2002年與新加坡簽署第1個經濟夥伴協議(EPA)並發布日本FTA戰略，洽簽原則為：有助確保日本經濟利益、營造有利政治外交環境且具談判成功可能性，尤其著重東南亞經濟網絡建構。參據WTO統計至2014年3月止已生效FTA計13個(含括15個貿易夥伴)，另2014年4月完成日澳EPA簽署並於2013年7月正式加入TPP談判，亦是RCEP談判成員國，積極參與亞太區域經濟整合。其推動貿易自由化相關措施概述如次：

(一)已簽署EPA均排除重要農產品開放議題，降低國內反對聲浪：日本製造業國際競爭力強，推動貿易自由化最大障礙為農業市場開放，故迄今簽署之14個EPA均將重要農產品(尤其是稻米、小麥、牛豬肉、乳製品及砂糖等5大類)列為關稅調降排除項目，以降低國內農民反對，惟日本亦在汽車進口關稅調降部分讓步，致EPA貿易自由化程度偏低。然TPP主要談判成員-美國為農業出口大國且要求開放市場態度甚為強烈，而據日本政府試算，加入TPP將減少農林水產物達3兆日圓產值，農業開放成為日本在TPP談判最大難題。

(二)提高EPA透明度，爭取民眾了解與支持：日本政府曾就推動EPA進行民意調查，顯示贊成者比率高於反對者，較關心議題則為農業自由化及外國勞動輸入問題，此讓日本政府認知提高EPA透明度是爭取國民支持態度之重要管道。之後即經常公布EPA相關戰略、談判方針及談判進展等資訊，並舉辦各類報告會、研討會及情況說明會，讓民眾充分理解EPA各種資訊，進而取得支持，如日菲EPA談判過程中，要求日本開放護士與護理人員市場，日本政府即先與日本護理協會等有關人員進行溝通並取得有條件支持。此次，日本政府對於加入TPP更利用多種平台進行宣傳，如將TPP與日本經濟安全保障掛勾，強調其對「日本再生」與「強大日本」有重大影響；並藉重要利益團體(如經團連、經濟同友會、日本商工會議等)公開支持，形成輿論正面議題，爭取民眾支持。