(一)部分計畫擬編及審議作業時程冗長，影響執行進度
依據司法院訂頒之「司法院及所屬各機關新設、購置及拆除改、增、擴建法院辦公廳室評估審查要點」第2、6點，以及「司法院及所屬各機關新興房屋建築計畫審核要點」第1、6點規定，司法院及所屬各機關計畫新設法院辦公廳舍，應提出評估報告及新興房屋建築計畫，並經核定後納編整體計畫，據以編列概算；惟部分法院辦公廳室計畫之擬編及審議期程冗長，管控機制有待強化，以近年甫完工進駐之新竹地院遷建辦公大樓新興房屋建築計畫(已於106年8月1日啟用，以下同)、彰化地院遷建辦公廳室工程計畫及興建檔證大樓計畫（105年10月14日）、高雄地院籌建橋頭地院辦公廳舍計畫(105年9月1日)等為例，自開始擬編評估報告至新興房屋建築計畫經司法院核定日止(含計畫修正)，辦理總時程分別為492天、1,009天及1,451天，平均耗時逾2年，且計畫經核定後，尚有因結構型式變更(高雄地院)或漏列部分設備經費(彰化地院)等，再次辦理計畫變更之情事，延宕計畫執行進度。
(二)未妥適評估業務成長需求，導致新興房屋建築計畫核定後仍需調整相關空間規劃面積及數量，規劃設計作業未臻周妥
依據「司法院及所屬各機關辦公處所管理作業要點」第7點規定：「新建、改建或進行空間規劃時，辦公室及各類法庭面積應參酌附表標準定之。」另依「司法院及所屬各機關新興房屋建築計畫審核要點」之附件一「司法院及所屬各機關新興房屋建築計畫應包含內容格式」規定：「…。七、各類空間需求面積明細表(各空間均請逐項列明空間名稱、數量)。…。」各機關新興房屋建築計畫所附之「各類空間需求面積明細表」，係以未來業務成長需求推估員工人數，再規劃配置各類空間之面積及數量，俟司法院審查通過後始核定計畫。有鑑於上開計畫附表列載空間數量及面積係考量各種主客觀環境變動之因素及其影響，審慎訂定，倘經核定後，尚不宜任意更動，以免影響執行進度及預期目標之達成。然審計部查核時發現，各主辦機關俟計畫核定後，於實際進行規劃設計時，仍間有未依核定計畫辦理，自行調整相關空間之面積及數量，致實際施作面積(數量)與核定面積(數量)產生差距，例如臺北高等行政法院辦公廰舍新建工程計畫、新竹地院遷建辦公大樓新興房屋建築計畫、彰化地院遷建辦公廳室工程計畫及興建檔證大樓計畫、高雄地院籌建橋頭地院辦公廳舍計畫等，皆有此情事(詳附表3)。
附表3：司法院所屬辦公室及法庭空間不符計畫數量或標準面積者一覽表
主辦機關
計畫名稱
空間名稱
司法院說明
數量
面積(平方公尺)
臺北高等行政法院
辦公廳舍新建工程計畫
1.依據司法院97年9月核定計畫書列載需求：庭長室20間，法官辦公室41間，評議室3間。
1.依據104年9月2日修正前「司法院及所屬各機關辦公處所管理作業要點」附表(辦公室及法庭類型面積)規定，一、二審法院法官辦公室面積為20至25平方公尺。
空間面積之規劃設計須考量整體建築物之長度、寬度、柱距及門窗開口等諸多因素，為達到充分利用整體樓地板面積，發揮運用空間資源之目的，因此部分種類空間之法官辦公室面積無法配合。
2.實際設計施作：庭長室12間，法官辦公室35間，評議室1間。
2.實際設計施作之法官辦公室面積(共35間)，達32.45至33.66平方公尺之間。
新竹地院
司法機關擴遷建計畫
1.依據司法院98年核定計畫書列載需求：一般法庭18間，小法庭16間，評議室10間，庭長室6間，法官辦公室41間，公設辯護人辦公室3間。
1.依據104年9月2日修正前「司法院及所屬各機關辦公處所管理作業要點」附表(辦公室及法庭類型面積)規定，一、二審法院法官辦公室面積為20至25平方公尺。
2.實際設計施作：一般法庭32間，小法庭3間，評議室0間，庭長室21間，法官辦公室51間及公設辯護人辦公室2間。
2.實際設計施作之民事及刑事法官辦公室(共51間)面積，均介於30.62至32.32平方公尺之間。
彰化地院
司法機關擴遷建計畫
1.依據司法院98年核定計畫書列載需求：一般法庭38間，評議室12間，庭長室14間，法官辦公室85間。
因應實務，調整原核定計畫施作間數。
2.實際設計施作：一般法庭35間，評議室10間，庭長室15間，法官辦公室84間。
高雄地院
籌建臺灣橋頭地院辦公廳舍計畫
1.依據司法院94年核定計畫書列載需求：一般法庭57間，庭長室15間，法官辦公室107間。
1.依據104年9月2日修正前「司法院及所屬各機關辦公處所管理作業要點」附表(辦公室及法庭類型面積)規定，大法庭面積為180至250平方公尺，一般法庭面積為100至150平方公尺，一、二審法院庭長室面積為25至35平方公尺，一、二審法院法官辦公室面積為20至25平方公尺。
空間面積之規劃設計須考量整體建築物之長度、寬度、柱距及門窗開口等諸多因素，而庭長室部分另因加計共同使用之評議室(約20平方公尺)故顯面積較大，扣除後尚在合理誤差範圍，為達到充分利用整體樓地板面積，發揮運用空間資源之目的，因此部分種類空間之法官辦公室面積無法配合。
2.實際設計施作：一般法庭41間，庭長室26間，法官辦公室78間。
2.實際設計施作之刑事大法庭面積為288.27平方公尺，民事大法庭380.31平方公尺，民事法庭9、10及13之面積分別為187.75、179.08、177.72平方公尺，民事及刑事庭庭長室面積介於53.22至57.23平方公尺，刑事法官辦公室13及18之面積均為29.75平方公尺。
※註：1.資料來源，司法院提供。
(三)檔證大樓興建計畫因土地鑑界不符，需辦理整合平差作業時間冗長，影響預算執行
臺灣高等法院原預定於103至107年度辦理「新建檔卷大樓暨法官職務宿舍計畫」，嗣依立法院審查103年度中央政府總預算案時，有關建請不得用於不符興建職務宿舍條件之規劃等決議，陳報司法院核備撤銷未執行。嗣經臺灣高等法院變更計畫，並於104年4月邀集臺灣臺北、士林、新北地方法院召開「聯合檔案暨贓證物庫大樓興建計畫」推動小組會議，規劃於臺北市木柵區興建聯合檔案暨贓證物庫大樓(地下2層，地上10層，以下簡稱檔證大樓)，計畫自105年10月起辦理，總經費4億8,756萬8千元，預計於109年底完工。截至107年底止，累計已編列預算2,776萬6千元，累計執行數801萬9千元，累計執行率28.88%；107年度可支用預算數2,308萬7千元，執行結果，本期執行數334萬元(均為實現數)，預算執行率僅為14.47%，究其原因主要係臺灣高等法院會同地政機關於107年5月8日辦理建案用地鑑界作業時，臺北市古亭區地政事務所測量發現現場建築線與地籍線似有不符(基地界點座標系統誤差致基地現場建築線與地籍線不一致情形)，需辦理整合平差作業，時間較為冗長，致延宕計畫推動時程，並影響預算執行。