我國邊境治安係由內政部警政署航警局、刑事警察局及移民署國境事務大隊共同辦理，其人事均隸屬於內政部警政署及移民署，其中，刑事警察局及移民署之經費係編列於內政部警政署單位預算中，惟航警局之經費則編列於交通部民航作業基金預算中，導致人事與預算之管理不一致情事，說明如下：
(一)航空警察局隸屬於內政部警政署
航空警察局為維護航空事業及民航場站治安秩序之專業警察，具有獨立完整之組織體系，隸屬於內政部警政署，其前身係民航事業發展需要，於59年成立「臺灣航空警察所」，隸屬於當時之臺灣省警務處，是我國航空警察建制單位之創始。67年為配合中正國際機場（自95年11月1日起改名臺臺灣桃園國際機場）開航，裁撤「臺灣航空警察所」，成立「內政部警政署航空警察局」，隸屬於內政部警政署。68年內政部警政署航空警察局本部由臺北松山機場遷至臺灣桃園國際機場，另在台北市松山機場與高雄市小港國際機場分設台北分局及高雄分局；並在台中、嘉義、台南、花蓮、台東、綠島、蘭嶼、馬公、望安、七美、金門及屏東等12處機場設有分駐、派出所；另在馬祖北竿機場設有勤務組，轄區係依駐地機場及其周邊為範圍，主要業務係維護出入機場川流不息之旅客、在機場內工作之航空公司及公(民)營事業機構員工等安全。
(二)近年度邊境查獲恐怖分子及通緝犯情形
近年度警政署航警局、刑事警察局及移民署國境事務大隊合作之邊境管理績效如下：查獲恐怖份子及通緝犯之成果，101年度至108年度截至3月底，每年度查獲恐怖份子介於6人至38人，查獲通緝犯介於299人至1,296人，合計查獲恐怖分子126人及通緝犯8,724人，且查獲恐怖分子從101年度之0人，增加至107年度之38人；查獲通緝犯從101年之1,164人，增加至107年度之1,258人，均呈現增加情形(詳附表3-3-1)，顯示打擊犯罪之成效尚佳。
(三)警政署航空警察局編制與預算問題，多頭馬車恐生管理不一致情事
航空警察局隸屬於內政部警政署，人事調度係由內政部警政署管轄，且航警局預算係編列於交通部所屬交通作業基金附屬單位預算之分預算民航作業基金，103年度至108年度預算數介於31億4,404萬2千元至於34億1,016萬8千元間(詳附表3-3-2)；而航空警察局在執行民用航空業務時，受交通部民用航空局之指揮監督，多頭馬車恐生管理不一致情事，且不利事權統一，施政計畫與預算難以密切配合，恐難有效檢討計畫成果。
綜上，航空警察局為維護航空事業及民航場站治安秩序之專業警察，具有獨立完整之組織體系，隸屬於內政部警政署。惟航空警察局在執行民用航空業務時，係受民航局之指揮監督，其編制與預算問題多頭馬車，恐生管理不一致情事，且不利事權統一，施政計畫與預算難以密切配合，恐難有效檢討計畫成果，相關單位允宜檢討改進。
附表3-3-1：近年度邊境查獲恐怖分子及通緝犯概況表 單位：人
年度
恐怖份子
通緝犯
合計
101
0
1,164
1,164
102
6
1,096
1,102
103
8
1,228
1,236
104
16
1,235
1,251
105
22
1,209
1,231
106
30
1,235
1,265
107
38
1,258
1,296
108
6
299
305
合計
126
8,724
8,850
※註：1.資料來源，內政部國境事務大隊提供，本研究彙整。
2.108年度數據係統計截至3月底。
附表3-3-2：內政部警政署航空警察局預決算明細表單位：新台幣千元
年度
預算數
決算數
執行率
103
3,268,947
3,038,954
92.96%
104
3,144,042
3,024,672
96.20%
105
3,208,758
2,975,859
92.74%
106
3,267,131
3,082,173
94.34%
107
3,195,265
3,115,270
97.50%
108
3,410,168
753,724
22.10%
※註：1.資料來源，內政部警政署提供，本研究彙整。
2.108年度數據係統計截至3月底。