營利事業所得稅（以下簡稱營所稅）與個人綜合所得稅（以下簡稱綜所稅）如各自獨立計算稅負即為兩稅獨立制，如綜合考量計算稅負則為兩稅合一制；而兩稅獨立制因營利事業盈餘所得與股東股利所得稅基相同，將發生重複課稅問題，至兩稅合一制又分為完全合一及部分合一，如採兩稅完全合一制雖可避免重複課稅，卻產生稅基流失、稅收大幅減少之後遺症。有關我國兩稅合一制度沿革及相關規定，以下分別說明之：

我國兩稅合一制度沿革

民國87年以前我國係採兩稅獨立制，除對營利事業盈餘所得課徵營所稅外，尚對個人獲取之股利所得課徵綜所稅；惟為鼓勵投資與儲蓄，尚設有儲蓄投資特別扣除額之減免措施，與學理上之兩稅獨立制並不完全一致。兩稅合一實施前之相關課稅規定，茲依身分別分述如下：

自然人股東：為鼓勵投資與儲蓄及減輕重複課稅問題，訂定儲蓄投資特別扣除額規定，凡各種利息、儲蓄性質信託資金收益及公司公開發行並上市之記名股票之股利，全年扣除數額原為36萬元，後降為27萬元。

法人股東：為免重複課稅影響法人投資意願，股利收入享有80％免稅優惠，其餘20％併入所得額課徵營所稅。

外國股東：由本國被投資公司代為扣繳，個人股東按30％、法人股東按25％就源扣繳，如係依華僑回國投資條例或外國人投資條例申請者，扣繳率為20％。

103年5月19日修法前規定

我國民國87年起實施完全設算扣抵之兩稅合一制度，即營利事業繳納之營所稅，得於盈餘分配時，由其股東或社員所獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜所稅結算申報應納稅額中扣抵，其中股東或社員綜所稅之邊際稅率高於營利事業稅率者，需予補稅，反之則退稅；而為避免企業藉保留盈餘方式規避綜所稅，遂規定當年度盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵10％營所稅。相關規定依身分別概述如下：

營利事業：凡課徵營所稅之營利事業應設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並應保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄以供查核；至當年度盈餘未分配者應加徵10％營所稅，但可計入股東可扣抵稅額帳戶，於分配盈餘時併同分配予股東或社員，用以扣抵綜所稅應納稅額（所得稅法第66條之1、第66條之9）。

自然人股東：應將股利總額或盈餘總額合併其他各類所得結算申報，其所包含之稅額可扣抵自然人股東之應納稅額，扣抵剩餘數可予退稅，惟上市公司記名股票之股利，不再適用儲蓄投資特別扣除額之規定（所得稅法第3條之1、第14條、第17條之3、第71條）。

法人股東：所獲配之股利不計入所得課徵營所稅，如為公司組織者，股利所含之可扣抵稅額，應計入股東可扣抵稅額帳戶餘額扣抵綜所稅應納稅額（所得稅法第42條）。

外國股東：仍維持由本國被投資公司代為扣繳，扣繳率為20％，並不適用設算扣抵法，惟屬加徵10％營所稅部分，得抵繳該股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額（所得稅法第73條之2、第88條、各類所得扣繳率標準第3條）。