再生水案推動過程中主要困難在於用水契約協商及簽訂費時，在我國自來水價相對低廉之情況下，用水端廠商基於商業成本考量下，多所遲疑。以目前營運中之鳳山溪水資源回收中心為例，供應再生水價為18.8元/噸，較自來水價高出甚多幾乎達50%，因此現況用水端除環評承諾外，均較無使用意願，致推動廠商使用再生水仍屬困難。允宜積極開發相關技術以降低再生水產製成本，並加強宣導再生水循環利用及確保用水無虞之經濟效益，以提高廠商使用再生水意願。