(一)近年司法院主管重大資本支出計畫執行情形欠佳，尚待賡續依計畫期程加速辦理
近年司法院辦理多項辦公廳舍及檔案大樓興建計畫，98年度至107年度可支用預算數介於7億4,141萬7千元至54億8,479萬5千元間，實際執行結果，實現數僅介於1億9,014萬1千元至26億6,132萬7千元、預算執行率(不含應付未付保留數及賸餘數)則介於11.33%至78.43%之間，執行情況欠佳；另由該等計畫各年度預算執行情形觀之，近年來司法機關擴遷建計畫預算整體執行率雖略見提升，由98年度之11.33%，先升後降至107年度之47.04%，惟最高僅近八成，仍屬偏低(詳附表8)，顯示各項計畫執行進度與預算編列仍未能適切配合。
(二)近年歲出應付及保留數頗鉅，保留比率亦偏高，影響國家資源之有效配置，允應加強督促檢討改進
1.部分歲出應付保留數保留時間已逾4年：司法院主管107年度及以前年度申請保留數6億6,860萬2千元，行政院核復略以：「本案歲出保留款6億6,860萬2,446元，除102年度臺北高等行政法院與法官學院『司法機關擴遷建計畫』科目項下2,353萬9,514元及2,421萬5,236元，以及106年度司法院『司法機關擴遷建計畫』科目項下2,162萬3,116元，合共6,937萬7,866元，免予保留，並請司法院視實際業務需求，於108年度預算相關經費調整支應或於以後年度循預算程序辦理外，其餘5億9,922萬4,580元，同意保留轉入108年度繼續處理。」究其原因，主要係臺北高等行政法院與法官學院辦公廳舍計畫自獲行政院同意保留轉入102年度繼續處理以來，已連續多年(102年度-107年度)全數未執行，已逾決算法第7條規定之4年保留期限等原因所致。
2.未妥適衡量預算執行能力，致各年度保留經費比率偏高：參據中央政府總預算附屬單位預算共同項目編列作業規範第壹、乙、七點規定：「(購建固定資產)各項計畫均應審慎規劃辦理期程，並配合政府政策、工程進度、實際執行能力及財務狀況，核實編列年度預算；…。一般建築及設備計畫，應力求撙節，從嚴核列；…。」各機關確實依工程實際進度及預算執行能力核實編列預算；惟由附表8所示，98年度至107年度保留金額或比率雖從98年度之14億7,562萬8千元、87.95%，大幅降低至107年度之3億2,310萬4千元、43.58%，惟其中除106及107年度外，其餘各年度保留金額均超逾7億元；各年度保留比率除105及106年度外，亦均達2成以上，顯示各年度保留金額龐鉅，保留比率亦偏高，影響計畫推展。
3.保留數多集中於少數機關：司法院主管107年度及以前年度歲出保留數為5億9,922萬4千元，較106年度累計之歲出保留數4億372萬3千元大幅增加1億9,550萬1千元及48.42%；其中107年度司法機關擴遷建計畫保留數為3億2,310萬4千元，占該年度保留數53.92%，較106年度之2億7,875萬1千元增加4,435萬3千元及15.91%，且鉅額預算保留之機關與其前一年度多屬相同，主要係桃園地院擴遷建辦公廳舍及檔證大樓新興房屋建築計畫因徵收遷建機關用地及評估工程採購案件招標方式等作業未臻周延，致延宕整體計畫推動進度，相關經費須予保留等因素所致。
(三)近年司法機關擴遷建計畫累計賸餘數已高達41億餘元，顯見其預算之編列未盡覈實嚴謹
107年度司法機關擴遷建計畫經費賸餘數為6,955萬8千元，占可支用預算數9.38%，較106年度之9,317萬6千元減少2,361萬8千元及25.35%；惟據統計，近年(98年度至107年度)前開計畫累計賸餘數高達41億2,650萬8千元，金額頗鉅，足見其預算編列未盡覈實，影響預算資源之有效運用。
(四)整體規劃及資料蒐集等作業未盡周延，致多項計畫辦理撤銷、緩(停)辦或終止
1.司法院籌建智慧財產法院辦公廳舍購地計畫：本計畫原擬購置前臺北縣林口鄉機一用地，並由智慧財產法院擬訂不動產撥用計畫書，請司法院轉請內政部審議，計畫總經費13億3,600萬元，於95至97年間已編列預算6億元，惟因行政院遲未核定林口機一用地規劃，無法辦理土地撥用，故相關購地預算均未執行，續予保留至101年度；嗣後因前項保留預算已逾決算法第7條規定之4年保留期限，司法院爰於101年度全數辦理註銷，並終止計畫，另覓其他適當地點。
2.智慧財產法院及臺灣高等法院之新北司法園區興建辦公廳舍計畫2項：有鑑於新北司法園區土地有償撥用價格與依開發成本核算計價數額差異甚大，行政院與新北市政府就土地撥用價款無法取得共識，行政院爰於106年度司法概算加註意見，建議不再辦理有償撥用，嗣司法院106年度預算案為該案編列之27.55億元亦經立法院審議後刪除，並依行政院函示105年度原編列購地預算30.1億元免予保留，全數繳庫，致新北司法園區遷建計畫幾近停滯。
3.屏東地院民事庭辦公大樓增建第3、4層樓計畫及新建檔案大樓計畫2項：
(1)民事庭辦公大樓增建第3、4層樓計畫：該增建計畫於98年12月18日核定，嗣因耐震法規修正，增建計畫部分建物耐震係數不足，爰基於增建結構安全及結構安全補強之經濟效益等因素終止增建計畫。
(2)新建檔案大樓計畫：前揭増建計畫終止致辦公空間不足，並基於院區整體配置規劃考量，爰終止原規劃辦理之新建檔案大樓計畫。
4.福建高等法院金門分院辦理金防部乳南二營區土地撥用所需拆遷補償經費：因金門縣政府申請將原撥作「司法園區」使用之部分土地，改撥供該府使用，致撥用面積大幅縮減，爰將所編列之部分土地拆遷補償費繳庫。
附表8：近10年(98年度至107年度)司法機關擴遷建計畫經費賸餘及應付保留數概況表 單位：新臺幣千元；%
年度
可支用預
算數(A)
執行數(B)(實現數)
執行率=(B)/(A)
賸餘數
保留數
金額
占預算數
金額
占預算數
98
1,677,857
190,141
11.33%
12,088
0.72%
1,475,628
87.95%
99
1,487,699
277,011
18.62%
883
0.06%
1,209,805
81.32%
100
1,800,376
557,294
30.95%
-
-
1,243,082
69.05%
101
2,832,193
1,159,482
40.94%
622,171
21.97%
1,050,540
37.09%
102
3,106,428
2,248,445
72.38%
67,148
2.16%
790,835
25.46%
103
3,594,675
2,661,327
74.04%
205,987
5.73%
727,361
20.23%
104
2,161,951
1,133,291
52.42%
9,208
0.43%
1,019,452
47.15%
105
5,484,795
1,563,863
28.51%
3,046,289
55.54%
874,643
15.95%
106
1,724,315
1,352,388
78.43%
93,176
5.40%
278,751
16.17%
107
741,417
348,755
47.04%
69,558
9.38%
323,104
43.58%
※註：1.資料來源，司法院提供。本表「執行率」為實支(實現數)執行率，不含應付未付保留數及賸餘數。