為因應入會後農產品受損害救助之需，農產品受進口損害救助基金(以下簡稱農損基金）於79年7月設置。謹就主要推動計畫、經費支用及占整體農業資源之比率(詳附表18)，說明如下：
養豬戶（場）暨肉雞戶（場）離牧計畫
86年3月國內曾爆發口蹄疫，91年入會後畜牧產業再度面臨開放衝擊；故農委會於88年推動養豬戶（場）暨肉雞戶（場）離牧計畫，支出95.8億元補償金(占年度整體農業資源之17.78%)，總計拆除國內未達經濟規模之養豬戶及肉雞戶達5,754戶，改善整體畜牧產業體質，俾以因應入會後之開放競爭環境。
水旱田利用調整計畫（稻田多元化利用計畫）
因應入會稻米開放進口，農損基金自94年度起開始支應本項計畫所需之休耕及轉作補償金，每年度支出約100億元上下，占年度整體農業資源1成左右（近2年度支出稍有下降）；截至102年底農損基金所支出補償金已超過1,000億元。
產業調整或防範措施計畫
入會後水果、茶葉、畜產及水產品亦面臨開放進口衝擊，故農委會於95年度推出是項計畫，並由農損基金每年度支應10億元至20億元經費(占各年度整體農業資源比率約為1%~2%)，辦理受影響產業之結構調整。
進口損害救助措施
由上可知，為減緩入會所帶來之農業損害，政府積極辦理國內農業各部門產業結構調整。統計入會後農委會受理農民團體或地方政府提出農產品受進口損害救助案總計有4件，包括：
1.86年執行「桃竹苗三縣茶葉受進口損害救助」1.06億元，救助措施包括補助茶園廢耕造林、茶樹台刈、採菁與運搬費用及補貼茶廠貸款之利息差額等4項。
2.91年補助經費1,700餘萬元辦理「國產梅產品受進口損害救助」，採取調降梅生產面積、梅樹矮化、收購加工等救助措施。
3.92年加工用原料麻竹筍受進口損害救助案，農委會研提救助計畫，輔導產地辦理收購加工，計支出335萬元。
4.96年南投縣低海拔茶葉受進口損害救助案，補助採菁與運搬費用、茶樹更新、茶樹台刈及茶園廢耕等救助措施，計支應1.14億元。
5.97年度後迄今無救助案件提出申請。
附表18：加入WTO之農業主要因應計畫經費支用及占整體農業資源比率
單位：新台幣億元
項次
計畫名稱
年度
計畫經費
整體農業資源
比率
1
養豬戶（場）暨肉雞戶（場）離牧計畫
88
95.80
538.73
17.78%
2
水旱田利用調整計畫（稻田多元化利用計畫）
94
130.10
1,289.60
10.09%
95
115.46
1,202.71
9.60%
96
109.10
1,216.75
8.97%
97
114.15
1,273.92
8.96%
98
106.59
1,344.64
7.93%
99
121.66
1,333.37
9.12%
100
113.30
1,195.39
9.48%
101
110.56
1,301.56
8.49%
102
80.74
1,195.26
6.75%
3
產業調整或防範措施計畫
95
21.70
1,202.71
1.80%
96
17.90
1,216.75
1.47%
97
17.50
1,273.92
1.37%
98
17.05
1,344.64
1.27%
99
15.40
1,333.37
1.15%
100
15.60
1,195.39
1.31%
101
13.66
1,301.56
1.05%
102
14.38
1,195.26
1.20%
4
進口損害救助措施
86
1.06
494.88
0.21%
91
0.17
1,001.99
0.02%
92
0.03
1,099.25
0.00%
96
1.14
1,216.75
0.09%
※註：1.資料來源，農委會提供，本研究整理。
2.整體農業資源係指各年度該會主管公務加計基金預算再扣除公務撥充基
金重複部分；表內88年度為87年7月至88年6月，86年度為85年7月
至86年6月。