空污基金執行之事項，諸如：學童呼吸系統健康檢查、空品淨化區(環保公園等)、推動溫室氣體減量經費等應否由空污基金支應；推廣液化石油氣(LPG)為燃料的瓦斯車、推廣電動機車政策歷程、對地方補助款之分配、委辦計畫間之整合與成效等，均備受國人矚目，惟空污基金之管理機關，包括環保署及空污基金管理委員會對空污基金之相關決策資料，如：空污基金管理委員會之歷次會議資料及紀錄，均未對外公開。

依學者意見：「在我國空污費制度之施行中，...，使得環保署得以由徵收的空污基金中，選擇其防治計畫，進而影響計畫執行之各個產業或個人利益」；「環境品質屬於公共財的性質...，使得整個空污費制度的政策成為壓力團體與有立場的非直接壓力團體逐利之均衡。」；「空污費除可被視為環保政策工具，亦可被視為環保署為追求自由處置預算(非限定使用預算)的增加與職權的擴張之工具，…，故導致壓力團體的強烈不信任與抗爭。」，為確保環保署對空污基金之有效合法運用，避免空污防制政策受特定團體之左右，環保署應公開相關資訊，以利引進民間監督力量，確保空污防制政策執行之品質。