財政部所提之兩稅合一改革方案，主要係將自然人股東之股利可扣抵稅額，由全部扣抵改為半數扣抵；此種方式之優點雖可增加政府稅收，但對促進投資之效果恐有待商榷，且因對股利所得課稅，恐影響投資人之投資決策，如：為規避稅負將長期持有改為短期進出等方式，可能對股市造成衝擊。

此外，據證交所統計，本國自然人交易比重87年為89.73％，近年雖已逐漸下降，惟迄103年4月仍達61.7％，而其中八成以上投資人所投資之股票面額在10萬元以下，顯示小額投資人數量眾多。而本次改革方案，較低所得級距之小額投資人雖仍可獲半數可扣抵稅額之退稅，惟因股利所得全數併入所得總額計算所得稅，與103年5月修法前全數可抵稅情況相較，仍有加稅之預期心理，且若因制度改變使股市波動加劇、造成損失，恐不利兩稅合一改革，允應儘速建立降低對較低所得級距之小額投資人衝擊之配套方案。