依據公路公共運輸多元推升計畫(106-109年)之目標說明：「本(交通)部身為公共運輸中央主管機關，除積極督導本部轄管城際公共運輸外，亦將透過政策與經費輔導協助縣市政府健全地方公共運輸發展。…為確保執行成效，本部必須掌握資源投入後帶出之供給改變、需求改變即使用者行為改變，始能掌握主客觀環境與條件的變化，與時俱進滾動式修正策略及手段。…。」經查：
(一)99至107年度公運計畫累計已補助各縣市政府212.97億元，占整體計畫經費之6成
依據公路總局統計資料顯示，99至107年度公運計畫累計編列預算數354.94億元，其中補助各地方政府212.97億元(占60%)，餘141.97億元(占40%)用於辦理公路客運業者營運虧損補貼、汰換老舊車輛等無法區分所歸屬之縣市別項目。其補助各縣市之情形詳如附表3-3，詢據公路總局說明，各縣市獲得中央補助款之高低，與該縣市提案積極度、自籌多寡、承辦人力及轄管市區客運路線數等有關。
附表3-3：99至107年度各期公運計畫補助各縣市概況表
單位：新臺幣億元
縣市別
案件數
補助金額
各縣市特色
新北市
80
17.48
新闢還狀捷運先導公車
臺北市
85
17.54
打造無障礙運輸環境
桃園市
81
16.53
新闢市區客運路線、捷運先導路線
臺中市
174
48.20
提升市區公路運輸環境、建置轉運站
臺南市
121
22.01
幹線公車全面汰換低地板、建置轉運站
高雄市
212
38.81
配合公路客運移撥整併路網、全市憑卡免費搭乘
基隆市
71
10.37
臺鐵捷運化接駁公車與提升市區客運運輸環境
新竹市
98
4.66
電動公車建置與推廣
新竹縣
67
4.68
新興市鎮與偏鄉基本民行服務
苗栗縣
31
1.33
偏鄉地區基本民行路線服務與完善候車設施
彰化縣
27
1.88
觀光接駁服務
南投縣
31
0.73
偏鄉地區基本民行路線服務
雲林縣
45
1.25
改善基礎候車設施、建置區域轉運站
嘉義市
33
0.98
持續維運嘉義BRT、行銷在地公共運輸
嘉義縣
45
2.21
改善基礎候車環境、建置區域轉運站
屏東縣
128
6.02
完善候車設施與觀光接駁
宜蘭縣
87
6.45
完善觀光接駁、提供轉運設施
花蓮縣
30
0.86
改善候車環境
臺東縣
58
1.34
完善基本民行路線服務及觀光接駁路線
澎湖縣
43
4.12
觀光接駁服務與提升市區客運運輸環境
金門縣
37
2.92
低碳觀光接駁服務與候車設施改善
連江縣
35
2.60
觀光接駁服務與提升市區客運運輸環境
合計
1,619
212.97
※註：1.資料來源，公路公共運輸計畫各縣市執行情況(107年12月)，第2頁。
(二)近期公運計畫雖已導入績效補貼機制，惟地方政府之提案仍較缺乏多年期績效導向計畫，允宜強化輔導改善
近期公運計畫已導入績效補貼之精神，由附表1-2資料顯示，99至108年由地方政府研提之競爭型計畫，10年投入經費計91.59億元，占中央政府10年投入公路公共運輸發展總經費之23.4%，其中為鼓勵縣市政府採取更靈活之方式發展公路公共運輸，由提案單位研提績效獎勵計畫(歸屬其他計畫類)之金額，近年已躍升為競爭型計畫之資源主要配置項目。惟依據公路總局107年間檢討以前年度公運計畫執行情形資料顯示，地方政府基於編列預算之考量，提案多屬單一年度計畫，成效較不易於凸顯；此外，亦有研究指出，地方政府傾向提出較易於執行而非較有效果之計畫，允宜強化輔導地方政府擬訂定中程目標，研提多年期計畫，並檢視績效獎勵計畫除達成短期目標外，是否有助於培養長期運量之效果。
(三)審計機關多次指出地方政府執行公運補助計畫之缺失，或有影響計畫執行成效之虞，允宜建立適當之追蹤管考機制
宜蘭縣審計室曾於104年1月初運用走動式管理查核發現，宜蘭縣政府配合公路總局全面推動建置公路客運公車動態系統，針對縣內51座候車亭建置附掛式LED智慧型顯示站牌(決標金額260萬元，其中公路總局補助236.36萬元)，惟因縣府對系統供電問題欠缺周詳規劃，致站牌於102年12月5日完工驗收後1年餘仍未使用，及至審計部查核發現並函請改善後，方完成接電事宜，顯示公路總局對補助計畫之追蹤回饋機制未臻完善。
嗣後年度審計機關仍多有針對地方政府接受中央公運計畫補助項目之執行未盡妥適事項提出改善建議，以106年度各地方總決算審核報告為例，即有臺中市、臺南市、基隆市、新竹市、新竹縣、雲林縣、屏東縣、澎湖縣等8個縣市審計處(室)提出相關改善建議(詳附表3-4)。另監察院亦甫於108年4月間，針對公路總局未能掌握以前年度補助嘉義市先期交通轉運中心啟用後即閒置之情形，及後續未能即時輔導協助改善等疏失提出糾正，為確保計畫執行成效，交通部及公路總局允待積極強化公運計畫補助成效之追蹤管考機制。
附表3-4：106年度各地方總決算審核報告指出運用中央公運計畫補助項目之相關待改善事項一覽表
序號
縣市別
重要審核意見
1
臺中市
為落實照顧年長、身心障礙等行動不變者行之需求，辦理無障礙計程車補助營運計畫，惟執行成效未盡理想，亟待檢討改善。
2
臺南市
積極推動無障礙計程車、低地板公車等友善交通運輸服務，惟執行成效未如預期，有待研謀改善。
補助業者開辦彈性公車提供偏遠地區旅運服務，照顧民眾基本交通需求，惟部分路線載客數偏低，有待研謀改善。
3
基隆市
載客人數與運輸收入逐年遞減，不敷支應營運成本，虧損仍未能有效改善，又路線營運情形允待建立分析機制，適時滾動檢討，以有效配置營運資源。
4
新竹市
為提升公共運輸使用率兼具節能減碳之功能，補助客運業者購置電動公車，惟廠商未能繼續提供供電服務致部分車輛停駛，且存有蓄電力衰減率高及更換蓄電池須支付高額成本之風險，允宜研謀改善。
5
新竹縣
為提升大眾運輸服務水準，已補貼市區汽車客運特殊服務性路線營運虧損，惟補貼之審核作業未盡確實，且監理強度不足，仍待機及檢討改善。
6
雲林縣
辦理公車動態系統計畫，有助減少民眾候車時間之不確定性，惟有智慧型站牌設置過於集中，APP下載使用次數偏低及多媒體電子看板允宜擴大加值服務範疇等情事，均待檢討精進。
7
屏東縣
為保障基本民行需求，新闢3條市區公車路線及屏東市外圍村里5條公車式小黃路線，惟空車比率偏高、乘車資訊未普及，徒增空污與補貼支出，亟待妥謀良策改進。
8
澎湖縣
持續辦理公車路線優化方案，提升營運作業效率，惟總載客數未見提升，營運虧損持續擴大，允宜以顧客服務為導向，研謀有效之經營策略及實施方案，以提供便捷優質服務，提升民眾搭乘意願。
積極爭取經費，全面建置公車電子票證收費系統，惟實際使用人次有待提升，允宜加強推廣並那列施政工作重點，以發揮電子票證系統建置效益，並作為公共運輸規劃評估之參據。
※註：1.資料來源，106年度各地方總決算審核報告，本研究整理。
2.本表係統計106年度地方總決算審核報告提出之相關項目，表列各項目中央之核定補助年度則介於101至107年度間。
綜上，99至107年度公運計畫累計已補助各縣市政府212.97億元，近期公運計畫雖已逐漸導入績效補助之精神，惟地方政府之提案仍較欠乏跨年度整合型計畫，允宜強化輔導機制，俾利延續公共運輸政策及發揮綜效；此外，歷年公運計畫補助項目屢經審計機關提出執行改善相關建議，又監察院甫於108年4月提案糾正公路總局未能及時掌握及輔導以前年度公運計畫補助項目之疏失，顯示未能針對補助項目建立適當之追蹤回饋機制，允宜積極研謀改善，以確保計畫執行成效。