我國邊境防疫檢疫業務係由農業委員會動植物防疫檢疫局、衛生福利部疾病管制署辦理(執法機關詳附錄二)，相關預算執行情形、我國與各國出邊境防疫檢疫機關員額分述如下：
(一)邊境防疫檢疫相關機關預算執行情形
1.農業委員會動植物防疫檢疫局預算執行情形
農業委員會動植物防疫檢疫局有關邊境防疫檢疫業務103年度至107年度預算編列介於4,128萬5千元至4,672萬5千元，決算數介於4,128萬2千元至4,672萬5千元，執行率介於99.99%至100%之間，各年度預算執行情形差異不大，惟108年預算編列2億9,377萬8千元，較107年度預算數增加2億4,829萬6千元，增加5.46倍(詳附表2-2-1)，預算數暴增，主要原因係為因應國際疫情（非洲豬瘟）強化邊境管制措施計畫增加所需經費。
附表2-2-1：農業委員會動植物防疫檢疫局有關邊境防疫檢疫業務103年度至108年度預決算表 單位：新台幣千元
年度
預算數
決算數
執行率
103
41,285
41,282
99.99%
104
44,285
44,284
100.00%
105
46,725
46,725
100.00%
106
46,725
46,725
100.00%
107
45,482
45,482
100.00%
108
293,778
14,588
4.97%
※註：1.108年度決算數係截至3月底止之執行數。
2.資料來源，農委會動植物防疫檢疫局提供，本研究彙整。
3.108年度預算數暴增，主要原因係為因應國際疫情（非洲豬瘟）強化邊境管制措施計畫增加所需經費。
2.衛生福利部疾病管制署預算執行情形
衛生福利部疾病管制署有關邊境防疫檢疫業務103年度至107年度預算編列介於1,120萬元至5,127萬元，決算數介於1,137萬1千元至4,863萬4千元，執行率介於93.39%至102.85%之間(詳附表2-2-2)，103年度、105年度及106年度預算執行均出現超支情形，惟108年預算編列4,722萬1千元，較107年度預算數減少404萬9千元，減幅為7.9%。
附表2-2-2：衛生福利部疾病管制署有關邊境管理業務103年度至108年度預決算表 單位：新台幣千元
年度
預算數
決算數
執行率
103
23,464
23,695
100.98%
104
12,625
11,791
93.39%
105
11,200
11,371
101.53%
106
15,271
15,706
102.85%
107
51,270
48,634
94.86%
108
47,221
1,830
3.88%
※註：1.108年度決算數係截至3月底止之執行數。
2.資料來源，衛生福利部疾病管制署提供，本研究彙整。
(二)各國邊境防疫檢疫機關員額及入境旅客等業務之比較
我國邊境防疫檢疫業務由行政院農業委員會動植物防疫檢疫局及衛生福利部疾病管制署主管，108年度現有員額611人，每位每年平均約負擔4萬5,210人次，相較於其他國家，澳洲每位每年平均約負擔2,290人次，日本2萬1,061人次，美國3萬1,737人次及英國6萬4,909人次(詳附表2-2-3)，人力負擔顯得沉重。各國邊境防疫檢疫業務之編制員額詳附表2-2-4。
附表2-2-3：107年度各國邊境防疫檢疫業務員額每年平均負擔人次比較表 單位：人次；人
國籍
入境人次
員額數
平均人次
美國
180,741,894
5,695
31,737
英國
142,800,000
2,200
64,909
澳洲
21,160,000
4,000
5,290
日本
31,191,856
1,481
21,061
台灣
27,623,223
611
45,210
※註：1.資料來源，動植物防疫檢疫局及疾病管制署提供，本研究彙整。
附表2-2-4：各國邊境防疫檢疫機關員額表 單位：人
國家
機關名稱 (中英文)
員額數
美國
美國農業部動植物防疫檢疫署
United States Department of Agriculture, Animal Plant Health Inspection and Quarantine
美國疾病控制與預防中心(The Centers for Disease Control and Prevention, CDC)
5,695
英國
英國環境及食品暨鄉村事務部註
Department for Environment Food& Rural Affairs Animal Plant Health Agency
英國公共健康局Public Health England
2,200
德國
德國聯邦食品及農業部註
Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft，BMEL
衛生部(Federal Ministry of Health)
920
澳洲
澳洲農業與水利部
The Australian Government Department of Aguriculture and Water Resources
農漁及林業部(Department of Agriculture, Fisheries and Forestry, DAFF)
4,000
日本
農林水產省消費安全局
動物檢疫所及植物檢疫所
厚生勞動省(Ministry of Health, Labour, and Welfare,MHLW)
1,481
台灣
行政院農業委員會動植物防疫檢疫局
疾病管制署(Centers for Disease Control, CDC)
611
※註：1.資料來源，動植物防疫檢疫局及疾病管制署提供，本研究彙整。