自90年起中央政府賡續制定4項特別條例推動地方水患治理工作，茲就相關法令、計畫內容、特別預算編列及執行概況等說明如下：
(一)相關法令及治理範圍
1.為加速改善基隆河排水防洪功能，90年10月制定基隆河流域整治特別條例推動「基隆河整體治理計畫(前期計畫)」，由中央政府編列特別預算投入地方河川之整治；94年間經濟部參據行政院國家災害防救科技中心(前國家科學委員會防災國家型科技計畫辦公室)所模擬之淹水潛勢圖及近年颱洪受災淹水範圍等推估，全國易淹水總面積約1,150平方公里(詳附圖3-2-1)，8成分布於中南部地方管河川、區域排水等未完成整治或地層下陷之地區。鑒於地方財政困難，行政院爰參照基隆河整治方式於95年1月制定水患治理特別條例、103年1月制定流域綜合治理特別條例、106年7月制定前瞻基礎建設特別條例納入水環境建設等，賡續編列特別預算協助地方水患治理（4項特別條例重要規範比較，詳附錄2）。
2.為提高地方治水計畫之執行成效，水患治理特別條例第5條第1項明定：「中央主管機關應依流域整體治理及綜合治水原則，擬訂易淹水地區水患治理計畫。」流域綜合治理特別條例第1條亦規定：「為加速推動流域整體治理，以國土規劃、綜合治水、立體防洪及流域治理等方式進行水患防治工作…。」爰此，對於地方水患之整治，改以水系流域為單元，結合上游治山防洪、坡地水保、中下游之河川排水、都市雨水下水道、農田排水及水產養殖排水等整體規劃治理，我國治水政策由傳統築堤防洪工程，轉向以流域整體治理及綜合治水方向推動。
3.行政院並參據地方淹水程度，核定易淹水計畫及流綜計畫之主要治理範圍包含直轄市及縣市管河川35水系、區域排水256系統（詳附圖3-2-2)，前瞻計畫亦明訂計畫適用範圍以易淹水計畫及流綜計畫已完成流域整體規劃者為優先。
附圖3-2-1：經濟部預估控管之臺灣低窪易淹水地區分布情形
附圖3-2-2：易淹水、流綜及前瞻等3項治水計畫-地方管河川及區域排水之主要治理範圍
※註：1.資料來源，經濟部「易淹水地區水患治理綱要計畫」及「流域綜合治理計畫第二期成效檢討報告」。
(二)91年度起中央政府以特別預算編列地方治水計畫概況
1.91至109年度共19年間中央政府合共編列特別預算2,406.77億元投入地方水患治理，包含91至94年度「基隆河整體治理計畫(前期計畫)」316.16億元(已完成，決算數302.76億元)、95年至102年度「易淹水計畫」1,159.20億元(已完成，決算數1,114.52億元)、103至108年度「流綜計畫」659.50億元(6年期預算已編竣，執行中)、106至109年度「前瞻計畫」271.91億元(第1、2期預算已編竣，執行中）。
2.平均每年度預算金額126.67億元、迄107年底累積決算數2,009.53億元、平均每年度執行數118.21億元。
附表3-2-1：中央政府以特別預算推動地方水患治理計畫彙整表
單位：新臺幣億元
計畫別/
執行年度
預算數
決算數（迄107年度）
主要計畫內容及執行機關
基隆河整體治理計畫(前期計畫）
91-94
316.16
302.76
1.員山子分洪工程、台北縣及基隆市等11個低漥地防洪區塊內堤防工程、補助地方政府辦理支流排水改善等河堤整建及排水改善工程249.10億元(經濟部)。
2.坡地保育及水土保持3.17億元(農委會)。
3.抽水站工程44.65億元(內政部)
4.橋樑改善19.19億元(交通部)。
易淹水地區水患治理計畫
第1期
95-96
309.65
303.29
1.縣市管河川、區排及事業性海堤治理工程等799.4億元(經濟部)。
2.雨水下水道規劃興建等工程59.95億元(內政部)。
3.農田排水改善、上游坡地水土保持及治山防洪299.85億元(農委會)。
第2期
97-99
445.00
435.02
第3期
100-102
404.55
376.21
小計
95-102
1,159.20
1,114.52
流域綜合治理計畫
第1期
103/6月-104
126.49
121.78
1.縣市管河川排水治理工程等419.95億元(經濟部)。
2.雨水下水道建設等工程89.65億元(內政部)。
3.農田排水改善、上游坡地水土保持及治山防洪、國有林班地治理、農糧作物保全及水產養殖排水等149.90億元(農委會)。
4.省道橋樑改善15.8億元及防災降雨雷達3.2億元(經濟部、內政部及農委會分別補助交通部17.84億元、0.44億元、0.73億元)。
第2期
105-106
298.23
286.98
第3期
107-108
234.78
132.67
小計
103/6月-108
659.50
541.43
前瞻基礎建設-水環境建設-縣市管河川及區域排水整體改善計畫
第1期
106/9月-107
52.86
50.82
1.地方政府轄管河川、排水及海岸防護之防洪綜合治理工程等160億元(經濟部)。
2.雨水下水道78.85億元(內政部)。
3.農田排水、碑塘、圳路等改善29.46億元(農委會)。
4.省道橋樑改善3.60億元(交通部)。
第2期
108-109
219.05
尚未執行
小計
106-109
271.91
50.82
合計
91-109
2,406.77
2,009.53
-
※註：1.資料來源，各期計畫之預決算書；基隆河整體治理計畫(前期計畫）、易淹水計畫第1-3期、流綜計畫第1、2期為決算審定數、第3期為水利署提供流綜計畫截至107年底執行情形及績效報告(初稿，108年4月)之「表3-32本計畫第三期107年度預算執行情形」之實際支用數及應付未付數、前瞻計畫第1期為行政院自編決算數。
2.基隆河整體治理計畫(前期計畫）及易淹水計畫均已執行完竣。