為落實流域整體治理原則，中央政府自95年度編列特別預算辦理易淹水計畫起，即整合農委會、經濟部、內政部，分別就流域上、中、下游之治山防洪、水土保持、區域排水、事業性海堤、都市雨水下水道及農田排水等進行有系統性之治理，然觀其執行成效似仍有待加強，說明如下：
(一)流域上、中、下游整治機關不同，保全對象與防護標準各有差異，恐影響整體治理成效
目前水患治理雖以流域為單元加以整治，然上、中、下游各由不同權責機關辦理，其中中、上游之山坡地水土保持與治山防洪由水保局及林務局辦理，農田排水由農田水利處辦理，河川及區域排水由水利署辦理、雨水下水道由營建署辦理，下游水產養殖排水則由漁業署辦理，惟各類排水保全對象及設計之防護標準各有不同，如地方管河川及區域排水集流時間較長，分別以50年、25年重現期洪水不溢堤為目標設計；農田排水保護標準為5至10年重現期排水量，而雨水下水道因流速快一般採短延時暴雨量3至5年重現期設計，各排水設施介面標準不一，無法完整銜接整合，形成防洪缺口。依審計部對易淹水計畫第3期特別決算審核報告所提之重要審核意見所指，雲林縣新虎尾溪已挹注5億689萬餘元經費辦理整治，提高保護標準，惟101年8月蘇拉颱風期間，因莿桐鄉部分低窪地區雨水下水道保護標準相對較低，排水不及，淹水約60公頃，右岸西螺大排及新埤頭分線無法宣洩，淹水217公頃，各類排水設施之介面及保護標準不一，亟待通盤檢討協調整合。
106年1月政府審計季刊對「流域綜合治理計畫治水成效之審計」亦提出因河川、區域排水、雨水下水道及農田排水採用防護標準未臻一致，形成防洪弱面，或在銜接點因外水水位高於內水，影響排水功能等問題，顯示流域上、中、下游整治單位不同，各類排水介面之整合銜接仍待加強，以發揮整體治理綜效。
(二)跨部會及中央與地方政府間對治理順序之溝通協調仍待強化，以避免虛擲公帑
近年來我國以特別預算所辦理之水患治理計畫，無論易淹水或流綜計畫，屢有因中央與地方，及相關部會間未妥善協調規劃治理順序或未重視豪雨特報警示致影響水患防治綜效，甚或徒擲公帑而遭審計部提出或監察院糾正情事，經彙整例舉說明如下：
1.因徒耗公帑而遭監察院糾正者
(1)臺中縣「新社鄉食水嵙溪番社嶺橋上下游排水改善工程」：「食水嵙排水系統治理規劃及治理計畫」先後於96年6月及10月間辦理兩次地方說明會後，其規劃報告初稿業於97年10月22日經水利署審查工作小組初步審查認可，並循序報請易淹水計畫推動小組審查，惟臺中縣(現為臺中市)政府未待該案規劃完成，率然發包整治零星河段，而護岸工程完工未及5個月，即因偷工減料遭卡玫基颱風洪水沖毀致浪費公帑，且有礙後續排水系統整體治理成效，經監察院98財正0017號糾正在案。
(2)臺南市「港尾溝溪排水中游疏洪工程」：鑒於臺南市港尾溝溪下游段屢發生淹水災情，水利署爰將港尾溝溪排水系統列入易淹水計畫內，並於97年12月核定規劃報告，依監察院104財正0001號糾正案所載，該案之中游疏洪工程主要係於高速公路橋上游段設置約3,769公尺之疏洪道採高、低地分流，總計花費13億5,042萬7千元【包括用地經費4億938萬6千元、工程（含設計監造）決標金額為8億9,730萬元、後續計12次契約變更增帳4,374萬1千元】，然因該署暨所屬第六河川局辦理工程時，不僅於規劃、設計、審查、施工監造等各階段均有疏失，且於驗收時亦未查核發現施工廠商以營建廢棄物偽充契約規定之級配粒料，致103年8月10日南部地區之豪大雨使該疏洪道防汛道路路面塌陷約50公尺；另又怠忽交通部中央氣象局自103年8月10日至13日持續對臺南市發布之豪雨特報，致災損擴大，徒耗公帑8,829萬元辦理搶險及復建等，顯有未當而經糾正在案。
2.未妥為協調治理順序致影響水患防治綜效而經審計部提出或監察院糾正
(1)未有效協調跨河建造物之經管機關配合改善橋粱長度，致河道束縮影響河川排洪：審計部於易淹水計畫第3期特別決算審核報告所提之重要審核意見八，略以：「易淹水地區水患治理計畫所完成之295條水系治理規劃，其河川、區域排水範圍內，不符合治理規劃應留水流斷面或橋台寬度之跨河建造物，高達2,140座。經濟部水利署…未善用與交通部、各地方政府定期召開之『維護河川與保護橋梁安全聯繫會報』協調機制，有效促請跨河建造物之經管機關積極配合寬籌經費，儘速完成全部之束縮河道改善，影響計畫整治成效，…，如本計畫雖於民國96年完成知本溪溫泉橋上游左右岸基礎保護工程，惟該橋現況長度不足，梁底高程低於計畫堤頂高，迄民國102年底止已逾6年，橋梁經管機關臺東縣政府仍未配合改善；又如本計畫耗資3億餘元進行彰化縣石笱排水鐵路橋上游水道整治，因跨越該排水之鐵路橋長度不足，嚴重束縮排水斷面，惟橋梁經管機關交通部臺灣鐵路管理局遲未配合完成改善。以上束縮河道影響河川排洪情事，不僅造成流水於橋前擁高，颱洪期間將潛存溢淹河川兩岸風險，甚恐造成計畫完成之基礎保護工、堤岸及跨河建造物遭到沖毀，影響水利設施整體防洪功效至鉅，…。」
(2)各主辦機關對於治理優先順序或對象之選定未整體規劃而影響排水功能：為利上、中、下游各項治水措施順利銜接推動，流綜計畫雖設置推動小組、審查工作小組及考核工作小組，然依前開政府審計季刊對該計畫執行1期後所提未來策進方向仍指出，在跨機關相關介面之整合、溝通及協調分工仍潛藏問題，例如各主辦機關對於治理優先順序或對象之選定未整體規劃，衍生部分區域已完成排水整治，雨水下水道卻未配合完成，或已完成雨水下水道、抽水站、水門及堤防等水利構造物，惟其自主檢查之時機及頻率卻未能依流域或特定區域進行全面性、整體性之檢查，影響排水功能及治理綜效等。
(3)台糖公司遲未提供土地使用同意書供興建滯洪池，致107年8月23日豪雨雲嘉南地區多處積水成災而經監察院糾正：為緩解各地淹水情事，流綜計畫共核定32座滯洪池(含嘉義11座、雲林8座、彰化4座、新竹、臺南、高雄各2座、苗栗、台中及屏東各1座)，總設計蓄洪量為1,074萬4,350立方公尺，其中10座涉及台灣糖業股份有限公司(以下簡稱台糖公司)土地，總設計蓄洪量為530萬9,156立方公尺，占比49.41%，惟台糖公司以落實公司治理、實施循環經濟概念為由，不顧特別立法已排除各項法律限制，而未能配合先行提供土地使用同意書以加速推動治水，嚴重影響滯洪池興建期程(該10座滯洪池設計蓄洪量及迄107年底之工程進度如附表4-2-1)，致107年8月23日豪雨，雲嘉南地區有多處積淹水災情，而經監察院108財正0007號糾正在案。
附表4-2-1：迄至107年底流綜計畫所核定興建滯洪池中涉及台糖公司土地者之設計蓄洪量及工程進度
項次
所在地
滯洪池
設計蓄洪量(立方公尺)
迄107年底進度
1
彰化鹿港
麻剪溝排水滯洪池工程(第一期)
178,000
1.00%
2
彰化二林
第四放水路滯洪池新建工程(第一期)
624,000
0.05%
3
彰化二林
萬興滯洪池新建工程(第一期)
873,600
0.05%
4
雲林北港
北港滯洪池第一期工程
1,000,000
0
5
嘉義朴子
荷苞嶼排水幹線馬稠後工業區下游治理工程(二工區)
591,900
0
6
嘉義布袋
貴舍2滯洪池新建工程
395,800
0
7
嘉義中埔
公館排水出口滯洪池
519,956
0.01%
8
嘉義義竹
溪墘排水新庄農場滯洪池治理工程
590,000
0
9
嘉義義竹
溪墘排水溪墘農場滯洪池治理工程
420,000
0
10
屏東東港
三西和農場滯洪池工程
115,900
0
合 計
5,309,156
-
※註：1.資料來源，摘自108年4月3日監察院108財正0007號糾正案文。
(三)部分縣市政府對水利工程用地之取得、設施之維管未臻確實，或迄未公告河川區域及排水設施範圍，不利維護河防安全
水患治理特別條例及流域綜合治理特別條例均規定，治理工程用地之取得及河川、排水、雨水下水道等疏濬清淤屬地方政府辦理事項；且依各該條例興建完成之建造物，地方目的事業主管機關或農田水利會應於各中央目的事業主管機關指定之期限內完成接管，並逐年編列維護管理預算妥善維護管理，以確保該等耗費鉅資興建之水利設施可發揮防災應變功能。惟無論係對易淹水計畫或流綜計畫之執行，審計部均提出相關審核意見如下：
1.對易淹水計畫之審核意見(詳附錄4)：審計部自第1期起至第3期之審核報告均提及地方政府未盡配合辦理事項，諸如未配合籌措工程用地費及工程用地未取得；各受補助縣（市）政府或因辦理委外設計作業費時、工程招標多次流標等問題致有疏濬清淤及應急工程未能於汛期前完成；各地方政府對雨水下水道之維護經費差異甚鉅等，均待加強配合辦理並編列合理經費、落實維管機制，以降低遇雨積淹水機率等。
2.對流綜計畫之審核意見(詳附錄5)：審計部分別於第1期及第2期審核報告中提出地方政府未盡配合辦理事項之審核意見，諸如：連續2期函請經濟部督促地方政府儘速改善迄未辦理相關河川區域及排水設施範圍線之劃定、變更及公告事宜，以落實管理及取締違規行為；請經濟部加強督導各市縣政府落實水利構造物之維護檢查工作，以防範或減緩災情等。
除上開審計部之審核意見外，經濟部、內政部與農委會亦分別於流綜計畫、前瞻計畫-水環境建設計畫截至107年度執行進度及績效報告中建議：流綜計畫治理及應急工程迄107年計已完成303件，其完成之排水路、抽水站、滯洪池等設施遍布全臺，雖已逐步改善各地區水患受災程度，且無縫接軌移交各在地縣(市)政府接管，惟仍建議地方政府應寬籌經費，落實相關設施之維護管理工作，以確保已興建完成之水利設施能有效發揮其防災減災功能；對落後計畫請縣市政府儘量以協議價購方式取得用地，加速預算執行等。