91年實施緩起訴處分制度後，審計部自92年度起年年於中央政府總決算審核報告中，對支付予公益團體之緩起訴處分金收支監督管理之缺失提出審核意見；該部並於98年間將相關缺失函報監察院，經該院於98年10月提出相關缺失調查報告，請法務部確實檢討改善在案；101年10月，監察院針對審計部查核95年至99年度緩起訴處分金之缺失，再次提出調查報告。而法務部亦配合修正作業要點就缺失項目納入規範，惟仍無法有效改善，說明如下：
作業要點規定未盡周延，配合修正相關規定者
法務部為改善相關缺失，參酌審計部審核意見及監察院調查意見修正作業要點，強化對緩起訴處分金收支運用之管理，包括：緩起訴處分金收據應註明不得扣抵稅額、各團體事先向檢察機關提出計畫，並陳報執行情形、檢察機關應公開緩起訴處分金之支用及審核結果、其他政府機關應補助項目不予支付、緩起訴處分金改由檢察機關指定撥付、當期列冊之各團體金額應參酌前期核撥情形決定，以減少其賸餘、各團體運用緩起訴處分金之賸餘應繳交檢察機關指定支付對象、檢察機關應斟酌各公益團體之自籌款比例，妥適撥付緩起訴處分金。
未確實依審核意見及該要點辦理者
法務部於各年決算審核意見皆請各地檢署改善，並於修正作業要點時納入規範，惟仍有未落實辦理之情形，致部分缺失重覆發生，如公益團體緩起訴處分金收據未註明不得扣抵稅額、部分公益團體之緩起訴處分金與政府預算重疊等；另部分地檢署透過特定公益團體轉撥緩起訴處分金予他公益團體、未建立公益團體之緩起訴處分金與其他政府經費或補助之查核機制之缺失，迄101年底仍未改善（詳附表8）。
附表8：未確實依審核意見及該要點辦理之缺失彙整表
缺失項目
審核意見年度
作業要點之規定
1.部分公益團體緩起訴處分金收據未註明不得扣抵稅額。
93、94、95、98、99
收據應註明係緩起訴處分金且不可作為扣抵所得稅之用。
2.部分公益團體之緩起訴處分金與政府預算有所重疊。
96、99、101
政府應編或已編經費不予支付。
3.部分地檢署未與受支付緩起訴處分金公益團體訂定契約，相關權利義務未臻明確。
98、99
檢察機關應與受支付對象簽訂契約。
4.部分地檢署未完成各團體該年度執行之查核即續列合格名冊。
98、99、101
檢察機關應查核各團體緩起訴處分金運用情形，依據查核結果決定是否續列合格名冊。
5.公益團體除名後，未儘速將餘款追回。
97、98、99
未依規定執行之公益團體應自名冊除名並視情節輕重返還已支付金額。
6.地檢署審核公益團體申請計畫時，未要求各該公益團體應有一定比例之自籌款，即予通過支付。
100、101
各檢察機關應斟酌各公益團體之自籌款比例，妥適撥付緩起訴處分金。
7.公益團體未支用緩起訴處分金餘額過高。
99、100、101
各檢察機關應注意均衡分配緩起訴處分金，避免過度集中撥付少數團體。
8.部分地檢署將緩起訴處分金透過特定公益團體轉撥其他公益團體。
99、100
-
9.未建立公益團體之緩起訴處分金與其他政府經費或補助之查核機制，致各地檢署難以審核公益團體有無接受其他政府補助。
98
-
※註：1.資料來源，審計部各年度中央政府總決算審核報告；本中心製表整理。
2.本表第1項至第6項於95年修正作業要點時納入規範，第7項於98年修正作業要點時納入規範。
綜上，法務部雖參酌審計部之審核意見及監察院調查報告，修正作業要點將相關缺失納入規範，惟部分缺失仍重覆發生，顯見各檢察機關未能有效控管緩起訴處分金之執行，亦更加證明作業要點拘束力不足，連法務部所屬之各檢察機關尚未能完全遵循，遑論受支付之公益團體、地方自治團體。