為強化農田水利設施更新改善等，農委會自90年起以4年為1期推動「加強農田水利建設計畫」，農水署自110年起賡續辦理「加強農田水利建設計畫第六期(110-113年度)」預計以總經費25.64億元(每年6.41億元)，每年輔導改善12個管理處財務狀況。說明如下：
(一)改制後部分農田水利分基金仍呈現短絀，營運多仰賴政府補助
1.改制後因折舊認列方式不同而致短絀擴大：比較各管理處改制前後收支餘絀情形，改制前108及109年度17個農田水利會合共短絀0.43億元及7.61億元，改制後洽農水署提供資料，17個管理處合共短絀19.53億元，惟該基金表示主要係改制前後之折舊認列方式不同，改制前政府對資產有關補助係認列為遞延收益(於資產耐用期限內轉列收益)，改制後依中央政府總預算附屬單位預算編製作業手冊辦理，故110年度如扣除折舊35.57億元後呈賸餘16.04億元(詳表3-1-1)，惟桃園、臺中、彰化、屏東等4管理處不計入折舊費用仍呈短絀。
表3-1-1 農水基金(農田水利會)近年收支餘絀表 單位：新臺幣千元
分基金
改制前
改制後
108年度餘絀
109年度餘絀
110年度餘絀
110年度折舊費用
110年度扣除折舊之餘絀
宜蘭
-92,669
32,293
135,188
137,886
273,074
北基
10,727
25,739
-28,412
64,063
35,651
桃園
-379,467
-312,941
-723,808
555,802
-168,006
石門
300,808
165,920
56,534
152,779
209,313
新竹
-29,814
78,645
-59,233
67,691
8,458
苗栗
-34,577
-13,877
-87,370
89,673
2,303
臺中
-372,076
-220,835
-606,450
526,191
-80,259
南投
177,133
-177,581
-82,175
97,752
15,577
彰化
65,006
153,489
-333,169
294,660
-38,509
雲林
33,158
-151,610
-495,970
550,129
54,159
嘉南
-313,656
-861,986
365,760
486,808
852,568
高雄
6,293
60,114
114,960
161,854
276,814
屏東
17,816
-27,785
-756,847
108,244
-648,603
臺東
56,890
48,404
-70,342
100,798
30,456
花蓮
49,654
30,155
5,492
111,559
117,051
七星
7,663
35,296
48,932
27,169
76,101
瑠公
454,247
375,600
564,236
23,617
587,853
總計
-42,864
-760,960
-1,952,674
3,556,675
1,604,001
說 明：108年度及109年度為各農田水利會實際執行情形，110年度為自編決算。
資料來源：農水基金111年7月11日提供。
2.政府補助收入對收支餘絀之影響極大：政府對農田水利會之補助，改制前108至109年度平均每年29.71億元，改制後對各分基金之補助110及111年度分別為30.18億元及29.00億元；如比較改制後110及111年度扣除政府補助收入後之短絀，分別為49.71億元及68.28億元，其中110及111年度分別有13及15個分基金扣除政府補助收入後呈短絀(詳表3-1-2)，顯示各分基金多仰賴政府補助，惟部分財務經營困難之分基金即使政府補助仍不敷支應年度支出，允宜通盤檢討補助方案，建立合理財政紀律，規劃健全財政計畫，期使各管理處能提供相同品質之農田水利服務。
表3-1-2 108-111年度農水基金各分基金之政府補助收入概況表
單位：新臺幣億元
分基金
108年度
109年度
110年度
111年度
政府補助收入
政府補助收入
政府補助收入
扣除補助之收支餘絀
政府補助收入
扣除補助之收支餘絀
宜蘭
1.10
1.10
1.13
0.22
1.11
-4.10
北基
0.71
0.60
0.60
-0.88
0.55
-0.36
桃園
0.01
0.00
0.01
-7.25
0.02
-1.60
石門
0.59
0.64
0.61
-0.04
0.62
-1.06
新竹
0.37
0.39
0.43
-1.02
0.45
-1.28
苗栗
0.82
0.58
0.63
-1.50
0.58
-1.70
臺中
1.42
1.45
1.56
-7.63
1.47
-7.66
南投
1.68
1.51
1.77
-2.59
1.43
-3.14
彰化
3.82
3.98
4.09
-7.42
4.03
-7.81
雲林
6.47
6.29
6.35
-11.31
6.31
-11.24
嘉南
5.40
5.24
5.40
-1.75
5.26
-12.47
高雄
1.13
1.14
1.15
0.00
1.15
-6.11
屏東
2.73
2.77
2.70
-10.27
2.66
-4.39
臺東
2.05
1.81
1.94
-2.65
1.76
-2.96
花蓮
2.00
1.59
1.72
-1.66
1.60
-2.72
七星
0.01
0.01
0.09
0.40
-
0.09
瑠公
-
-
-
5.64
-
0.23
總計
30.31
29.10
30.18
-49.71
29.00
-68.28
說 明：108年度及109年度為各農田水利會實際執行情形，110年度為自編決算，111年度為預算案數。
資料來源：農水基金111年7月22日提供。
(二)農田水利管理處營運改善雖自106年度起納入中長程計畫，惟部分財務指標落後者，仍需研謀有效措施協助逐步改善
為衡量分基金執行績效，農水署研擬4項衡量指標，分別為可維持年數、永續性財務自主能力、流動比率、負債比率。而從109及110年度決算檢視(詳表3-1-3)：
1.可維持年數：衡量各基金年底現金是否足以支應經常性支出所需，110年度農水基金平均可維持年數為6.5年，雖較109年度5.28年改善，惟宜蘭等9個分基金可維持年數下降；且10個分基金之可維持年數都低於平均值，其中苗栗和屏東分基金甚短於1年。
2.永續性財務自主能力：評估各基金自籌收入是否足以支應必要性經常支出，110年度農水基金平均為0.57，雖高於109年度之0.47，惟北基、桃園等9個分基金之比率較109年度下降；且除宜蘭、七星及瑠公外，其餘分基金之比率均小於1，顯示自籌收入不敷支應經常支出，尤以屏東及臺東分基金0.05最低。
3.流動比率：110年度農水基金平均為37.44倍，較109年度之38.29倍略低，其中宜蘭、桃園等7個分基金較109年度下降，，該等分基金之短期償債能力宜謹慎觀察。
4.負債比率：110年度農水基金平均為2.28%，較109年度之3.34%為低，各分基金負債比率較109年度提高且高於平均者為北基、南投、雲林、高雄及臺東。
準此，農水署協助各管理處改善財務與營運，雖提出撙節支出及績效獎勵措施，例如合理化編制員額並控管人事費用、降低經常支出預算數、建構改善績效衡量指標、加強培訓財務管理人才、積極清理被占用土地、年度自籌收入成長者予以敘獎或補助等；惟部分分基金之績效衡量財務指標仍相對落後於平均值或較上年度下降，仍需檢討具體措施協助逐步改善。
表3-1-3 農水基金近2年績效衡量指標概況表
分基金別
可維持年數(年)
永續性財務自主能力
流動比率(倍)
負債比率(%)
109年
110年
109年
110年
109年
110年
109年
110年
合計
5.28
6.50
0.47
0.57
38.29
37.44
3.34
2.28
宜蘭
4.98
4.03
0.35
1.05
267.65
146.30
4.78
2.50
北基
2.34
2.77
0.42
0.28
201.06
784.40
2.39
2.65
桃園
6.17
4.86
0.69
0.46
31.61
21.05
5.35
1.75
石門
9.01
12.86
1.04
0.98
76.28
102.68
0.72
1.10
新竹
8.12
10.07
0.96
0.67
68.41
77.79
2.74
1.68
苗栗
1.37
0.90
0.14
0.60
19.85
107.74
1.40
1.27
臺中
10.82
10.48
0.73
0.47
368.20
150.45
5.08
2.46
南投
5.02
4.30
0.29
0.22
36.29
47.83
6.17
6.53
彰化
7.50
6.89
0.37
0.28
63.48
29.86
5.49
3.06
雲林
4.75
4.47
0.10
0.17
9.01
9.75
3.75
3.85
嘉南
1.19
3.16
0.46
0.90
11.60
19.42
7.79
3.07
高雄
6.72
8.62
0.93
0.98
3,291.14
104.05
2.43
2.75
屏東
0.44
0.15
0.11
0.05
7.08
66.37
3.56
3.19
臺東
3.33
3.32
0.10
0.05
1,284.39
302.84
1.08
5.35
花蓮
3.59
3.74
0.03
0.33
28.86
337.49
3.31
2.44
七星
18.43
48.31
1.12
1.21
187.74
157.23
0.90
0.81
瑠公
6.48
20.91
1.63
3.47
25.15
21.53
1.98
0.80
資料來源：農水署111年5月18日提供。
(三)各管理處服務範圍及營運狀況不同，允宜盤點優劣勢後制定合宜之輔導計畫
據農水署統計110年底農田水利事業區域灌溉排水總面積共約37萬7,905公頃，輸水及灌溉排水渠道長度總計7萬4,034公里、灌溉排水設施構造物共20萬9,021座，尚待改善之輸水及灌溉排水渠道長度1萬5,975公里、構造物3萬1,725座。考量當地水源條件、農業立地條件、農業發展與農田水利設施投資效益之相關條件，劃設灌溉或排水受益區域，各管理處之農田水利事業區域面積，從嘉南8萬1,176公頃至瑠公536公頃，大小範圍差異極大(詳表3-1-4)。且學者研究指出，「不同類型之水利會營運重點有所不同，應制定不同監督輔導方式」。
準此，鑒於各管理處所轄管農田水利事業區域面積大小不一，現有農田水利設施數量、待改善數量，以及財務收支結構與營運模式之差異極大，且部分分基金之績效衡量財務指標仍相對落後於平均值或較上年度下降，農水署允宜通盤考量分析優劣勢後制定適合之管理監督輔導計畫，並訂定合宜之績效指標落實管考，以健全其財務收支結構，活化現有資產，俾以維持各農田水利基金之永續健全營運，並落實政府推動農田水利會改制之目的。
表3-1-4 農田水利事業灌溉面積及水利設施現況(110.12.31)
單位：公頃；公里；座
管理處
灌溉面積
農田水利設施數量
農田水利設施待改善數量
輸水及灌溉排水渠道長度
構造物數量
輸水及灌溉排水渠道長度
構造物數量
合計
377,905
74,034
209,021
15,975
31,725
宜蘭
17,774
3,418
13,058
240
150
北基
5,299
920
3,268
80
348
桃園
22,677
7,188
7,500
58
73
石門
12,085
1,534
16,723
30
10
新竹
6,192
1,395
6,208
61
31
苗栗
9,504
1,836
2,945
14
23
臺中
25,676
4,593
9,158
600
300
南投
13,242
1,534
1,890
418
67
彰化
43,775
7,826
32,583
950
3,380
雲林
63,516
14,503
41,860
2,051
15
嘉南
81,176
18,284
43,095
10,020
23,620
高雄
19,966
3,060
11,059
574
1,250
屏東
25,202
3,893
3,533
755
1,800
臺東
15,092
2,084
5,853
26
35
花蓮
15,563
1,807
9,087
98
623
七星
630
95
1,185
0
0
瑠公
536
34
16
0
0
資料來源：農水署111年7月6日提供。