政府為增進科學技術發展能力，充實科學技術發展設施及資助研究發展成果之運用，依科學技術基本法第12條第1項規定，設置科發基金，以推動全國整體科技發展。目前各部會編列科技預算所進行科技研發之成果及其收入歸屬政府者，為科發基金之基金來源。經查：
(一)科發基金財源高度仰賴國庫撥款，且權利金收入未具明顯成長趨勢
參據行政院國家科學技術發展基金收支保管及運用辦法第4條規定，科發基金之來源包括由政府循預算程序之撥款、科學技術研究發展成果及其收入歸屬中央政府部分，以及投資收入等。統計科發基金103至111年度之政府撥入收入介於327.46億元至428.95億元間，占各年度基金來源9成以上，其次為科技研發成果所獲取之權利金收入，占比介於2.23%至3.03%間(詳表2-4)，顯示基金財源高度仰賴國庫撥款，且獲取之權利金有限，未具明顯成長趨勢。
(二)近年科發基金財源不足支應科技計畫經費，累積賸餘大幅減少
由於近年政府財政負擔沉重，107至110年度科發基金獲取政府撥入收入，較106年度之408.86億元減少約58億元至81億元；復因基金財源不足支應科技計畫經費，難以維持收支平衡，107至109年度短絀數分別為44.58億元、16.55億元及20.90億元，基金累積賸餘由106年底之131.7億元降至110年底之60.78億元(詳表2-5)。
表2-4 103至111年度科發基金收入來源彙總表 單位：新臺幣千元；%
年度
政府撥入收入
權利金收入
其他收入金額
勞務收入金額
利息收入金額
基金來源
合計
金額
占比
金額
占比
103
32,745,847
94.54
925,770
2.67
760,395
188,923
15,678
34,636,613
104
37,650,077
96.04
962,299
2.45
470,788
105,697
15,218
39,204,079
105
35,370,120
95.33
1,055,162
2.84
509,061
154,481
12,371
37,101,195
106
40,886,292
95.29
1,083,230
2.52
788,062
139,861
9,865
42,907,310
107
32,721,696
92.91
974,630
2.77
1,354,087
153,620
14,267
35,218,300
108
34,934,204
94.13
1,021,895
2.75
1,019,410
127,716
9,796
37,113,021
109
34,837,093
95.74
1,102,424
3.03
330,094
108,936
7,557
36,386,104
110
35,040,007
95.77
1,037,580
2.84
382,958
121,758
6,241
36,588,544
111
42,894,933
95.82
1,000,044
2.23
743,034
121,100
5,230
44,764,341
說 明：1.本表其他收入主要係以前年度已核定之補助計畫，辦理計畫經費註銷或調減、結餘款繳回收入及租金收入等。
2.103至109年度為決算數，110年度為自編決算數，111年度為預算案數。
資料來源：彙整自科發基金各年度預、決算書。
表2-5 106至110年度科發基金收入來源及期末餘額表
單位：新臺幣千元
年度
政府撥入收入
以基金賸餘填補科技預算金額
當年底累積賸餘
106
40,886,292
0
13,170,466
107
32,721,696
4,458,394
8,712,075
108
34,934,204
1,655,022
7,057,050
109
34,837,093
2,090,164
4,966,886
110
35,040,007
0
6,077,573
說 明：1.本表其他收入主要係以前年度已核定之補助計畫，辦理計畫經費註銷或調減、結餘款繳回收入及租金收入等。
2.106至109年度為決算數，110年度為自編決算數。
資料來源：科技部提供。