財政健全方案主要係針對所得稅及金融營業稅予以改革，其中兩稅合一制度因減稅效益大多集中於高所得者及促進投資效果未明顯，允有檢討必要；惟兩稅合一制度改革後，將使股利所得發生重複課稅情形，即股利所得全數併入個人綜合所得、可扣抵稅額改為半數扣抵及超過5,000元之股利所得收取2％之補充健保費，若股價未順利填權或填息，將產生投資損失，恐影響投資人之投資決策，改採其他投資工具，如：將資金撤離股市轉而投資不動產等。

然現行不動產稅制存有諸多缺失，其中最為人詬病部分，如：財產稅稅基(土地公告現值、公告地價及房屋評定現值)與市價嚴重脫節，致不動產持有成本偏低，且房屋短期移轉稅負輕，土地短期交易甚至毋需課徵土地增值稅，部分人士將不動產當作理財及投資標的，甚至從事短期投機炒作，導致不動產價格大幅上揚，破壞居住正義；惟不動產稅制之改革，目前除非自用住宅之房屋稅稅率業經修法調高外，其餘均未列入本次改革範圍。準此，為避免發生股市資金大量流向房市，再度發生房價高漲、引發民怨情事，允應儘速檢討不動產稅制之合理性。