軌道建設興建成本龐大，為使政府資源有效運用，各計畫主辦單位於先期規劃(可行性研究)階段需辦理經濟效益評估；於綜合規劃階段需研擬完整之財務計畫。其中經濟效益係衡量計畫對整體社會創造之效益；財務計畫係以營運觀點衡量計畫之財務效益，包括投資效益分析、自償率分析及融資可行性分析等。而各項財務效益分析中以衡量興建成本由營運收入回收情形之自償率較常被引用，亦為計畫審議時評估各級政府資源投入之重要基準及中央政府補助之門檻。為免財務效益過於樂觀而失準造成未來營運困難之現象，交通部於「前瞻基礎建設-軌道建設」網站表示，後續地方政府提報捷運或軌道建設，應審慎評估後提出完整計畫並逐年落實相關配套作為。經查：
(一)中央政府依各級政府財力級次及各計畫自償率，訂定非自償經費之補助比率
依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法第8條規定，中央政府對地方政府計畫型經費之補助係按其財力級次區分，各級政府財力分為5級，其中臺北市政府列為第1級，其餘地方政府依近3年度決算自有財源比率平均值區分其財力級次，直轄市列為第2級至第3級，縣（市）政府列為第3級至第5級；爰交通部訂頒之捷運建設計畫審查要點、鐵路建設計畫審查要點，依各級政府財力級次及各計畫自償率訂定非自償經費之中央政府補助比率(以下簡稱中央補助比率) ，財力較弱(第1級財力最佳，第2級次之，依此類推)之地方政府，自償率補助門檻較低，中央補助比率較高，財力級次相同時，補助比率隨計畫自償率提高而增加，分述如下：
1.捷運建設計畫非自償經費中央補助比率：財力第1級者，計畫補助門檻為自償率35%，中央補助32%，補助隨自償率提高而增加，最高者為自償率45%以上者補助50%；財力第5級者，計畫補助門檻為自償率10%，中央補助57.6%，最高者為自償率15%以上者補助90%(詳附表3.5.1)。倘地方主管機關所提之自償率未達最低值，應以其他替代方式辦理或就財務可行性再評估後另案提報。
2.鐵路建設計畫非自償經費中央補助比率：財力第2級者，計畫補助門檻為自償率14%，中央補助60%，補助隨自償率提高而增加，最高者為自償率20%以上者補助78%；財力第5級者，計畫補助門檻為自償率8%，中央補助84%，最高者為自償率10%以上者補助90%(詳附表3.5.2)。惟交通部所屬鐵路機關（構）為辦理因應重大交通緊急需要或外部效益無法內部化等之鐵路新建或改善計畫，並經行政院核定者；或已奉行政院核定計畫，因配合法規異動或經費基準調整而未涉及其他實體計畫修正者，不適用該要點規定。
附表3.5.1：各級政府自償率與非自償經費中央補助比率表-捷運建設
政府財力級次（第1級）
政府財力級次（第2級）
政府財力級次（第3級）
政府財力級次（第4級）
政府財力級次（第5級）
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
≧45%
50.00%
≧35%
78.00%
≧25%
84.00%
≧20%
86.00%
≧15%
90.00%
44%
48.20%
34%
75.20%
24%
81.00%
19%
82.90%
14%
83.50%
43%
46.40%
33%
72.40%
23%
78.00%
18%
79.80%
13%
77.00%
42%
44.60%
32%
69.60%
22%
74.90%
17%
76.70%
12%
70.60%
41%
42.80%
31%
66.80%
21%
71.90%
16%
73.60%
11%
64.10%
40%
41.00%
30%
64.00%
20%
68.90%
15%
70.50%
10%
57.60%
39%
39.20%
29%
61.20%
19%
65.90%
14%
67.40%
-
-
38%
37.40%
28%
58.40%
18%
62.80%
13%
64.30%
37%
35.60%27%
55.60%
17%
59.80%
12%
61.20%
36%
33.80%
26%
52.80%
16%
56.80%
11%
58.10%
35%
32.00%
25%
50.00%
15%
53.80%
10%
55.00%
※註：1.資料來源，行政院公報，第024卷第029期，大眾捷運系統建設及周邊土地開發計畫申請與審查作業要點第7點。
2.政府財力級次係依「中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法」第8條規定辦理。
附表3.5.2：鐵路立體化計畫自償率與中央對各級政府非自償經費補助比率
第2級
第3級
第4級
第5級
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
自償率
非自償中央補助比率
≧20%
78%
≧14%
84%
≧12%
86%
≧10%
90%
19%
75%
13%
81%
11%
83%
9%
87%
18%
72%
12%
78%
10%
80%
8%
84%
17%
69%
11%
75%
9%
77%
-
-
16%
66%
10%
72%
-
-
-
-
15%
63%
-
-
-
-
14%
60%
-
-
-
-
-
-
※註：1.資料來源，行政院公報，第024卷第033期，鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點第8點。
2.參據行政院公報，交通部107年2月21日交路字第10700026871號令將「 鐵路立體化建設及周邊土地開發計畫申請與審查作業要點」名稱修正為「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」，並自即日生效，其附表名稱仍為鐵路立體化計畫。
3.政府財力級次依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法第8條規定辦理。
(二)軌道建設計畫自償率不高，財務效益評估結果多無法回收，近6成經費由中央負擔
103年度至108年3月底交通部主管辦理之重大軌道建設計畫共75項，總經費高達2兆5,563億餘元，包括已核定48項2兆1,061億餘元、未核定6項4,489億餘元及規劃中21項12億餘元(係已編列之規劃預算，整體計畫經費規模視規劃結果可能向上調增)；而上開軌道建設計畫之經費中央政府負擔1兆4,872億餘元，占58.18%，地方政府負擔7,124億餘元，占27.87%，民間投入3,566億餘元，占13.95%(詳附表3.5.3)。
上開75項軌道建設計畫，扣除規劃中21項、未核定6項及停辦2項後，以其餘已核定之46項計畫自償率觀之，大於0者共31項，惟僅「高速鐵路車站特定區區段徵收土地開發計畫」自償率達100%，其餘30項中，自償率達30%以上者12項；自償率逾20%未達30%者3項；自償率逾10%未達20%者7項，自償率1%以上未達10%者8項。另自償率為0或負值或因計畫性質未評估自償率者共15項(詳附表3.5.4)。
可知，軌道建設興建成本龐大，自償率不高，財務效益評估結果多無法回收，近6成經費由中央政府負擔。
附表3.5.3：103年度至108年3月底交通部主管辦理之重大軌道建設計畫經費概況表 單位：新台幣百萬元
項目
項數
計畫
總金額
中央政府負擔
地方政府負擔
民間投入
公務
預算
附屬單位預算
前瞻特別預算
小計
已核定
完工或辦理中
46
2,064,838
1,082,215
91,078
55,238
1,228,531
479,622
356,684
結案或停辦
2
41,263
30,393
-
-
30,393
10,870
-
小計
48
2,106,101
1,112,608
91,078
55,238
1,258,924
490,492
356,684
未核定
6
448,963
225,728
-
1,428
227,156
221,807
-
規劃中
21
1,295
105
-
1,020
1,125
169
-
合計
75
2,556,358
1,338,441
91,078
57,686
1,487,205
712,468
356,684
金額占比
100.00%
52.36%
3.56%
2.26%
58.18%
27.87%
13.95%
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理。
2.規劃中之計畫總經費係已編列之規劃預算。
3.未核定計畫起始年度為107年度至109年度(前瞻特別預算)。
4.民間投入係採BOT辦理之建設南北高速鐵路計畫及高雄都會區大眾捷運系統紅橘線路網建設計畫之民間資金。
5.由於軌道建設計畫執行期程長，且有跨預算別及涉地方級政府之情形，加上部分計畫未完工，為免數據混淆，本表計畫總金額、中央政府負擔、地方政府負擔及民間投入為截至108年3月止之最新1次核定計畫金額，與決算數可能存有差異。
6.因尾數以下4捨5入，故細項之和與小計/合計數可能存有尾差。
附表3.5.4：103年度至108年3月底交通部主管完工或辦理中之重大軌道建設核定計畫自償率及經費負擔概況表-按自償率降冪排序
單位：新台幣百萬元
序號
計畫名稱
計畫
總金額
自償率
中央政府負擔
地方政府負擔
民間投入
%
評估年數
1
高速鐵路車站特定區區段徵收土地開發計畫
66,219
111.59
22
66,219
0
0
2
淡海輕軌運輸系統
15,306
65.77
30
8,761
6,545
0
3
安坑線輕軌運輸系統暨周邊土地開發計畫
16,632
55.18
30
3,968
12,664
0
4
建設南北高速鐵路計畫(BOT)
431,582
42.50
30
105,702
0
325,880
5
桃園都會區大眾捷運系統航空城捷運線暨土地整合發展計畫
98,264
41.77
30
39,744
58,520
0
6
臺北捷運系統環狀線建設計畫(第一階段)
69,973
40.14
35
21,459
48,514
0
7
高雄都會區輕軌運輸系統高雄環狀輕軌捷運建設計畫
16,537
39.64
30
6,363
10,174
0
8
臺北都會區大眾捷運系統建設計畫－萬大－中和－樹林線
74,178
39.47
30
20,307
53,871
0
9
臺北都會區大眾捷運系統三鶯線暨周邊土地開發計畫
50,200
39.38
30
18,540
31,660
0
10
臺北都會區大眾捷運系統建設計畫－信義線向東延伸段
9,370
37.59
30
1,514
7,856
0
11
高雄鐵路地下化延伸鳳山計畫
17,625
36.50
30
12,401
5,225
0
12
臺北都會區大眾捷運系統後續路網松山線建設計畫
49,930
35.02
30
14,124
35,806
0
13
臺北都會區大眾捷運系統後續路網信義線建設計畫
33,862
33.71
30
10,499
23,363
0
14
桃園機場聯外捷運延伸至中壢火車站規劃報告及周邊土地發展計畫13,800
27.49
30
7,026
6,775
0
15
高雄都會區大眾捷運系統岡山路竹延伸線（第一階段）暨周邊土地開發計畫
3,020
27.39
30
1,511
1,509
0
16
臺北都會區大眾捷運系統萬大－中和－樹林線規劃報告書暨周邊土地發展計畫（第二期工程）
55,530
26.58
30
17,486
38,044
0
17
高雄都會區大眾捷運系統紅橘線路網建設計畫(BOT)
183,963
16.74
30
120,175
32,984
30,804
18
臺北都會區大眾捷運系統後續路網新莊蘆洲線建設計畫
167,690
15.41
30
123,302
44,388
0
19
高雄機廠遷建潮州及原有廠址開發計畫
13,482
15.35
30
13,482
0
0
20
臺鐵臺南沙崙支線計畫
5,843
13.43
20
5,843
0
0
21
臺鐵南迴鐵路臺東潮州段電氣化工程建設計畫
27,613
12.64
30
27,613
0
0
22
高雄市區鐵路地下化計畫
71,582
12.35
30
50,299
21,283
0
23
臺中都會區大眾捷運系統烏日文心北屯線建設計畫
59,337
12.06
30
32,834
26,503
0
24
臺鐵新竹內灣支線改善計畫
8,259
9.74
20
8,259
0
0
25
嘉義市區鐵路高架化計畫
23,898
7.13
30
20,065
3,833
0
26
臺灣桃園國際機場聯外捷運系統計畫
113,850
6.64
30
113,850
0
0
27
機場捷運增設機場第三航廈站(A14站)計畫
5,294
6.64
30
5,294
0
0
28
軌道技術研究暨驗證中心計畫
4,176
3.48
30
4,176
0
0
29
臺鐵整體購置及汰換車輛計畫(104-113年)
99,730
3.09
30
99,730
0
0
30
臺鐵高雄-屏東潮州捷運化建設計畫
24,565
2.44
30
24,565
0
0
31
臺北都會區大眾捷運系統建設計畫後續路網土城線延伸頂埔
7,627
1.11
30
6,047
1,580
0
32
臺北機廠遷建建設計畫
15,511
自償率小於0或因計畫性質未評估自償率
35
15,511
0
0
33
臺鐵電務智慧化提升計畫
30,610
40
30,610
0
0
34
臺中都會區鐵路高架捷運化計畫
31,045
30
30,203
842
0
35
員林市區鐵路高架化計畫
5,886
30
5,108
778
0
36
高雄鐵路地下化延伸左營計畫
10,662
30
7,569
3,093
0
37
臺南市區鐵路地下化計畫
29,360
30
25,690
3,670
0
38
花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化
25,429
30
25,429
0
0
39
花東線鐵路整體服務效能提昇計畫
6,081
30
6,081
0
0
40
臺鐵整體購置及汰換車輛計畫(2001-2015年)
35,977
30
35,977
0
0
41
鐵路行車安全改善六年計畫(104至111年)
27,522
40
27,522
0
0
42
臺鐵成功追分段鐵路雙軌化新建工程計畫
1,541
30
1,541
0
0
43
高鐵左營站轉乘台鐵至屏東地區服務優化計畫
246
10
246
0
0
44
票務系統整合再造計畫
1,074
-
1,074
0
0
45
基隆火車站都市更新站區遷移計畫
2,727
30
2,585
142
0
46
高速鐵路後續工程建設計畫
2,230
-
2,230
0
0
合計
2,064,838
1,228,531
479,622
356,684
※註：1.資料來源，交通部；本報告整理，製表基礎同附表3.5.3。
2.軌道建設計畫執行期程長，且有跨預算別及涉地方級政府之情形，加上部分計畫未完工，為免數據混淆，本表計畫總金額、中央政府負擔、地方政府負擔及民間投入各欄以截至108年3月止之最新1次核定計畫數呈現，與決算數可能存有差異。
3.自償率未不一定隨計畫修正調整(如「高雄都會區輕軌運輸系統高雄環狀輕軌捷運建設計畫」修正4次，僅第1次及第2次修正計畫調整自償率)，本表係以歷次修正計畫中有自償率之最新數據供參。
4.第26項「臺灣桃園國際機場聯外捷運系統計畫」規劃報告書已包含第27項「機場捷運增設機場第三航廈站(A14站)計畫」，故2項計畫之自償率相同。
5.第28項「軌道技術研究暨驗證中心計畫」自償率係含研發挹注(每年接受政府、營運機構及業者提撥捐贈或挹注經費)計算之數據，倘不含研發挹注則自償率為負值(-85.28%)。
6.因尾數以下4捨5入，故細項之和與合計數可能存有尾差。
(三)軌道建設計畫之自償率主要用於規劃階段，後續計畫修正時多未評估自償率
由上可知自償率主要係規劃階段供作相關計畫之中央與地方政府經費負擔參考，計畫核定且財源負擔比重確定後，其後續之修正計畫多未重新評估自償率；而計畫修正結果主要為展延期程或變更經費規模，其中展延期程最常見，通車時間亦隨之延後，雖自償率評估之營運年數不變，但通車時間與原規劃未盡相同，例如：臺灣桃園國際機場聯外捷運系統計畫之規劃報告書及計畫分別於93年度及95年度核定，自償率為6.64%，原期程至102年度，經3次修正計畫分別展期至104年度、106年度及107年度，歷次修正計畫均未調整自償率；然該計畫因期程展延，並無法依原規劃於102年通車，原規劃自償率與修正計畫應存有極大之差異，卻未配合調整。另自償率係衡量興建成本由營運收入回收之情形，則計畫總經費變更，自償率亦隨之變動。
綜上，軌道建設之興建首重公共利益，財務效益並非單一之決定因素，爰現行做法係將自償率作為規劃階段時財源分擔之參考，較不重視實際達成情形，是以，計畫自償情形是否隨修正計畫而改變並非修正計畫時關注之重點。經調查近年度辦理之軌道建設計畫自償率顯示，自償率不高，近6成經費由中央政府負擔，而規劃階段時提出之自償率於後續計畫修正時多未再調整。惟為免財務效益過於樂觀造成未來營運困難，交通部於「前瞻基礎建設-軌道建設」網站表示，地方政府後續提出之軌道建設，應明確提出如何培養或提升運量，及規劃接駁轉乘等配套措施，並逐年落實，以達損益平衡；鑒於軌道建設資金龐大，辦理之期程長，期間因土地取得、設計、物價或廠商等因素修正計畫予以展期及變更經費規模之情形甚為普遍，自償率既作為財政負擔之參考，允宜隨同修正計畫適時調整，提高相關數據之準確度，俾供評估計畫實際執行成效之參考。