為鼓勵個人或營利事業積極參與公益活動，輔助及彌補政府公共支出之不足，並避免稅捐徵課影響其從事公益活動之資金與能力，現行稅法及相關法律對經主管機關核准之教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)，於符合一定要件下，提供適度租稅減免優惠，提升民間從事公益活動誘因。其中所得稅法第4條第1項第13款規定，教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得免納所得稅，爰機關團體之盈餘並非當然免稅。經查：
(一)為鼓勵民間從事公益活動，政府已提供相當之租稅減免優惠
1.依各區國稅局提供機關團體收入申報及課稅資料顯示，106年度餘絀小於0之機關團體計有1萬4,341家、占申報家數之42.87%，其中收入總額大於10億元者17家；另餘絀大於0之機關團體計有1萬9,111家、占申報家數之57.13%，應納稅額14億2,158萬3千元，平均應納稅額約7萬4千元，其中收入總額大於10億元者100家、應納稅額8億6,396萬7千元，平均應納稅額約864萬元。
2.107年度餘絀小於0之機關團體計有1萬3,992家、占申報家數之42.65%，其中收入總額大於10億元者14家；餘絀大於0之機關團體計有1萬8,811家、占申報家數之57.35%，應納稅額20億5,905萬4千元，平均應納稅額約10萬9千元，其中收入總額大於10億元者62家、應納稅額10億5,322萬7千元，平均應納稅額1,698萬8千元(詳附表1)。
3.依據財政部105年度營利事業所得稅結算申報核定統計清冊顯示，105年度申報家數86萬7,926家，應納稅額4,659億2,627萬6千元，平均應納稅額約53萬7千元，其中營業收入淨額5億元者7,526家，應納稅額3,683億5,757萬7千元，平均應納稅額約4,894萬5千元，相較於一般營利事業，機關團體之稅負顯然較輕，顯示政府為鼓勵民間從事公益活動，已提供相當之租稅減免優惠。
(二)現行機關團體之稅制仍存有若干缺失，惟考量目前機關團體之規模及囿於現行稽徵人力，恐難以落實查核
1.機關團體數量龐大、類型態樣複雜、規模差異大，而目前常見稅制缺失包括:取得免稅資格容易、免納租稅範圍過於廣泛、對於營業行為之定義不夠明確、免稅要件之規範過於形式等。復依教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項第8款規定：「其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入百分之六十。…。」上開要件之確認亦具高度專業性。
2.各區國稅局每年對機關團體申報案件雖已進行選案查核(詳附表2)，106年度及107年度分別抽查1,169件及1,100件，抽查比率約為3.5%，然目前機關團體數量龐大、種類繁多，且囿於現行稽徵人力，機關團體之查核仍偏重在書面及形式上之審核，深度及密度恐有不足。
綜上，政府為鼓勵公益及行善，對機關團體給予較多之稅負優惠，立意良善，惟為促使公益團體集中其資源投入於符合創設目的之公益活動，並防杜部分機關團體享有租稅優惠而未從事其創設目的活動，財政部及各區國稅局允宜強化及周延免稅要件，並持續加強查核，以維租稅公平。
附表1：106年度及107年度機關團體營所稅申報情形單位:新臺幣千元
收入總額區間
106年度
107年度
本期餘絀數≦0者
本期餘絀數>0者
本期餘絀數≦0者
本期餘絀數>0者
家數
家數
應納稅額
家數
家數
應納稅額
S≦1千萬
13,178
16,095
32,211
12,962
15,886
40,415
1千萬 841 1,811 58,808 805 1,876 127,607 5千萬 140 385 48,537 115 370 79,796 1億 165 720 418,060 96 617 758,009 S>10億 17 100 863,967 14 62 1,053,227 合計 14,341 19,111 1,421,583 13,992 18,811 2,059,054 ※註：1.資料來源，5區國稅局提供。 附表2：106年度及107年度機關團體抽查及補稅情形表單位：新臺幣千元 機關名稱 查核年度 抽查件數 補稅件數 補稅金額 台北國稅局 106 379 46 12,808 107 386 36 6,514 北區國稅局 106 246 35 6,248 107 252 45 22,462 中區國稅局 106 179 41 6,744 107 186 21 4,276 南區國稅局 106 271 30 7,945 107 176 20 3,636 高雄國稅局 106 94 7 436 107 100 3 212 合計 106 1,169 159 34,181 107 1,100 125 37,100 ※註：1.資料來源，5區國稅局提供。