彙整流綜計畫第1期、第2期及前瞻計畫第1期等已屆期治水計畫之預算執行結果，應付保留數占所編預算比率分別為25.13%、28.60%及62.69%，呈增高趨勢（詳附表4-5-1），茲評估說明如下：
(一)各期治水計畫應付保留比率過高問題，未見有效改善
1.審計部已連續於流綜計畫第1期及第2期特別決算審核報告中均提具：整體預算執行率未如預期，工程標案執行率欠佳，亟待加速執行治理等審核意見。
2.彙整流綜計畫第2期成效檢討報告中有關「計畫執行檢討及因應對策」顯示，影響治理工程進度與品質包含：(1)工程多次流標，其造成多次流標主要成因包含，施工困難或技術門檻高承攬風險不易掌握、廠商執行能量不足、物價波動或工料資源不足、預算編列不符市場行情、地方配合款未到位等；(2)土地取得問題，工程發包後常因民眾抗爭、土地鑑界、用地範圍等問題，致後續工程停工或落後等情形發生；（3）工期需配合灌溉期間或山區不易施工等導致延後。另提出：（1）未來設計規劃階段應提早掌握施工關鍵因素，且設計內容應回歸規劃要旨，並於預算額度內作最佳化設計，避免過度設計、（2）督促各地方政府落實召開「用地取得推動小組」，協請執行機關與縣市政府成立溝通平台，持續落後案件則赴縣市政府進行輔導訪視並提出趕工計畫、（3）提早辦理前期作業避免影響工期等改善建議。
3.惟就前瞻計畫第1期預算執行成果統計，水利署、營建署及農委會歲出保留比率均逾5成，未見改善下降；有關保留原因之說明，除部分因合約跨期尚未完成結案審核外，仍同流綜計畫所示，規劃發包時程落後、多次招標未決、地方道路禁挖等致工程進度未達預期，各辦理機關對於治水計畫預算之編列、執行及控管等作業，仍待檢討改善。
附表4-5-1：流綜計畫第1、2期及前瞻計畫第1期預算執行概況表
單位：新臺幣千元
機關名稱及科目
流綜計畫第1期
(103-104)
流綜計畫第2期
（105-106）
前瞻計畫-第1期 (106-107)
內政部
預算數
2,080,000
3,385,000
2,250,000
營建署
決算數
1,851,798
3,154,535
2,120,044
實支數
金額
867,003
2,468,804
938,889
占比
41.68%
72.93%
41.73%
應付
保留數
金額
984,795
685,731
1,181,155
占比
47.35%
20.26%
52.50%
賸餘數
金額
228,202
230,465
129,956
占比
10.97%
6.81%
5.77%
經濟部
預算數
5,835,000
21,059,800
2,050,000
水利署
決算數
5,725,911
20,473,156
2,010,825
實支數
金額
4,603,228
13,702,836
414,112
占比
78.89%
65.06%
20.20%
應付
保留數
金額
1,122,683
6,770,320
1,596,713
占比
19.24%
32.15%
77.89%
賸餘數
金額
109,089
586,644
39,175
占比
1.87%
2.79%
1.91%
農委會
預算數
4,734,000
5,378,000
986,000
及所屬
決算數
4,600,302
5,070,744
951,611
實支數
金額
3,528,688
3,996,373
415,574
占比
74.54%
74.31%
42.15%
應付
保留數
金額
1,071,614
1,074,371
536,037
占比
22.64%
19.98%
54.36%
賸餘數
金額
133,698
307,256
34,389
占比
2.82%
5.71%
3.49%
合計
預算數
12,649,000
29,822,800
5,286,000
決算數
12,178,012
28,698,435
5,082,480
實支數
金額
8,998,919
20,168,013
1,768,575
占比
71.14%
67.63%
33.46%
應付
保留數
金額
3,179,092
8,530,422
3,313,905
占比
25.13%
28.60%
62.69%
賸餘數
金額
470,988
1,124,365
203,520
占比
3.73%
3.77%
3.85%
※註：1.資料來源，審計部流域綜合治理計畫第1期、第2期特別決算審核報告及行政院所編前瞻基礎建設計畫第1期特別決算；各細項總和與決算數或合計數之差異為尾數四捨五入所致。
2.實支數、應付保留數及賸餘數占比之計算為：實支數/預算數、應付保留數/預算數、賸餘數/預算數。
（二）河川區域排水及雨水下水道工程屆期完工比率偏低，逾3成施工查核案件受評為乙等，亟待政府正視並研謀改善
彙整流綜計畫迄107年底已發包案件完工情形，詳如附表4-5-2，並說明如下：
1.第1期計畫於104年度已屆期，有關委託或補助地方政府辦理都市計劃區雨水下水道之規劃及檢討案完成率僅27.59%，其落後原因多因期末始經核定並完成簽約，尚在期末報告審議階段。
2.第2期計畫於106年度已屆期，河川、區排及雨水下水道之規劃檢討案完成率均未逾2成；治理工程方面，河川及區排 (含省道橋樑改建工程)完工比率約7成、雨水下水道僅約5成，顯示河川、區排及雨水下水道工程多未能於計畫期限內完工，工程進度之控管亟待改進。另查閱各期執行績效報告及詢據執行機關水利署及營建署進度落後原因表示：（1）地方管河川及區排之流域整體綜合治水規劃內容繁複且涉專業能力，多需經歷1-2年時間方可完成、（2）地方政府行政程序配合問題、（3）工地現場遇不可抗力因素(如：民眾陳情、施工介面協調、管線遷移等)致無法施工、(4)廠商未妥適掌握工期、施工能量不足及部分縣市承包商工程量已趨飽和等。
3.另各辦理機關依公共工程委員會所訂「工程施工查核小組作業辦法」對所屬機關及監造單位之工程品質及進度查核情形統計，總查核案件445件、173件評等為乙等、占比約38.88%，其中「河川及區域排水計畫」、「養殖漁業排水分項計畫」約半數受查核案件為乙等(詳附表4-5-3)。爰此，治水工程施工品質之提升，亟待政府重視，對於地方政府、施工廠商之督導及輔助措施亦宜檢討強化，俾以有效提高施工效率。
附表4-5-2：流綜計畫迄107年底已發包案件完工情形統計表
項 目
第1期(103-104年度)
第2期(105-106年度)
第3期(107年度)
已發包
完工
完工比率
已發包
完工
完工比率
已發包
完工
完工比率
規劃
及檢討
河川及區域排水
5
5
100.00%
5
1
20.00%
3
0
0.00%
雨水下水道
29
8
27.59%
14
1
7.14%
5
0
0.00%
其他
6
6
100.00%
5
5
100.00%
4
1
25.00%
小計
40
19
47.50%
24
7
29.17%
12
1
8.33%
治理
工程
河川及區域排水(含省道橋樑改建工程)
105
104
99.05%
275
194
70.55%
561
1.79%
雨水下水道
138
128
92.75%
78
39
50.00%
18
2
11.11%
農田排水
52
52
100.00%
25
25
100.00%
23
2
8.70%
農糧作物保全
10
10
100.00%
4
4
100.00%
3
3
100.00%
上游坡地水土保持及治山防洪
609
609
100.00%
554
554
100.00%
217
210
96.77%
國有林班地治理
74
74
100.00%
59
59
100.00%
24
19
79.17%
水產養殖排水
11
11
100.00%
17
16
94.12%
15
3
20.00%
小計
999
988
98.90%
1,012
891
88.04%
356
240
67.42%
應急
工程
河川及區域排水
166
166
100.00%
234
233
99.57%
169
116
68.64%
水產養殖排水
-
-
-
2
2
100.00%
1
0
0.00%
小計
166
166
100.00%
236
235
99.58%
170
116
68.24%
非工程措施
河川及區域排水
89
89
100.00%
78
78
100.00%
29
29
100.00%
雨水下水道註2
4
1
25.00%
3
0
0.00%
1
0
0.00%
其他
11
11
100.00%
32
32
100.00%
12
12
100.00%
小計
104
101
97.12%
113
110
97.35%
42
41
97.62%
合 計
1,309
1,274
97.33%
1,385
1,243
89.75%
580
398
68.62%
※註：1.資料來源，水利署提供流綜計畫截至107年底執行情形及績效報告「表3-1本計畫執行件數情形統計表」(初稿，108年4月)。
2.另雨水下水道非工程措施完工率較低，詢據營建署表示：未完成項目係「都市總合治水技術服務團」委外專業服務案，屬延續性跨期辦理雨水下水道規劃、調查或教育訓練等計畫，均依進度辦理中。
附表4-5-3：流綜計畫迄107年底辦理「施工查核」情形統計表
分項計畫項目
總查核次數
甲等件數
乙等件數
乙等占比
河川及區域排水計畫
133
69
64
48.12%
雨水下水道計畫
183
113
70
38.25%
上游坡地水土保持及治山防洪分項計畫
57
42
15
26.32%
國有林班地治理分項計畫
33
27
6
18.18%
農田排水及農糧作物保全
13
8
5
38.46%
養殖漁業排水分項計畫
26
13
13
50.00%
合計
445
272
173
38.88%
※註：1.資料來源，流綜計畫截至107年底執行情形及績效報告第三章、執行情形-四、管制考核-(五)河川及區排水分項計畫查核督導辦理情形」(初稿，108年4月)。
（三）近5年度監察院就中央治水計畫已提出3項糾正案，計畫管制考核機制之落實，允宜研謀加強
1.近5年度(103至108年5月底)監察院分別就(1)易淹水計畫所辦理之臺南市港尾溝溪排水中游疏洪工程103年7月27日始舉行竣工典禮，同年8月初完工未達1個月內，即發生設施毀損之水患事件、(2)水利署區域防洪指揮中心興建工程，將應全數用於水患治理之易淹水計畫特別預算，不當用於增設一般行政辦公空間使用、（3）流綜計畫所核定32座滯洪池，因用地取得問題，迄107底僅完成8座，完成率僅25%，進度顯有延宕等，有關政府推動地方治水計畫規劃及執行作業疏失之處提出3項糾正案(相關糾正案內容彙整詳附錄10)。
2.按治水工程攸關國土安全及民眾生命安全，計畫之規劃及控管益顯重要，故流域綜合治理特別條例第6條第1項明定：「中央主管機關為推動本條例，應成立推動小組，辦理計畫審查、督導、管制考核、政策協調及研究發展與人才培訓等工作；…。」前瞻基礎建設特別條例第10條第1項亦規定：「主管機關專案列管及考核本條例所列計畫之執行。」惟以歷期地方治水計畫應付保留比率偏高、河川區域排水及雨水下水道完工率過低等問題屢見，審計部已連續於流綜計畫1、2期提出審核意見，監察院近5年並就中央治水計畫執行疏失提出3項糾正案，中央對於地方治水計畫管制及考核機制之落實，允宜研謀加強，以維各項治水工程如期如質完成。