目前我國對於邊境管理之相關法令與政策，各機關就其組織法所列執掌予以執行，惟較缺乏通盤且跨機關之政策暨執行計畫，且相關措施實行多年仍存有下列問題：
(一)各機關召開邊境管理相關會議，較著重於機關間之協調、對既有措施之回顧與執行檢討等項目
揆各機關近年召開邊境管理相關會議(詳附表3-1-1)，除少數機關無召開類此會議外，其餘機關均邀集相關機關與會，開會頻率1年約1至2次或不定期，主辦會議之機關針對其較關注議題，透過討論、案例分享等方式，共同集思廣益廣蒐意見並謀求共識，然觀其會議內容，多側重於機關間之協調、對既有措施之回顧與執行檢討、案例分享等，功能偏向為常態性之會議。
附表3-1-1：近年中央各機關舉辦邊境查緝相關會議概況表
主辦單位
會議名稱
目的
開會頻率
實際績效
海洋委員會
行政院查緝走私偷渡聯繫會報
結合檢、警、調、海關及漁政、衛生等單位查緝農漁畜產品、動物活體、菸、酒等走私入境案件，積極維護農、漁民權益及國人身體健康。
1年2次；必要時得臨時召開
透過機關協調、議題討論、案例分享，結合部會能量，阻斷走私源頭、廣拓情資蒐集。
農委會動植物防疫檢疫
海洋委員會海巡署及農委會動植物防疫檢疫局共同辦理防檢疫聯合輔訪工作
針對鄰近國家發生重大動物傳染病等情事，農委會動植物防疫檢疫局與海洋委員會海巡署共同對查緝走私勤務及邊境管制查驗工作分享業務與資源。
1年1次
藉由聯合輔訪工作瞭解雙方業務及提升走私動物及其產品處理效能
衛福部食藥署
尿液中新興濫用物質檢驗方法溝通平台會議
加速拉曼光譜資料庫建置
不定期
已建立「拉曼光譜資料庫之即時建置與共享作業流程」，各單位可共同合作擴增拉曼光譜儀資料庫，以利未來提供反毒單位運用。
財政部(國庫署)
中央菸酒稽查及取締督導小組委員會會議
統合協調督導處理重大違法私劣菸酒案件相關事項
1年2次
定期檢討私劣菸酒查緝計畫執行情形，精進查緝作為，以打擊不法，提升查緝效能。
財政部(國庫署)
私劣菸酒查緝會報
大宗查獲案件經驗分享及意見交流
1年1次
定期邀請司法機關及中央與地方相關查緝機關，針對所查獲大宗案件提出報告，透過經驗分享及意見交流，以精進查緝作為，落實提升查緝效益。
財政部
(關務署)
財政部年度關務會報(參與者為地檢署、警政署、海巡署等邊境執法機關)
透過此會報平臺，交換業務心得，強化與各機關橫向聯繫與合作。
1年1次
透過溝通、協調，確認合作方向，於未來積極付諸實行，以有效提升政府整體服務效能。
財政部國庫署
提升私劣菸酒查緝效能會議
精進查緝措施
不定期
檢討精進私劣菸酒查緝措施，以維護菸酒市場秩序，確保國家稅收及民眾消費安全。
財政部關務署高雄關
強化邊境查緝毒品管制物品聯合座談會
加強邊境查緝
不定期
有助後續規劃緝毒策略及執行重點
財政部關務署臺北關
強化邊境查緝毒品北區聯合座談會(該署與基隆關協辦)
加強邊境查緝
不定期
有助後續規劃緝毒策略及執行重點
財政部關務署臺中關
臺中地區強化邊境查緝毒品聯合座談會
加強邊境查緝
不定期
有助後續規劃緝毒策略及執行重點
※註：1.資料來源，海洋委員會海巡署、內政部警政署、農業委員會防疫檢疫局、衛生福利部食藥署、財政部關務署、國庫署提供，本研究彙整。
(二)各機關按其職司執行邊境管理相關計畫與作為，然呈現散見狀態，尚待研擬通盤且跨機關之政策暨執行計畫
從中央政府相關邊境管理機關提供之計畫以觀(詳附表3-1-2)，除少數為跨機關合作外，其餘均由單一機關就其職司各自擬定暨執行，導致因應部分重大個案時，如面臨日本100年3月11日福島核電廠事故，初期先以加強福島、群馬、櫪木、茨城及千葉等5縣進口水果及食品之輻射檢驗，後自同年3月25日起暫停該5縣之所有食品輸入報驗，5縣以外行政區所生產之9大類產品，採逐批查驗，嗣依據本院102年度決議要求輸臺產品檢附輻射檢測報告及產地證明，自104年5月15日起，日本輸入之食品於進口時需檢附由日本官方、官方授權之機關(構)出具，或食藥署認可之可證明原產地文件，始得輸入；又面對非洲豬瘟疫情，初期由行政院農業委員會(動植物防疫檢疫局)因應，後行政院籌組非洲豬瘟中央災害應變中心，由行政院院長擔任召集人、農委會主委擔任應變中心指揮官，並邀集海巡署及關務署等相關機關，召開跨部會聯繫工作會報以為因應。
由上可知，目前面臨部分重大個案時，初期均由單一機關因應，若涉及其他機關權責或需協助事項(如輻射檢驗等事項)，再予以提高應處層級或委託外單位協助，惟以上開福島核災食品進口事件觀之，對相關食品之輸入係採先鬆後緊之處理模式，然基於維護國人食品健康並安撫民心等因素，類此事件發生之際，先全面禁止相關食品進口，後續視災變發展情形來滾動調整似較穩妥。是以，不同災變事件需有不同之處理措施，宜以過去發生重大災害之事件作為借鏡，擬具一致性之規範或處置計畫，除可使第一線人員處置作為有所依據外，亦可強化整體緊急應變機制之完整性。
附表3-1-2：近年中央各機關邊境管理相關計畫概況表
主辦單位
計畫名稱
目的
實際績效
內政部警政署
警察機關毒品情資整合計畫
為貫徹政府反毒政策，提升警察機關查緝毒品犯罪能量，建立全國毒品資料庫，蒐集重大毒品案件資料，擴充資料量，並分析重大毒品犯罪數據，利用資料探勘分析，剖繪製造、運輸、販毒之毒品販罪集團網絡圖像，整合運用全國警察機關毒品情資。
各年度統計資料如下：
1.105年度：500件
2.106年度：488件
（105及106年為舊版計畫，統計件數包含已破及未破案件）
3.107年度：275件
（僅統計已破案件）
農業委員會防疫檢疫局及所屬
因應國際疫情（非洲豬瘟）強化邊境管制措施計畫
強化邊境管制措施，加強防堵非洲豬瘟於境外，以維養畜產業生產安全。
自107年12月14日至108年4月28日共計裁罰768件，其中裁罰20 萬元案件達235件。
同上
108年協助提昇動植物防疫檢疫效率暨防堵網路違法販售動植物產品及用藥
查核網路交易平台違規販賣動物用藥、農藥、動植物及其產品；對國內外賣家宣導正確之動植物防檢疫相關法規及資訊。
108年度尚在執行中
同上
銷毀緝獲之走私畜禽及動物產品計畫
防杜國際重大惡性動物傳染病藉由走私管道傳入我國，針對緝獲之走私畜禽及動物產品、不明來源肉品等高風險產品，協調相關單位銷毀處理。
各年度統計資料如下：
1.103年度：處理緝獲之走私畜禽115隻、走私畜禽產品4,394.80公斤。
2.104年度：處理緝獲之走私畜禽139隻/受精蛋50枚、走私畜禽產品482.56公斤。
3.105年：處理緝獲之走私畜禽22隻/受精蛋27枚、走私畜禽產品10,498.00公斤。
4.106年：處理緝獲之走私畜禽371隻/受精蛋474枚、走私畜禽產品18,074.30公斤。
5.107年：處理緝獲之走私畜禽409隻/受精蛋59枚、走私畜禽產品330.00公斤。
同上
檢疫犬執勤管理、訓練及檢疫宣導計畫
強化本局主管法規之執行成效，有效打擊與攔截國外有害生物入侵、推廣全民防檢疫概念與作法，以落實防檢疫工作，確保農業生產環境及生態安全。
各年度統計資料如下：
1.103年度：查獲入境旅客攜帶動植物及其產品逾5.1萬件（植物產品約3.4萬件；動物產品約1.7萬件）、58公噸（植物產品約36.5公噸；動物產品約21.5公噸）。
2.104年度：查獲動植物及其產品逾5.4萬件（植物產品約3.5萬件；動物產品約1.9萬件）、57公噸（植物產品約37.4公噸；動物產品約19.6公噸）。
3.105年度：查獲動植物及其產品逾5.8萬件（植物產品約3.6萬件；動物產品約2.2萬件）、63公噸（植物產品約42公噸；動物產品約21公噸）。
4.106年度：查獲動植物及其產品逾5.6萬件（植物產品約3.5萬件；動物產品約2.1萬件）、68公噸（植物產品約43.6公噸；動物產品約24.9公噸）。
5.107年度：查獲動植物及其產品逾6.1萬批（植物產品約3.8萬件；動物產品約2.3萬件）、重約70公噸（植物產品約42公噸；動物產品約28公噸）。
財政部關務署、衛福部食藥署
新世代反毒策略計畫
邊境查緝
1.107年查獲毒品毛重7,212.31公斤，較106年查獲4,438.8公斤增加，創海關新高。
2.107年至108 年3 月原料藥邊境查驗累計報驗3,456 批，抽批檢驗373 批，均符規定。
財政部國庫署、賦稅署、關務署及各地方政府依查緝權責分工執行
財政部100年度至108年度加強查緝私劣菸酒策進計畫、105年度「查緝走私菸品精進執行方案」
持續維護菸酒市場產銷秩序，降低私劣菸酒對稅收及菸酒市場所造成之衝擊，並保障合法業者及消費者權益。
各年度查緝績效：
1.100年度：菸1,108.65萬包。
2.101年度：菸1,343.69萬包。
3.102年度：菸2,129.53萬包。
4.103年度：菸1,690.35萬包。
5.104年度：菸1,055.17萬包。
6.105年度：菸990.93萬包。
7.106年度：菸2,086.50萬包。
8.107年度：菸1,801.75萬包。
9.108年度：菸700.23萬包(1-5月) 。
財政部關務署
財政部關務署加強肅槍執行計畫
邊境查緝
107年查獲具殺傷力槍支619把及子彈1萬2,749發，較106年查獲9把543發增加，為近年新高。
同上
財政部關務署加強菸品查緝執行計畫
邊境查緝
106、107年查獲私菸1,112.1萬包、806.7萬包，較104、105年查獲271.2、211.5萬包增加。
※註：1.資料來源，內政部警政署、農業委員會防疫檢疫局、衛生福利部食藥署、財政部關務署、國庫署提供，本研究彙整。
(三)監察院數度提出糾正案或調查報告指出，我國邊境管制、查驗措施及跨機關之合作等項目，尚存改善之處
針對邊境管理相關政策、措施及缺失，監察院數度提出糾正案或調查報告，諸如：104年度提出財正0014「金門料羅港為小三通貨物通航港口，…；財政部關務署及所屬高雄關職司通關查驗及邊境管制任務，未能善盡風險管理，…。」、內正0013「衛生福利部食品藥物管理署於國內暫停受理日本福島、茨城、櫪木、群馬及千葉縣生產製造之食品報驗後，…，邊境管制發生重大疏漏；…。」、內正0013「衛生福利部食品藥物管理署於國內暫停受理日本福島、茨城、櫪木、群馬及千葉縣生產製造之食品報驗後，並未建立管制配套措施，…，邊境管制發生重大疏漏；…。」及內正0022「衛生福利部食品藥物管理署…；又對違規食品之證明文件認定基準及採行下架措施之抉擇不一，而衍生出整體邊境查驗措施把關鬆散；…。」等糾正案；104年度及107年度亦分別提出內調0043「國內知名連鎖英式飲料店花茶原料遭驗出禁用之DDT殺蟲劑，…，究主管機關對歷次事件所為之邊境查驗、…等管理措施是否足夠？」及內調0086「衛生福利部為把關日本進口食品之安全，…，惟國內邊境查驗、…、人力及量能是否足適，…，顯攸關國人健康安全至鉅。」等調查報告。以上均凸顯我國邊境管制、查驗措施及跨機關之合作等，尚存改善之處。