經彙整農委會所提供資料，近年來中央政府對各水系上、中、下游辦理水土保持與治山防洪、國有林班地治理、農田排水(含埤塘及圳路改善，以下同)、水產養殖排水等投入之整治經費，除上游山坡地水土保持與治山防洪、國有林班地治理近5年度(103至107年度)分別於公務預算執行128.75億元及27.30億元外，餘概係以易淹水計畫、流綜計畫及前瞻計畫等3項特別預算經費辦理為主，惟相關整治計畫辦理多年仍有下列問題待強化改善：
(一)迄至108年3月底止前開3項特別預算投入於水土保持與治山防洪、農田排水及水產養殖排水之治理預算已逾469億元
由於各水系流經各縣市所屬區域排水系統龐雜，難以水系別統計整治經費，爰依農委會所提供前開3項特別預算投入於各縣市區域內排水系統之整治經費經彙整如附表4-10-1，可知已核定辦理水土保持與治山防洪、國有林班地治理、農田排水及水產養殖排水之經費分別356.57億元、81.49億元、88.15億元、23.73億元，總計549.94億元，迄至108年3月底止已執行經費各為321.76億元、54.96億元、72.39億元、19.95億元、合共執行469.06億元；所核定經費中係以南投縣66.57億元最高，主要為辦理埔里盆地排水系統、中央管濁水溪及烏溪上游之水土保持、治山防洪及國有林班地之治理工程；嘉義縣之64.41億元次之，主要係辦理中央管濁水溪、曾文溪、八掌溪、朴子溪等中、上游之水土保持與治山防洪及國有林班地治理工程，且其所轄地方管區排之農田排水及下游水產養殖排水等之整治經費亦不低，均列同類前茅。
附表4-10-1：95年度至108年3月底止以特別預算辦理水土保持與治山防洪、國有林班地、農田排水及水產養殖排水整治經費概況表 單位：新臺幣百萬元
縣市別
水土保持與治山防洪
國有林班地治理
農田排水
(含埤塘、圳路改善)
水產養殖排水
合計
核定經費
決算數
核定經費
決算數
核定經費
決算數
核定經費
決算數
核定經費
決算數
新北市
502
431
263
149
-
-
-
-
765
580
臺北市
28
-
-
-
-
-
-
-
28
-
桃園市
1,009
754
118
74
-
-
-
-
1,127
828
臺中市
3,553
3,185
847
546
191
162
-
-
4,591
3,893
臺南市
2,137
1,803
383
258
1,327
1,128
477
431
4,324
3,620
高雄市
2,417
2,202
846
571
317
271
239
214
3,819
3,258
宜蘭縣
2,658
2,466
761
561
1,332
1,074
411
308
5,162
4,409
新竹縣
2,932
2,702
296
206
-
-
-
-
3,228
2,908
苗栗縣
2,526
2,272
227
163
128
126
-
-
2,881
2,561
彰化縣
591
539
128
891,933
1,567
172
128
2,824
2,323
南投縣
4,975
4,625
1,329
880
353
317
-
-
6,657
5,822
雲林縣
834
790
103
65
1,482
1,234
320
238
2,739
2,327
嘉義縣
3,535
3,097
1,456
926
1,044
890
406
360
6,441
5,273
屏東縣
2,349
2,186
438
310
458
352
258
241
3,503
3,089
臺東縣
2,708
2,536
430
311
-
-
-
-
3,138
2,847
花蓮縣
2,719
2,419
505
374
9
9
-
-
3,233
2,802
澎湖縣
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
基隆市
23
21
-
-
-
-
-
-
23
21
新竹市
88
78
-
-
-
-
-
-
88
78
嘉義市
72
69
-
-
-
-
-
-
72
69
連江縣
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
其他
-
-
19
13
242
110
90
76
351
199
合計
35,657
32,176
8,149
5,496
8,815
7,239
2,373
1,995
54,994
46,906
※註：1.資料來源，農委會提供。
2.表列核定經費係包含以易淹水計畫(第1期至第3期)、流綜計畫(第1期至第3期)及前瞻計畫(第1期、第2期「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」及「加強水庫集水區保育治理計畫」)等特別預算所核定之經費；決算數中包含流綜計畫第3期及前瞻計畫第2期迄至108年3月底之執行數。
3.表列合計欄有四捨五入之尾差。
(二)投入臺南市及嘉義縣農田排水、埤塘及圳路改善治理經費均高逾10億元，惟107年度仍有部分受保護鄉鎮市出現淹水情況
依農委會所提供辦理前開各項治水工程後，受保護鄉鎮市107年度仍有淹水情形者主要均在農田排水部分，包含臺南市、嘉義縣及高雄市，且由附表4-10-1可知，近年來已核定由特別預算投入臺南市與嘉義縣農田排水之整治經費分別達13.27億元、10.44億元，均高逾10億元，然107年度臺南市仍有將軍區、佳里區、西港區、學甲區、麻豆區、下營區、後壁區、新營區、鹽水區、新市區、柳營區等11個區，及嘉義縣新港鄉與朴子市、高雄市阿蓮區遭淹水之害(詳附錄12)，相關主管機關允宜檢討原因加以改善。
(三)水產養殖排水計畫自執行以來屢有預算執行率不佳及未達量化績效目標情況，允待強化推動
近年來各特別預算中僅流綜計畫編列有水產養殖排水治理工程，主要係為改善臺南、高雄、宜蘭、彰化、雲林、嘉義及屏東等7縣市管養殖漁業生產區及魚塭集中區之水產養殖排水系統，以加速降低該等高淹水潛勢區之水患威脅。第1期至第3期法定預算計25億3,770萬元，迄至107年度止分配預算23億4,170萬元，實支數18億5,096萬8千元、應付未付數5,025萬4千元、節餘款2億9,904萬4千元、累計執行22億26萬6千元(預算執行率93.96%)，惟該水產養殖排水計畫自103年開辦以來屢有預算執行率不佳及未達量化績效目標情況(詳附表4-10-2)，概係因工程用地相關權益人抗爭及配合養殖魚種、期程及收成時間而未能施工等因素致預算屢有執行落後情況，均待強化推動，以避免影響治理成效。
附表4-10-2：流綜計畫特別預算第1期至第3期中水產養殖排水治理工程預算執行及量化績效目標之達成概況表
單位：新臺幣千元；%
項 目
第1期
(103-104)
第2期
(105-106)
第3期
合 計
迄107年底執行情形
107年度
108年度
預算執行情況
法定預算
476,000
1,222,000
643,700
196,000
2,537,700
2,341,700
決算數
實現數
27,139
527,940
493,570
-
1,048,649
1,850,968
應付數
3,976
51,241
27,026
-
82,243
50,254
保留數
388,885
460,573
-
-
849,458
-
合計
420,000
1,039,754
520,596
-
1,980,350
2,200,266
不含保留數執行率
6.54
47.40
80.88
-
-
93.96
量化績效指標達成情況
目標值
淹水耐受力(平方公里)
9.00
36.00
20.00
20.00
85.00
65.00
保護面積(平方公里)
4.00
15.00
9.00
6.00
34.00
28.00
實際值
淹水耐受力(平方公里)
1.06
48.27
19.10
-
68.43
68.43
保護面積(平方公里)
1.04
18.10
6.98
-
26.12
26.12
達成率
淹水耐受力(平方公里)
11.78
134.08
95.5
-
105.28
105.28
保護面積(平方公里)
26.00
120.67
77.56
-
93.29
93.29
※註：1.資料來源，審計部對流綜計畫第1期、第2期特別決算之審核報告，及經濟部、內政部、農委會所提之「流域綜合治理計畫截至107年底執行情形及績效報告」(初稿，108年4月)。
2.表列第1期及第2期之預算執行情況係摘自審計部各期之特別決算審核報告；第3期107年度及迄107年底執行情況則摘自「流域綜合治理計畫截至107年底執行情形及績效報告」(初稿，108年4月)，其中迄107年底決算合計數22億26萬6千元中除含累計實現數18億5,096萬8千元、應付數5,025萬4千元外，尚包含累計節餘數2億9,904萬4千元。