為降低輸水損失、提升灌溉用水效率，農委會除每年於公務預算編列經費補助直轄市、縣(市)政府、農田水利會辦理農地重劃、農水路及農田水利設施更新改善業務外，自95年度起亦分別於易淹水計畫、流綜計畫及前瞻計畫等編列特別預算辦理農田排水(含埤塘、圳路改善)工程，以提高農業產區內積水排放能力，維持汛期農田排水路暢通，減輕農田淹水損害及縮短淹水時間，惟相關預算之執行進度多有未如預期情況，允宜強化。茲說明如下：
(一)為落實流域綜合治理原則以達總合治水目標，迄107年度止農委會於特別預算業編列76.93億餘元辦理農田排水工程，惟預算執行多有未達預期情況
經彙整農委會自95年度起於易淹水計畫、流綜計畫及前瞻計畫等特別預算執行農田排水工程之情形(詳附表4-9-1)，迄107年度業編列76.93億餘元(含流綜計畫第3期108年度預算數2億元)，惟觀其歷年來各期別預算之執行情形，不含保留數之執行率除流綜計畫第3期外，餘介於39.07%至85.12%間，預算執行情況多未如預期，前瞻計畫第1期不含保留數之執行率更僅51.32%，允待研謀改善。
附表4-9-1：農委會95至107年度以特別預算辦理農田排水治理工程之執行概況表 單位：新臺幣千元；%
特別預算
名稱
期別
(年度)
法定預算(A)
決算數
不含保留數之執行率F=(B+C)/A*100%
實現數(B)
應付數(C)
保留數(D)
合計(E=B+C+D)
易淹水計畫
第1期
(95-96)
1,260,000
492,318
-
767,682
1,260,000
39.07
第2期
(97-99)
2,000,000
1,581,853
42,956
196,053
1,820,862
81.24
第3期
(100-102)
2,240,000
1,762,314
144,344
254,913
2,161,571
85.12
流綜計畫
第1期
(103-104)
415,000
281,700
54,741
72,897
409,338
81.07
第2期
(105-106)
400,000
264,327
29,609
72,216
366,152
73.48
第3期
(107-108)
392,900
179,535
-
-
179,535
93.07註2
前瞻計畫
第1期
(106-107)
986,000
415,574
90,396
445,641
951,611
51.32
合計
-
7,693,900
4,977,647
604,350
1,363,761
6,945,758
-
※註：1.資料來源，各期特別預算之預算書、決算審核報告及行政院所編前瞻基礎建設計畫第1期特別決算。
2.表列流綜計畫第3期(107-108年度)法定預算3億9,290萬元，其中107年度預算數為1億9,290萬元，爰「不含保留數之執行率」係以107年度之預算數計算。
(二)審計部多次於易淹水計畫、流綜計畫之特別決算審核報告中指出農田排水預算執行欠佳
審計部於前開各期特別決算之審核報告中，多次指出農田排水工程之預算執行欠佳，顯示該治理工程辦理多年，相關預算執行不佳情況仍未有效改善，諸如：
1.易淹水計畫第1期：於重要審核意見7.指出：「農業委員會農田水利處辦理『農田排水』計畫，編列歲出預算12億6千萬元，核定25件工程，執行結果，僅完成2 件，核有：（一）治水工程規劃欠縝密，施工進度落後，影響水患治理成效；（二）預算執行進度落後，保留比率偏高；（三）未充分瞭解農田排水現況，工程核定作業欠周延；（四）尚無治水實績，自評高分欠妥適；…等缺失…。」
2.易淹水計畫第2期：於重要審核意見9.指出：「行政院農業委員會辦理『農田排水』計畫，編列歲出預算數20 億元，補助各區農田水利會辦理易淹水地區農田排水設施改善，實際支用經費15 億8千1百餘萬元，經查執行情形，間有：（一）工程契約項目及數量錯誤，致變更設計頻仍，延宕工期…。」
3.流綜計畫第1期：於重要審核意見15.指出：「農業委員會為有效協助地方改善淹水情形，…辦理農田排水、設施區域及農田排水瓶頸改善等2項計畫，主要係補助地方政府及農田水利會執行各該計畫，截至民國104年底止，…(一)農田排水、設施區域及農田排水瓶頸改善等2項計畫，實現數分別為2億8,170萬餘元及6,925萬餘元，分別占預算數4億1,500萬元、1億1,300萬元之67.88%及61.29%，預算執行成效有待提升…。」
(三)改善農田排水渠道工程之預算執行多有落後，然各期績效指標達成率卻高逾100%，績效指標之設定未能反映實況
依「前瞻基礎建設計畫-水環境建設107年度執行進度及績效報告」(修訂版)所載，農田排水工程預算執行落後之原因係為配合農業灌溉、取水需要，部分工程須於斷水期及農民農作採收後方可施做，可施工期間為11月至隔年1月，且各機關辦理年度計畫及特別預算工程招標案件較多，市場能量飽和，致工序較繁瑣、施工條件較差等類型之工程，廠商投標意願較低，而易發生流標情形，影響原規劃施工期程。然反觀各期特別預算績效目標之達成率(詳附表4-9-2)，除易淹水計畫未訂有各工作項目確切之量化目標值，僅由其第2及第3階段實施計畫執行情形及績效報告窺知其目標達成率分別為100.03%與99.73%外，餘各期特別預算實際績效均高逾目標值，與預算執行率頗不相稱，顯示績效指標之設定恐難反映實況。
附表4-9-2：各期特別預算中辦理改善農田排水渠道長度之量化績效指標值、實際值與預算執行率概況彙整表
單位：公里；%
特別預算
名稱
期別
(年度)
績效指標值(A)
實際值(B)
目標達成率(C=B/A*100%)
迄至當期(年)底不含保留數之預算執行率
易淹水計畫
第1期
(95-96)
疏浚清淤
161
-
39.07
第2期
(97-99)
147.60
147.64
100.03
81.24
第3期
(100-102)
109
108.71
99.73
85.12
流綜計畫
第1期
(103-104)
26
32.50
125.00
81.07
第2期
(105-106)
26
35.82
137.77
73.48
第3期
(僅107年度)
13
23.77
182.85
93.07
前瞻計畫
第1期
(106-107)
35
35.59
101.69
75.89
※註：1.資料來源，各期特別預算各階段計畫執行情形及績效報告、執行總報告、成效檢討報告、附表4-9-1之「不含保留數之執行率」。