依各博物館商店99年度至102年度銷貨收入決算數統計，以故宮文物藝術發展基金最高，自99年度2億8,148萬5千元，至102年度增加至5億7,135萬1千元，成長幅度約102％。惟102年度業務盈餘較上年度下降11％，成本控管有待加強，且基金人力以公務預算編制員額支援，相關人事費未列入業務成本，盈餘顯有高估，未能允當表達營運績效。另99年度至101年度業務盈餘不足支應文物購置經費(詳附表5)，恐影響基金長期營運與發展。
其次歷史博物館商店各年度商店收入皆逾500萬元，惟占業務收入比率低於5％(詳附表6)；中正紀念堂管理處商店銷售收入皆在200萬元以上，且逐年成長，至102年度為741萬餘元，占基金收入比率3.89％；其餘博物館商店銷售收入最高僅數十萬元，占基金收入皆未達1％，顯示銷售未具規模，難以提高財務自籌率。上開商店經營成本並未列計人員薪資，如將成本加計用人費用後，恐轉盈為虧。
附表5：故宮博物館商店99年度至102年度決算營運收支統計表
單位：新臺幣千元；％
基金名稱
科目
99年度 決算
100年度 決算
101年度 決算
102年度 決算
故宮博物院文物藝術發展基金
銷貨收入
281,485
307,982
534,900
571,351
銷貨成本與費用
188,887
200,407
422,050
470,919
業務盈餘
92,598
107,575
112,850
100,432
盈餘成長率
-
16.17
4.9
-11
一般建築及設備
104,189
224,990
151,400
67,739
※註：1.資料來源，依故宮填報資料整理。
附表6：博物館商店(不含故宮)99年度至102年度決算業務收入、商店收入及盈餘比較表
單位：新臺幣千元；％
基金名稱
科目
99年度
100年度
101年度
102年度
歷史博物館作業基金
業務收入
158,549
163,830
157,755
175,525
商店收入
7,824
5,046
5,119
6,464
商店收入占業務收入％
4.93％
3.08%
3.24％
3.68％
中正紀念堂管理處作業基金(100年度起改編作業基金)
業務收入
-
200,784
186,069
190,670
商店收入
2,735
5,593
5,624
7,416
商店收入占業務收入％
-
2.79％
3.02％
3.89％
商店盈餘
2,615
5,093
4,848
6,674
國父紀念館作業基金(101年度起改編作業基金)
業務收入
-
-
201,832
217,115
商店收入
79
53
21
159
商店收入占業務收入％
-
-
0.01％
0.07％
商店盈餘
47
32
12
95
自然科學博物館作業基金
業務收入
688,834
674,784
669,243
692,642
商店收入
740
711
407
304
商店收入占業務收入％
0.11％
0.11％
0.06％
0.04％
商店盈餘
42
55
29
21
科學工藝博物館作業基金
業務收入
351,455
319,716
312,283
280,866
商店收入
221
186
13
112
商店收入占業務收入％
0.06％
0.06％
0.00％
0.04％
海洋生物博物館作業基金
業務收入
274,290
199,243220,283
184,570
商店收入
436
590
727
533
商店收入占業務收入％
0.16％
0.30％
0.33％
0.29％
商店盈餘
436
590
727
533
臺灣科學教育館作業基金
業務收入
201,920
175,568
203,990
199,131
商店收入
266
285
141
569
商店收入占業務收入％
0.13％
0.16％
0.07％
0.29％
商店盈餘
133
142
71
284
※註：1.資料來源，依各機關填報資料整理(歷史博物館作業基金含特展及衍生性商品權利金收入)。