依文化資產保存法及水下文化資產保存法等規定，水下文化資產之主管機關為文化部，自然地景及自然紀念物等文化資產之中央主管機關依陸域及海域分別為農業委員會及海洋委員會，其餘文化資產之中央主管機關為文化部，在直轄市則為直轄市政府，在縣(市)為縣(市)政府。另依文化基本法，行政院設立之任務編組文化會報執掌整合協調各部會預算屬於文化支出之資源配置及推動策略，推動跨部會文化政策。目前文化資產治理已建置跨部會協力合作機制如圖2-1所示。

至於文化資產之保存維護之責，依文化資產保存法及國有財產法規定，中央政府各部會就所經管文化資產編列預算辦理保存、修復及管理維護，不足部分得向文化部申請補助。文化部除每年編列年度預算用於補助辦理各公、私有文化資產之修復，並擬定公共建設中長程計畫，以政府資源挹注文化資產保存。另部分國有文化資產若經管理機關委外經營(如出租、促參、認養等)者，相關維護經費係由實際管理單位負責。文化部為控管補助地方政府辦理文化資產保存修復及管理維護案件，自104年起每年均辦理補助案保存維護督導考核計畫。此外，地方有及私有文化資產之保存維護，除中央政府補助外，地方政府尚須自行編列預算，而私有文化資產之所有人亦須自籌部分費用辦理保存維護事項。

圖2-1：跨部會文化資產治理協力合作機制圖

資料來源：文化部文化資產局108年11月28日國家文化資產保存活化推動成果簡報。