由於政府捐助財團法人多具有社會公益目的或負有政策任務，經營績效或成果常不易衡量，故薪酬與績效不易連結，而以往政府捐助之財團法人因相關人事薪資漫無標準，屢致批評，為期對財團法人薪資事宜作適當監督，行政院訂定「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」，訂有董事長、經理人、新進專任顧問與專業技術人員之薪資上限，並對例外情況如稀少性、羅致不易或專長特殊等因素給予彈性規定，並授權主管機關得視實際需要訂定較嚴格之規定。惟部分政府捐助之財團法人仰賴政府挹注經費始能維持營運，或以行使公權力、特定政策任務為設置目的，其一級單位主管之薪酬有偏高之情形，茲說明如下：
政府補助或委辦經費達總收入之50％以上或營運收支為短絀之財團法人，其一級主管薪酬超過公務機關12職等司處長
政府捐助之財團法人中有44家財團法人之一級單位主管月薪資超過10萬元以上(詳附表3.5.1)，其中19家財團法人政府補助或委辦收入占總收入達50％以上，例如102年度決算政府捐補助或委辦收入占總收入財團法人公共電視文化事業基金會為91.82％、國家實驗研究院93.05％、國家同步輻射研究中心98.90％、商業發展研究院88.08％、中央畜產會83.80％、國家衛生研究院91.53％、醫藥品查驗中心99.69％等。
又44家財團法人中，有10家財團法人102年度決算收支為短絀，包括戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會短絀2.41億元、中央廣播電臺短絀1.52億元、公共電視文化事業基金會短絀4.08億元、國家實驗研究院短絀2.26億元、中小企業信用保證基金短絀30.26億元、國家衛生研究院短絀1.28億元等。
上述資料顯示，部分財團法人仰賴政府挹注經費始能維持營運，或營運收支為短絀，而一級單位主管薪酬與公務機關相較，其水準達12職等司處長待遇(以本俸最高級另加主管職務加給計列11.1萬元)，甚至達14職等常務次長待遇水準(14.5萬元)，明顯偏高。
以行使公權力或特定政策任務為目的而設立財團法人，其一級單位主管薪酬甚至達公務機關常務次長待遇水準，過於優渥
上開一級單位主管月薪資超過10萬元以上之44家財團法人中，其營運經費來源無需由政府補助或委辦業務挹注者，或營運收支結果為賸餘，惟其設置係依法規命令成立以執行特定任務，並有執行公權力之收入來源者，例如金管會所轄之財團法人保險安定基金、汽車交通事故特別補償基金、住宅地震保險基金、證券投資人及期貨交易人保護中心、保險事業發展中心等5家財團法人，其經理或處長等一級單位主管之月薪，均達13萬元至16萬元間；陸委會所轄財團法人海峽交流基金會任務為處理兩岸交流所衍生各項事務，係政府委託執行公權力之機構，其一級單位主管包括參事兼處長1人與處長5人，其月薪水準為12萬5千餘元至16萬9千餘元間。
上述財團法人之業務涉執行公權力，待遇卻超過公務機關12職等司處長，甚至達常務次長待遇水準，顯然過於優渥。
薪資基準應參考民間薪資水準、業務性質、專業程度與工作繁簡等因素綜合考量
薪資水準之考量包括設置性質、業務規模、民間薪資水準、專業程度、績效考核、工作繁簡等因素，兼顧市場薪資水準與業務需要予以訂定。
我國實質平均薪資及實質經常性薪資自89 年以來即未明顯成長，又依據勞動部102年度職類別薪資調查報告，102年度各業受雇員工平均每月中階主管(經理)經常性薪資7萬6,013元 (詳附表3.5.2)，政府捐助之財團法人一級單位主管薪資普遍高於民間平均薪資水準。
行政院訂定之「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」就董事長、經理人、專任顧問與專業技術人員薪資有較明確之規範可資遵循，其他人員薪資水準則無明確規範，惟主管機關應依上述薪資處理原則，審慎考量各項因素並定期檢視主管人員等薪資之合理性。
附表3.5.1：政府捐助之財團法人一級正、副主管人員薪資達10萬元以上概況表 單位：％；千元
主管機關
財團法人名稱
一級單位主管職稱
月薪
政府捐助占基金比率
政府補助與委辦收入占總營業收入比率
102年度賸餘(短絀-)
102年決算數
103年預算數
國防部
戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會
處長3人、主任1人、副處長1人
13萬元至未滿16萬元
100
0
0
-241,124
內政部
臺灣營建研究院
處長1人、副處長1人
10萬元至未滿13萬元
100
41.54
40.00
2,175
文化部
中央通訊社
主任10人
10萬元至12萬3千元
100
67.73
53.03
3,116
副主任12人
7萬7千元至10萬4千元
中央廣播電臺
經理4人
9萬元至13萬元
100
84.78
86.84
-152,279
公共電視文化事業基金會
經理10人
13萬元至未滿16萬元
100
91.82
84.27
-407,861
副理5人
13萬元至未滿16萬元
交通部
中華顧問工程司
主任5人
10萬元至未滿13萬元
94.11
0
0
124,607
台灣網路資訊中心
組長1人
10萬元至未滿13萬元
52.63
1.38
0
46,431
組長4人
10萬元以下
金管會
台灣金融研訓院
主管5人
13萬元至未滿16萬元
88.65
3.50
0
2,684
副主管8人
10萬元以下至未滿13萬元
證券投資人及期貨交易人保護中心
處長1人、副處長2人
13萬元至未滿16萬元
0
0
0
0
保險事業發展中心
處長7人、主任1人、副處長1人、副主任1人
10萬元至未滿16萬元
0
0
0
-6,414
保險安定基金
顧問1人、經理2人
13萬元至未滿16萬元
0
0
0
568,535
副理2人
10萬元以下至未滿13萬元
住宅地震保險基金
經理1人
13萬元至未滿16萬元
0
0
0
272,271
副理3人
10萬以下至未滿13萬元
汽車交通事故特別補償基金
經理3人、副經理1人
13萬元至未滿16萬元
0
0
0
-43,099
副經理2人
10萬元至未滿13萬元
金融消費評議中心
處長1人
13萬元至未滿16萬元
100
0
0
23,538
副處長2人
10萬元至未滿16萬元
科技部
國家實驗研究院
主任2人
20萬元至未滿21萬元
100
93.05
93.99
-226,855
主任6人
16萬元至未滿19萬元
副主任7人
16萬元至未滿19萬元
副主任8人
13萬元至未滿16萬元
國家同步輻射研究中心
組長6人
13萬元至19萬元
100
98.90
98.89
-39,398
教育部
高等教育評鑑中心基金會
處長1人
13萬餘元
66.67
97.78
98.46
533
大學入學考試中心基金會
處長1人
11萬元至12萬元
98.06
7.26
0
19,685
處長2人
8萬元至9萬元
陸委會
海峽交流基金會
參事兼處長1人、處長5人
12萬5千餘元至16萬9千餘元
74.66
63.56
67.07
30,096
副處長4人
11萬8千餘元至13萬3千餘元
顧問1人12萬元至13萬元
通傳會
電信技術中心
組長與主任共4人、副組長與副主任共3人
9萬元至未滿12萬元
100
14.96
11.46
31,217
經濟部
中國生產力中心
協理7人、主任5人
10萬元至13萬元
60.97
61.27
49.43
26,703
紡織產業綜合研究所
協理3人
13萬元至16萬元
50
57.20
57.90
2,406
主任1人
10萬元至13萬元
金屬工業研究發展中心
處長9人
9萬元至12萬元
100
65.98
64.09
51,397
副處長13人
9萬元至11萬元
中興工程顧問社
經理(主任)7人、副理(副主任)8人
10萬元至13萬元
95.83
47.81
49.97
5,535
工業技術研究院
協理2人
25萬元至35萬元
100
76.27
75.92
35,603
所長6人/中心主任11人/執行長3人
21萬元至32萬元
副所長5人/中心副主任11人/副執行長2人
14萬元至23萬元
船舶暨海洋產業研發中心
處長5人
10萬元至12萬元
85.92
74.95
55.62
-12,142
台灣機電工程服務社
經理3人
10萬元至13萬元
92
0
0
53,170
中華經濟研究院
所長2人、主任4人
13萬元至16萬元
90.9
75.16
72.96
8,075
副所長3人、副主任1人、副執行長1人
10萬元至13萬元
行政單位主任2人
10萬元至13萬元
台灣電子檢驗中心
經理11人
9萬元至16萬元
78.95
11.35
10.64
122,000
中小企業信用保證基金
經理12人、副理10人
10萬元至14萬元
97.26
0.15
0.17
-3,025,929
台灣中小企業聯合輔導基金會
經理1人
13萬元至16萬元
100
13.10
9
4,465
全國認證基金會
處長2人、兼任處長2人
9萬元至13萬元
56.7
8.33
8.63
17,115
副處長4人
10萬元以下
商業發展研究院
所長4人、副所長1人、副主任1人
13萬元至16萬元
44.33
88.08
88.69
6,829
處長2人
10萬元至13萬元
生物技術開發中心
所長3人/處長2人
13萬元至16萬元
86.67
69.03
77.04
52,696
主任7人
10萬元至13萬元
農委會
台灣動物科技研究所
組長6人、主任1人
7萬2千元至10萬5千元
77.78
74.60
84.51
1,235
中央畜產會
組長6人、主任1人
8萬元至10萬5千元
100
83.80
83.53
19,898
農業信用保證基金
稽核1人
13萬元至未滿14萬元
90
0
0
60,545
經理4人
10萬元至未滿13萬元
副經理1人
8萬元至未滿9萬元
農業科技研究院
所長、協理、主任各1人
10萬元至未滿14萬元
100
-
83.75
-
中正農業科技社會公益基金會
組長1人
10萬元至未滿13萬元
100
0
0
1,550
農業工程研究中心
組長4人、秘書1人
8萬元至未滿11萬元
44
40.11
5.54
0
僑委會
海外信用保證基金
行政主任2人、業務經理1人
9萬9千元元至12萬2千元
100
0
0
34,747
衛福部
國家衛生研究院
所長3人
32萬元以上
100
91.53
93.94
-127,988
主任秘書1人、主任2人、所長3人
21萬元以上未滿32萬元
處長1人
19萬元以上未滿21萬元
所長1人、副主任1人、副所長3人、處長1人
16萬元以上未滿19萬元
醫藥品查驗中心
組長1人、主任1人、副組長1人
16萬元至未滿19萬元
100
99.69
99.85
9,016
組長3人
10萬元至未滿13萬元
副處長1人
10萬元以下
病理發展基金會
主任2人(病理醫師)
21萬元以上未滿32萬元
100
0
0
3,725
技術主任
10萬元至未滿13萬元
行政部主任
10萬元以下
主任秘書1人、主任2人、所長3人
21萬元以上未滿32萬元
處長1人
19萬元以上未滿21萬元
所長1人、副主任1人、副所長3人、處長1人
16萬元以上未滿19萬元
組長3人
10萬元至未滿13萬元
副處長1人
10萬元以下
技術主任
10萬元至未滿13萬元
行政部主任
10萬元以下
※註1.資料來源，中央各主管機關提供，預算中心整理。
2.政府捐助比率係以原始捐助或累計捐助占基金比率取較高者。
附表3.5.2：勞動部102年度職類別調查各業受雇員工平均每月薪資情形表 單位：元
行業/職類
工業及服務業
工業部門
服務業部門
總薪資
經常
薪資
非經常薪資
總薪資
經常
薪資
非經常薪資
總薪資
經常
薪資
非經常薪資
主管及監督人員
71,702
62,610
9,092
76,256
65,825
10,431
69,532
61,078
8,454
高階主管(總經理及總執行長)
131,928
113,452
18,476
134,208
116,496
17,712
130,768
111,904
18,864
中階主管(經理)
87,416
76,013
11,403
90,332
77,374
12,958
85,860
75,287
10,573
現場及辦公室監督人員(含主任、科/股長)
54,783
48,262
6,521
58,774
50,943
7,831
53,002
47,066
5,936
※註：1.資料來源，勞動部102年度職類別薪資調查報告。
2.總薪資包括經常性薪資（含本薪、固定津貼、按月發放的獎金）及非經常性薪資（含加班費、紅利、非按月發放的獎金）。