自由貿易協定涉及農業議題多與貨品貿易有關，包括關稅減讓、原產地規定以及食品安全檢驗與動植物防疫檢疫（Sanitary and Phytosanitary Measures,SPS）議題，部分自由貿易協定或可能考量農產品市場開放之敏感性，而在一般防衛條款外，針對農產品訂有特別防衛機制（special safeguard mechanism,SSM）條文，或是考量農產品出口補貼造成之貿易扭曲效果，而特別針對農產品要求取消出口補貼，除此之外，服務貿易、投資或爭端解決並不會針對農業另行規範。至於近年興起之經濟合作協定或區域整合協定中之新興議題，例如與貿易有關之智慧財產權、環境、漁業補貼規範或經濟合作等議題，則開始逐漸涉及農業議題，如在智財權章節下可能對地理標示議題有所規範，或在環境章節下可能對自然資源之使用有所規範，甚至在經濟合作章節下亦可能針對農業進行經濟合作等。