自106年度以來，聖多美普林西比、巴拿馬等6國相繼與我國斷交，我國在官方正式外交屢受中國強勢阻撓情勢下，與NGOs維持互助夥伴關係，透過NGOs團體以非正式、非官方管道，並以更靈活、更具彈性之方式來處理跨國界議題，獲得非邦交國之認同更顯重要，然我國NGOs在營運上多有財務狀況不易穩健維持之困難。說明如下：
(一)近年來各機關透過NGOs執行國際交流及合作發展計畫之經費比率相較於美、日、韓等國家有偏低情形
據臺灣海外援助發展聯盟（Taiwan AID）接受外交部委託調查之「2019年國際合作發展方案地圖」報告指出，每年約有以臺灣兒童及家庭扶助基金會為首之26個國內非政府組織，在全世界50個國家總共進行327項計畫，其中80%集中在亞太地區，另預估尚有5分之1之國際合作發展計畫未包含於上述統計中；至總經費方面更難以估算，如以臺灣世界展望會每年約16億元，臺灣家扶基金會每年約4億元及慈濟等宗教組織併入估算，臺灣非政府組織每年投入之國際合作發展經費約40億元左右。
除了募款能力卓越、財源充裕，或專責國際發展之半官方機構（如：慈濟、國合會）外，在對社會大眾募款不易之大環境下，有些非政府組織透過申請部分政府經費補助，協助其執行國際合作計畫，有些則是直接承接政府委託辦理之國際合作計畫，不論係何種型態，非政府組織執行國際發展合作計畫時，皆得以透過政府資源上之協助而獲取更大發展空間。然據各機關提供資料，106年度至110年度投入國際合作發展事務總經費介於108億2,828萬4千元至127億5,583萬6千元之間，其中透過NGOs執行者僅介於2億6,759萬5千元至4億1,624萬6千元之間，占政府各年度投入國際合作發展事務總經費之比率最高未及4%，111年度亦預計僅占2.85%，其中除榮民醫療作業基金所從事國際交流及合作發展事務未透過NGOs執行外，餘各機關以經濟部國貿局為配合政府經貿政策，補助NGOs與國外重要工商組織建立合作關係，促進國際經貿產業合作與經貿交流，並協助國內業者推廣國際貿易，以深化雙邊經貿交流及產業合作之占比最高（達100%或95%以上）；至外交部投入國際合作發展事務總經費雖為各機關之首，然係以透過國合會執行對邦交國之援助計畫及參與國際組織計畫為主，極少透過國內NGOs執行，爰占比最低，僅介於0.67%至2.67%之間（詳表3-1-1），相較於美日韓等各國，以107年度為例，日本外務省透過NGOs執行國際合作發展計畫之比率為70%、韓國為近90%，而美國雙邊ODA總數中，約71億美金係透過補助或委辦由公民社會組織(Aid to and through CSOs)執行發展計畫，其中約85%由美國註冊之公民社會組織執行，我國透過NGOs執行國際合作發展計畫之經費比率相對偏低。
表3-1-1 各機關106年度至111年度透過NGO執行國際交流及合作發展事務經費情形表 單位：新臺幣千元；%
機關名稱
年度
投入國際合作發展事務總經費
透過NGO執行部分
金額
占比
外交部
106
9,049,272
241,261
2.67
107
9,366,151
219,168
2.34
108
8,572,395
98,245
1.15
109
9,801,034
65,996
0.67
110
10,493,793
74,800
0.71
111
12,687,584
273,831
2.16
衛福部
106
58,450
16,443
28.13
107
327,590
101,876
31.10
108
361,996
98,245
27.14
109
181,542
65,996
36.35
110
287,891
74,800
25.98
111
358,848
40,719
11.35
教育部
106
1,219,803
44,245
3.63
107
1,588,560
45,197
2.85
108
1,621,445
52,812
3.26
109
1,523,396
34,226
2.25
110
1,534,096
28,012
1.83
111
2,107,726
59,172
2.81
科技部
106
355,689
7,164
2.01
107
392,744
14,661
3.73
108
226,797
14,845
6.55
109
241,364
10,347
4.29
110
238,783
10,829
4.54
111
139,957
2,700
1.93
經濟部國貿局
106
30,599
30,599
100.00
107
31,671
31,671
100.00
108
32,194
31,176
96.84
109
23,349
23,349
100.00
110
26,306
26,306
100.00
111
34,700
33,200
95.68
榮民醫療作業基金
106
3,324
0
0.00
107
4,082
0
0.00
108
4,416
0
0.00
109
103
0
0.00
110
928
0
0.00
111
9,036
0
0.00
文化部
106
111,147
0
0.00
107
109,341
3,673
3.36
108
170,109
28,800
16.93
109
148,104
67,681
45.70
110
174,039
104,839
60.24
111
149,197
31,572
21.16
合計
106
10,828,284
339,712
3.14
107
11,820,139
416,246
3.52
108
10,989,352
324,123
2.95
109
11,918,892
267,595
2.25
110
12,755,836
319,586
2.51
111
15,487,048
441,194
2.85
說 明：106年度至110年度為決算數，111年度為法定預算數。
資料來源：表列各機關。
(二)我國NGOs經費來源多依賴固定之單一或少數來源，組織存在收入不穩定之系統性風險
有鑒於我國NGOs參與國際合作發展工作有許多利害關係人(Stakeholders)參與其中，組織內部能力需求也與一般以國內服務為主NGOs組織有所差異，為期能喚起政府及民間社會之重視與迴響，以做為加強公私部門夥伴關係、共同推動國際合作發展工作之重要參考，外交部於108年度委託台灣海外援助發展聯盟（Taiwan AID）辦理「我國非政府組織進行海外援助現況及展望」專案研究計畫，謹就該項計畫研究結果在組織能力項目方面，有關我國NGOs之財務結構部分說明如下：
1.國內各NGOs間之財務存在頗大差異
年度預算額度在1,000萬元至5,000萬元之NGOs約占25%，數量最多；預算在1億元以上之NGOs占23%，如家扶基金會、慈濟基金會等大型NGOs；另預算在250萬元以下之小型NGOs亦近20%，顯見國內NGOs間之財務存在頗大差異。
2.因所需行政支出相對可觀，可用於從事國際合作發展項目之預算可能因而限縮
我國NGOs投入國際合作發展之預算以500萬元至1,000萬元比例最多約占31%；1,000萬元以上者近16%；另有6%之組織（如慈濟基金會、臺灣兒童暨家庭扶助基金會、中華民國阿彌陀佛關懷協會及財團法人醫療機構院所等）國際合作發展項目預算規模超過5,000萬元。然因國際合作發展項目既深亦廣，方案服務遍布全球，其相對應之行政支出亦可能相當可觀，爰有27%之NGOs組織因資源不足，僅得以低於50萬元之預算規模戮力支持國際合作發展項目。
3.國內NGOs從事國際合作發展經費逾5成係來自民間之個人捐款
我國NGOs從事國際合作發展之經費來源包含個人捐款、企業捐款及政府補助等途徑，其中來自民間之個人捐款者約占52%；國內企業捐助者約為14%；而政府補助（含委辦）之經費僅占18%，其中以衛福部為主約7%，外交部次之約5%。
上開研究計畫結果顯示，我國存在為數不小之中小規模NGOs組織，因從事國際合作發展項目所需行政費用相對龐大，營運上需仰賴穩定之經費支持，惟國內NGOs從事國際合作發展之經費逾6成係來自於個人及國內企業之捐款，經費多依賴固定之單一或少數來源，財務受制於特定團體或個人，無法擁有穩健財務狀況，組織存在收入不穩定之系統性風險，恐不利政府期利用多元外交提升我國國際地位目的之達成及其影響力。