中央政府總預算每年度均編列數百億元之軌道建設預算，而106年度起推動前瞻計畫並編列2期特別預算，第1期實施期程為106年度至107年度，第2期實施期程為108年度至109年度，辦理項目包括全國鐵道(或稱軌道)網全面性規劃及建置，故自106年度起中央政府軌道建設預算係分列於中央政府總預算及前瞻特別預算中。
另交通部鐵道局組織法經立法院106年12月26日三讀通過，107年6月11日施行，將原交通部任務編組之交通部鐵路改建工程局及交通部高速鐵路工程局整併為交通部鐵道局(以下簡稱鐵道局)，並自108年度起編列該局單位預算，原列於交通部單位預算(係指交通部本部之單位預算，以下同)之部分軌道建設後續經費移由該局編列；此外，部分軌道建設計畫由臺灣鐵路管理局(以下簡稱臺鐵局)營業基金及高速鐵路相關建設基金(係交通作業基金之分基金，以下簡稱高鐵基金)支應部分資金，因此，目前中央政府軌道建設預算主要係於交通部單位預算及鐵道局單位預算(或稱公務預算)、臺鐵局營業基金預算及高鐵基金預算(或稱特種基金預算)，及前瞻特別預算中編列。
103年度至108年度交通部主管之公務、特種基金預算(案)及前瞻第1期、第2期特別預算之軌道建設計畫合共編列2,739億餘元，其中，公務預算43項計畫2,100億餘元、前瞻特別預算42項計畫576億餘元、臺鐵局4項計畫23億餘元及高鐵基金1項計畫37億餘元，以上扣除各年度重複計算之計畫(如延續性計畫或分列於不同預算之同計畫，以下同)後共72項計畫(詳附表2.1)。
倘以軌道建設計畫之種類區分，103年度至109年度鐵路共編列40項計畫1,602億餘元、捷運29項計畫1,097億餘元、高鐵3項計畫39億餘元；而該期間各類軌道建設計畫項數及預算占總數之比率，以鐵路居高，計畫項數占比55.56%及預算占比58.50%；其次為捷運，計畫項數占比40.28%及預算占比40.05%；以上2類計畫項數及預算之占比合計皆逾9.5成，顯示近年度中央政府軌道建設資源主要配置於鐵路及捷運；而高鐵建設自台灣高鐵96年間營運通車後，103年度至108年度預算係持續辦理南港站及後續新增3站相關之路權用地取得、工程監督及管理、高鐵延伸屏東規劃作業等經費，計畫項數占比及預算占比各為4.17%及1.45%(詳附表2.2)。
附表2.1：近年度交通部主管軌道建設預算編列概況
單位：項；新台幣百萬元
年度
公務預算
前瞻特別預算
營業基金-臺鐵局營運資金支應部分
非營業基金-高鐵基金自有資金支應部分
合計
計畫數
金額
計畫數
金額
計畫數
金額
計畫數
金額
計畫數
金額
103
27
53,301
-
-
-
-
1
788
28
54,088
104
30
40,954
-
-
2
1,631
1
753
31
43,339
105
29
40,770
-
-
1
156
1
589
31
41,515
106
35
38,522
8
162
1
51
1
701
44
39,435
107
16
16,298
35
16,338
1
81
1
721
52
33,438
108
12
20,235
30
16,342
1
470
1
228
43
37,275
109
-
-
33
24,845
-
-
-
-
33
24,845
總計
43
210,079
42
57,686
4
2,390
1
3,780
72
273,935
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
2.公務預算係交通部及鐵道局各年度單位預算編列數；除108年度營業基金及非營業基金為預算案數外，其餘均為法定預算數。
3.總計列與合計欄之計畫數係扣除重複計算之計畫，故與細項加總不符；因尾數以下4捨5入，故細項金額之和與總計/合計數可能存有尾差。
附表2.2：近年度交通部主管各類軌道建設預算編列概況
單位：項；新台幣百萬元
年度
鐵路建設
都市大眾捷運系統建設
高鐵建設
合計
計畫數
金額
計畫數
金額
計畫數
金額
計畫數
金額
103
14
35,129
12
18,138
2
822
28
54,088
104
16
23,184
13
19,362
2
792
31
43,339
105
15
20,664
14
20,230
2
621
31
41,515
106
24
15,977
17
22,735
3
723
44
39,435
107
30
21,000
19
11,674
3
764
52
33,438
108
19
26,574
21
10,462
3
239
43
37,275
109
16
17,734
16
7,100
1
10
33
24,845
總計
40
160,263
29
109,701
3
3,971
72
273,935
比率
55.56%
58.50%
40.28%
40.05%
4.17%
1.45%
100.00%
100.00%
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
2.總計列與合計欄之計畫數係扣除重複計算之計畫，故與細項加總不符；因尾數以下4捨5入，故細項金額之和與總計/合計數可能存有尾差。