收入來源，辦理特定政務。
毒品防制基金108至110年度基金來源介於3億6,110萬1千元至4億7,925萬8千元間(決算數，以下同)，基金用途介於1億6,634萬6千元至4億3,206萬元之間，收支相抵賸餘數則介於425萬5千元至1億9,476萬2千元之間，營運情形尚稱良好；惟倘扣除各該年度政府撥入收入，則收支相抵短絀數介於1億6,633萬9千元至4億2,036萬6千元之間，顯示毒品防制基金所需經費甚鉅，該基金雖有受贈收入等零星自有財源，但仍無法支應毒品防制業務之龐大支出，爰須由公務預算(普通基金)撥款挹注資金(詳表20、表21)。
(三)審計部109年度查核時發現，毒品防制基金主要收入來源幾近全數仰賴國庫撥款，造成政府財政沉重負擔
觀察毒品防制基金108至111年度政府撥入收入成長情形，由108年度之3億6,110萬1千元，成長至111年度之4億2,462萬1千元(除111年度為預算案數外，餘為預算數，以下同)，增加6,352萬元(成長率17.59%)，顯示在政府預算資源相對匱乏與該基金自有財源籌措不易之情況下，上開毒品防制業務急遽擴增，將加重政府財務負擔。此外，審計部109年度查核時亦發現，毒品防制基金108年度主要收入來源幾近全數仰賴國庫撥款，為能減輕政府財政負擔，允應研謀國庫撥款以外之適足財源，及積極引進民間資源之可行性，以增裕基金財源，促進基金永續循環運用，落實以特定財源達成特定政務之目的。
(四)部分補助辦理毒品防制業務計畫執行情形未臻理想，亟待研謀改善
依據毒品危害防制條例第2條之1與第2條之2規定，毒品防制基金用途計有毒品檢驗、戒癮治療、心理輔導、安置、就醫、就學、教育宣導等項目；惟因基金規模有限，為達資源有效配置與最大效益，依109年8月24日該基金管理會第7次會議決議，(111及以後年度)補助方向以「多元處遇及復歸社會」、「解決新興毒品及少年毒品問題」、「施用毒品者成癮治療」及「創新多元化毒品防制宣導」為主要補助項目。
為賡續推動各項毒品防制業務，毒品防制基金補助法務部、衛生福利部、教育部、內政部及勞動部，分別辦理矯正觀護社區預防毒品防制、醫療社福毒品防制、校園毒品防制、社會維安毒品防制及就業促進毒品防制等5項業務計畫；108至110年度整體計畫實際執行率介於46.07%至82.75%間；其中又以衛生福利部辦理之醫療社福毒品防制計畫預算金額占比最高，惟執行率僅介於40.73%至70.70%間，執行情形未臻理想(詳如表22)，主要原因分述如下：
1.108年度預算數2億4,853萬7千元，決算數1億121萬9千元，執行率40.73%，主要係鴉片、非鴉片類藥癮者治療費用計畫之補助項目、條件及治療費用收費標準等制定程序延宕，致相關支出未能依原訂期程辦理。
2.109年度預算數3億5,195萬2千元，決算數2億2,281萬7萬元，執行率63.31%，主要係藥癮者成癮醫療相關費用補助計畫與藥癮個案多元社區復健服務模式暨品質提升計畫執行情形未臻理想，以及部分中途之家未覓得合適安置空間，致申請件數未如預期。
3.110年度預算數3億6,364萬4千元，決算數2億5,708萬元，執行率70.70%，主要係因新冠病毒疫情嚴竣，影響個案就醫意願，且配合防疫措施，醫療機構降載服務量能、中途之家與自立宿舍暫停收案、各項輔導及訪視等活動減少或取消辦理，致相關支出較預計減少等因素所致。
表20 108至111年度毒品防制基金收入、支出概況表單位：新臺幣千元
項目
年度
基金來源
基金用途
本期餘絀
預算數
決算數
預算數
決算數
預算數
決算數
108
361,101
361,109
361,101
166,346
0
194,762
109
471,255
479,258
471,255
327,300
0
151,958
110
424,621
436,316
522,099
432,060
-97,478
4,255
111
424,633
-
611,920
-
-187,287
-
說 明：毒品防制基金於108年度設立。
資料來源：整理自毒品防制基金各年度預、決算書。
表21 108至111年度毒品防制基金收入概況一覽表 單位：新臺幣千元
年度
項目
108年
109年
110年
111年
預算數
預算數
決算數
預算數
決算數
預算數
決算數
徵收及分配收入
0
0
0
13
0
2
0
違規罰款收入
0
0
0
13
0
2
0
財產收入
0
0
0
7
0
20
6
利息收入
0
0
0
7
0
20
6
政府撥入收入
361,101
361,101
471,255
471,255
424,621
424,621
424,621
公庫撥款收入
361,101
361,101
471,255
471,255
424,621
424,621
424,621
其他收入
0
8
0
7,983
0
11,673
6
受贈收入
0
8
0
17
0
86
6
雜項收入
0
0
0
7,966
0
11,586
0
基金來源小計
361,101
361,109
471,255
479,258
424,621
436,316
424,633
資料來源：整理自毒品防制基金各年度預、決算書。
表22 108至111年度毒品防制基金主要業務計畫預、決算表
單位：新臺幣千元
年度
計畫項目
108年
109年
110年
111年
預算數
預算數
決算數
預算數
決算數
預算數
決算數
矯正觀護社區預防毒品防制
46,478
30,572
56,622
49,010
106,251
114,268
234,390
醫療社福毒品防制
248,537
101,219
351,952
222,817
363,644
257,080
304,973
校園毒品防制
48,784
27,667
47,830
44,685
38,728
36,054
32,438
社會維安毒品防制
5,262
4,542
5,413
5,253
8,454
19,988
34,526
就業促進毒品防制
5,304
281
3,000
384
0
0
0
一般行政管理
6,736
2,065
6,438
5,150
5,022
4,669
5,593
基金用途小計
361,101
166,346
471,255
327,300
522,099
432,060
611,920
資料來源：整理自毒品防制基金各年度預、決算書。