稻田休耕政策欠缺相關控管機制，致休耕面積攀升
因應入會開放稻米進口，農委會推行休耕政策調整國內稻米產量；然卻未制定休耕最適比率，導致農民多選擇領取休耕給付而不耕作，全省休耕土地迅速攀升，轉作面積卻僅有緩慢成長。以101年度為例，休耕農地面積比率高達11.69%，較90年增加4成5，大量農地均處於休耕狀態，土地資源嚴重閒置浪費，每年度政府尚需給付百億元獎勵金，國內糧食自給率卻不斷下降。
附表23：近10年度國內稻作、轉作及休耕面積及獎勵金發放一覽表
單位：萬公頃；億元；％
年度
耕地面積
稻作面積
轉作面積
轉作比率
休耕面積
休耕比率
轉作獎勵
休耕給付
90
169.75
33.22
5.25
3.09
13.65
8.04
11.86
54.50
95
165.91
26.32
4.42
2.66
22.07
13.30
10.48
97.90
100
161.66
25.43
7.20
4.45
20.05
12.40
21.30
89.89
101
160.58
26.08
8.27
5.15
18.78
11.69
24.74
82.63
※註：1.資料來源，農委會提供；耕地面積以土地面積乘以每年2期作計算；102年
度耕地面積數據尚未統計完成。
活化休耕農地計畫配套措施欠完備，致數度調整，並導致政策成效不彰
為使大批休耕農地能有效活化，以因應國際糧食價格高漲趨勢，農委會提出水旱田利用調整計畫並數度調整；後又執行綠田計畫，規劃連續2期休耕，僅能領1期補助款；再結合小地主大佃農政策，推動連續休耕農地租賃措施，輔導轉作具進口替代之產銷無虞作物等各項計畫與措施，期能多元化利用農田。惟因配套措施有欠完備，同時未與農民作充分溝通，導致97年推動種植生質能源作物政策急轉彎，轉而耕作玉米和造林；99年規劃連續2期休耕僅能領1期補助款之政策，亦因農民強烈反彈，緊急喊卡；101年「小地主大佃農」政策復因學者質疑種稻大佃農由政府補助租地，又能享有高價收購雙重補助之不合理，遂暫停大佃農種植水稻案件申請並調整租賃種稻誘因。由於農委會政策迭有變動，致未能有效引導農民將休耕農田活化，我國每年尚須大量進口其他農糧產品。
休耕政策多用於獎助種植綠肥，培養地力及轉作成效均頗受外界質疑
依農委會103年度「調整耕作制度活化農地計畫」，除給予休耕農地獎勵金，重點為輔導農民多元活化農地，獎勵輪作地區性特產或進口替代作物，相較早期純為稻米減產更具積極意義。惟依農委會農糧署提供近年度休耕農地轉作成果，資源多用於獎助種植綠肥，重要作物生產十分有限(詳附表24)。略述於下：
依現行休耕給付標準(附表25)，農民於休耕農地種植綠肥每公頃可得獎勵金4萬5,000元，因較翻耕所得收益更高，致農民翻耕農地之誘因與意願低落；由附表24數據，101年度以前農地種植綠肥面積均較翻耕面積高出數倍以上，與原先鼓勵農地休耕，俾以培養地力，提升未來生產力之政策目標有所落差。
復由附表26耕地轉(契)作補貼標準觀之，目前經農委會列為轉作獎勵作物計有：硬質玉米、大豆、青割玉米及小麥等；其中硬質玉米為該會推廣契作之重點作物，每公頃獎勵農民契作之補助金為4萬5千元。然統計近年度我國雜糧之進口情形，每年玉米進口量約為400~500萬公噸，占穀類進口量一半以上（若再加計小麥及黃豆，則進口量合計占比高達近9成）；反觀國內玉米之自給率由入會時2.5%，逐年不斷下滑至101年底僅有1.5%，休耕轉作政策推行多年，國內重要農作物之進口依賴性卻逐年提高，農政主管機關之輔導轉作成效實頗令外界質疑。又查，97年度以前該會獎勵轉作作物尚包括能源作物乙項；惟詢據該會表示因農民意願不高，故停止輔導是項作物轉作。在全球能源價格上漲之趨勢下，恐有若干隱憂；該會於糧食作物及能源作物之政策導引耕作或取捨，宜予慎思。
附表24：近年度耕地轉作各類作物一覽表 單位：公頃
年度
合計
轉 作
休 耕
小計
輪作
契作
造林
連續休耕農地租賃
景觀作物
能源作物
小計
種植
綠肥
翻耕
其他
硬質玉米
大豆
青割玉米或牧草
其他98
259,110
49,481
36,716
2,143
-
4,913
-
62
1,580
4,068
-
197,545
197,545
12,084
-
99
273,260
54,425
35,856
3,045
-
5,552
-
152
5,888
3,932
-
218,835
202,601
16,234
-
100
272,527
71,995
48,772
3,576
-
6,051
-
366
9,802
3,428
-
200,533
184,371
16,163
-
101
270,184
82,334
53,145
4,380
305
6,678
685
414
12,916
3,811
-
187,850
170,583
17,267
-
102
227,810
120,996
67,872
9,345
473
15,226
6,325
944
18,227
2,580
-
106,814
90,485
12,373
3,956
103
90,105
43,585
26,067
66
97
4,053
2,700
-
9,962
640
-
46,520
42,277
3,012
1,231
※註：1.資料來源，農委會提供；103年度數據統計至第1期作。
附表25：103年度「調整耕作制度活化農地計畫」之休耕給付標準
單位：元/公頃/期作
項 目
給付(獎勵)金
備 註
綠肥作物給付
45,000
含綠肥種子費、翻耕整地費、田間管理及至少1次蟲害防治費用等。
景觀作物給付
45,000
需經直轄市、縣市政府規劃之專區，種子由政府提供(中央及地方各負擔1/2)。
生產環
境維護
給付
34,000
包括翻耕及蓄水或由直轄市、縣市政府依「生產環境維護措施辦理原則」，因地制宜規劃之項目。
20,000
申辦出租未能出租者，倘一個期作已申請休耕措施，另一期作擬復耕可辦理農田翻耕，（本項輔導措施以102年及103年兩年緩衝期間為限）。
耕作困
難地區
給付
34,000
每年得給付2個期作，每期作每公頃3.4萬元(每年6.8萬元)並將依土地狀況規劃作其他用途；除因淹水無法翻耕田區外，其餘耕作困難地區須至少一個期作辦理翻耕，全年兩期均未翻耕者，第2期作視同不合格，另翻耕期作再給予田間管理維護費每年每公頃6千元。
※註：1.資料來源，農委會官網。
2.直轄市、縣市政府倘為地區產業發展需要，需於同一田區輔導種植2個
期作景觀作物，第2個期作得報請列入地區特產。
附表26：103年度「調整耕作制度活化農地計畫」之轉(契)作補貼標準
單位：元/公頃/期作
轉(契)作作物項目
補 貼 金 額
一般農友
大佃農
契作進口替代
1.硬質玉米、非基改大豆
45,000
55,000
2.牧草及青割玉米
35,000
45,000
3.短期經濟林(6年)
45,000
55,000
4.原料甘蔗
30,000
40,000
5.小麥、蕎麥、胡麻、薏苡、仙草
45,000
55,000
6. 釀酒高粱、飼料甘藷
24,000
34,000
7.油茶及茶
第1-6期45,000
第1-6期55,000
第7-8期22,500
第7-8期32,500契作
外銷
潛力
1.毛豆
35,000
45,000
2.胡蘿蔔、結球萵苣
24,000
34,000
地區特產
地區特產作物
20,000 +地方政府1成以上配合款
30,000+地方政府1成以上配合款
有機作物
15,000 (另加)
15,000(另加)
水稻
─
20,000
※註：1.資料來源，農委會官網。