自86年度制定菸害防制法及98年度實施新規定實施以來，我國於大部分室內公共及工作場所執行禁菸，菸品容器開始印製警示圖文，在各項策略推動下，成年人吸菸率由97年度之21.9%降至107年度之13.0%，大幅減少4成(40.6%)，然市場上仍流通為數不少之非法菸品，進而造成國庫稅捐流失，謹說明如次：
(一)每千支菸品之菸稅及健康福利捐已分別調升1,000元及750元
我國自91年度起施行菸酒稅法，開始課徵菸稅及健康福利捐，不僅挹注財政收入，亦發揮以價制量之效果，其課稅範圍包含全部或部分以菸草或其代用品作為原料，製成可供吸用、嚼用、含用、聞用或以其他方式使用之製成品，分為紙菸、菸絲、雪茄及其他菸品四類課徵，並從該年度起，每千支菸品課徵590元之菸稅，復為挹注長期照顧服務財源，自106年6月12日起調漲1,000元，調整後為1,590元；健康福利捐同在91年度每千支菸品徵起250元，並分別於95年度及98年度調漲250元及500元，合計調升750元，調整後為1,000元，歷次修訂之菸稅及健康福利捐課稅項目與應徵稅捐額詳附表3-6-1。
附表3-6-1：菸稅及健康福利捐歷年之應徵稅額 單位：元/每千支
課徵項目
菸稅
健康福利捐
91.1.1起
106.6.12起
91.1.1起
95.2.16起
98.6.1起
紙菸
590元
1,590元
250元
500元
1,000元
菸絲
590元
1,590元
250元
500元
1,000元
雪茄
590元
1,590元
250元
500元
1,000元
其他菸品
590元
1,590元
250元
500元
1,000元
※註：1.資料來源，財政部提供，本研究彙整。
(二)菸稅及健康福利捐歷年徵起數呈上升趨勢，107年度合計達730.75億元，占全國賦稅收入之3.06%
我國自91年度起徵收菸稅及健康福利捐，各年度菸稅除107年度為449億元外，其餘年度多維持在200億元至250億元之間，其占全國賦稅收入比重除3個年度(103至105年度)未達1%外，其餘年度介於1.10%~1.92%之間；另健康福利捐自開徵以來，呈現快速上升趨勢，91年度僅82.98億元，歷經95及98年度兩次調高健康福利捐後，98年度起健康福利捐(249.11億元)已超過菸稅(213.73億元)，99年度至106年度均逾320億元，107年度雖降至281.86億元，仍較91年度成長約2.4倍，復揆其占全國賦稅收入比重變化頗大，不似菸稅穩定，最低者為94年度之0.66%，最高者為99年度之2.14%。整體而言，兩項稅捐合計金額概呈上升態勢，從91年度僅278.82億元，上升至107年度之730.75億元，占當年度全國賦稅收入除98年度至102年度及107年度共6年度逾3%外，其餘11年度介於2.23%(94年度)至2.74%(92年度)之間(詳附表3-6-2)。
附表3-6-2：菸稅及健康福利捐歷年徵起數及占全國稅收比率概況表
單位：新台幣億元；%
年度
菸稅
(1)
(1)/全國稅收
健康福利捐(2)
(2)/全國稅收
合計(3)=
(1)+(2)
(3)/全國稅收
91
195.84
1.60
82.98
0.68
278.82
2.27
92
240.55
1.92
102.17
0.82
342.72
2.74
93
228.01
1.64
96.61
0.70
324.62
2.34
94
245.18
1.56
103.87
0.66
349.05
2.23
95
243.73
1.52
175.08
1.09
418.81
2.62
96
234.52
1.35
198.88
1.15
433.40
2.50
97
237.32
1.35
201.15
1.14
438.47
2.49
98
213.73
1.40
249.11
1.63
462.84
3.02
99
205.06
1.26
347.95
2.14
553.01
3.41
100
203.98
1.16
346.09
1.96
550.07
3.12
101
202.56
1.13
343.52
1.91
546.08
3.04
102
206.84
1.13
350.57
1.91
557.41
3.04
103
194.05
0.98
328.89
1.66
522.94
2.65
104
195.27
0.91
330.97
1.55
526.24
2.47
105
202.75
0.91
343.63
1.55
546.38
2.46
106
247.16
1.10
321.78
1.43
568.94
2.53
107
448.89
1.88
281.86
1.18
730.75
3.06
※註：1.資料來源，財政部提供，本研究彙整。
(三)近17年度平均每年查獲非法菸品逾1,500萬包，然迄今尚無正式官方報告估列每年流入我國之非法菸品數量及稅捐流失數
依據財政部資料顯示，近17年度(91至107年度)由關務署會同相關單位及地方政府查獲之非法菸品數量平均為1,511.68萬包(詳附表3-6-3)，復該部財政統計通報(第16號)指出「為配合籌措長照財源，106年6月12日正式施行新菸品稅制，每包菸稅調漲 20 元，所增加之稅課收入挹注長照基金，原紙菸稅捐每包為38.3元，新制後為59.25元。」是以，倘107年度查獲之非法菸品1,801.75萬包全數經由合法管道銷售，預計國庫可收取10.68億元之稅捐收入。又，綜觀歷年查獲非法菸品數量相差頗大，部分原因係反映健康福利捐調漲，如98至99年度；部分原因與菸稅調漲有關，如106至107年度，然95年2月調漲健康福利捐，該年度查獲之非法菸品數量卻為5年來新低，其後2年度(96至97年度)之查獲量也未見大幅增加，爰主管機關宜針就各年度查獲量之消長予以探究並分析原因。
附表3-6-3：91年度至107年度違法菸品查獲數量表 單位：萬包；%
年度
地方政府
通商口岸
合計=
(1)+(4)
數量(1)
占整體查獲%
關務署
(2)
會同相關單位(3)
小計(4)=
(2)+(3)
占整體查獲%
91
351.29
13.26
2,298.88
2,298.88
86.74
2,650.17
92
201.11
7.66
2,424.50
2,424.50
92.34
2,625.61
93
763.60
34.67
1,439.01
1,439.01
65.33
2,202.61
94
403.88
32.36
844.23
844.23
67.64
1,248.11
95
366.03
55.37
295.01
295.01
44.63
661.04
96
676.52
62.07
413.34
413.34
37.93
1,089.86
97
322.51
72.31
123.47
123.47
27.69
445.98
98
579.20
56.35
448.61
448.61
43.65
1,027.81
99
763.94
49.58
776.87
776.87
50.42
1,540.82
100
772.28
69.66
336.37
336.37
30.34
1,108.65
101
963.8171.73
379.89
379.89
28.27
1,343.69
102
1,569.07
73.68
560.46
560.46
26.32
2,129.53
103
838.90
49.63
10.58
840.87
851.44
50.37
1,690.35
104
784.02
74.30
20.54
250.61
271.15
25.70
1,055.17
105
779.40
78.65
18.35
193.18
211.52
21.35
990.93
106
974.38
46.70
21.43
1,090.69
1,112.12
53.30
2,086.50
107
995.02
55.23
44.15
762.58
806.73
44.77
1,801.75
平均
712.06
47.10
615.04
627.59
799.62
52.90
1,511.68
※註：1.資料來源，財政部提供，本研究彙整。
由上可知，每年度均查獲為數不少之非法菸品，然針對每年流入我國境內之非法菸品所造成之稅捐流失數，詢據財政部表示迄今尚無正式之官方估計數；學者羅光達等3人以2010年至2013年我國進出口貿易資料，分別以靜態法及動態法推估稅捐流失數，兩種方法4年平均為49.16億元，走私菸品數量推估平均為1億5,826萬包；又研究機構牛津經濟研究院(Oxford Economics)於107年度公布對我國106年度非法菸品調查研究中推估該年度我國非法菸品消費量約22億支(相當1億1,000萬包)，至非法菸品占整體菸品市場比率，該研究院概估為6.2%，另中華民國菸葉協會101年度私劣菸品研究報告指出，國內近3年度白牌菸數量占整體菸品市場之3.3%至5.6%，107年度調查復顯示「臺灣市場之非法菸品情況，與前兩年相較並無明顯差異，氾濫程度仍然嚴重。本會今年之調查中發現，白牌菸品有市場高度集中化之現象，南部地區白牌菸品比例高達全台之67.3%」，而未稅菸占我國菸品市場比率高達6.4%，為歷年來之新高，此與牛津經濟研究院研究結果頗為相近。
據此，政府每年雖查獲逾1,500萬包之非法菸品，然恐有為數不少之非法菸品未透過合法管道流入我國，連帶使國庫未能收取關稅、菸稅、健康福利捐及營業稅等相關稅捐，亦使吸食非法菸品國民之健康安全陷於未知風險中；然衛福部、財政部等菸害防制、健康福利捐運用、課徵菸稅及查緝非法菸品等機關，迄今未有對每年流入我國之非法菸品進行數量及相關稅捐流失之估測及分析，恐不利作為非法菸品查緝、菸害防制、菸捐運用及長期照顧政策調整方向之參據。