部分財團法人收入高度仰賴政府部門，財務自籌能力欠佳，且人事費用有偏高之情形，營運成本相對甚為沉重，以101年度為例，說明如下：
部分財團法人接受政府捐補助及委辦收入達總收入五成以上，甚有逾九成者
接受政府捐補助及委辦收入占總收入逾五成者有47家，以經濟部所轄13家最多，其次為農委會所轄6家、文化部7家、內政部及衛生署各4家、外交部3家、教育部及國科會各2家，其餘5個部會及司法院所轄各1家(詳附表3.4.1)。另前揭47家財團法人，以101年度為例，其接受政府補助、委辦收入超過總收入九成者有20家，包括農委會、經濟部、外交部、國科會各2家、文化部4家、衛生署3家、教育部、通傳會、司法院、蒙藏會及退輔會各1家，顯示該等財團法人財務自籌能力極低，高度仰賴政府財源挹注。
部分財團法人財務自籌能力欠佳，且人事費用沉重
前揭仰賴政府補、捐助款超過年度收入五成以上之47家財團法人，其人事費占總支出比率超過五成者，計有13家包括農委會2家、經濟部4家、文化部2家、內政部、衛生署、外交部、環保署及通傳會各1家。其中臺灣兩岸漁業合作發展基金會、中央通訊社及醫藥品查驗中心人事費用占總支出比率更高達7成以上，為避免各公設財團法人將政府挹注之財源，用於擴編人事，各主管機關除促請研發型之財團法人應審慎進用研究員額外，對其相關行政員額之進用，有規範之必要，以杜爭議。
附表3.4.1：101年度接受政府補助及委辦收入逾總收入五成財團法人
單位：新台幣千元；％
財團法人名稱
政府捐助原始
％
政府累計捐助
％
政府補助收入(1)
政府委辦收入(2)
(1)+(2)
總收入
(3)
政府收入占總收入％
人事費占總支出％
農委會6家
台灣優良農產品發展協會
50.00
35.00
62,286
26,976
89,262
100,013
89.25
18.70
中央畜產會
100
100
183,487
400,887
584,374
700,525
83.42
60.63
台灣動物科技研究所
77.80
77.80
142,576
85,651
228,227
334,036
68.32
37.22
中華民國對外漁業合作發展協會
100
96.92
19,249
52,485
71,734
81,649
87.86
13.76
臺灣兩岸漁業合作發展基金會
57.00
57.00
3,223
4,590
7,813
8,034
97.25
70.34
台灣養殖漁業發展基金會
91.05
91.05
125,451
4,442
129,893
130,047
99.88
10.99
經濟部13家
中國生產力中心
60.98
60.97
15,106
735,325
750,431
1,331,606
56.36
33.67
紡織產業綜合研究所
50
0.43
496,409
68,769
565,178
990,241
57.07
40.88
金屬工業研究發展中心
100
100
867,223
613,203
1,480,426
2,205,496
67.12
33.49
台灣地理資訊中心
100
100
0
107,833
107,833
184,656
58.40
61.91
工業技術研究院
100
100
9,057,972
4,976,764
14,034,736
18,853,238
74.44
37.27
船舶暨海洋產業研發中心
85.92
85.92
108,296
93,297
201,593
290,443
69.41
68.37
中華經濟研究院
90.90
90.72
68,988
328,352
397,340
552,426
71.93
50.16
中衛發展中心
53.44
53.44
38,715
634,268
672,983
895,156
75.18
32.53
自行車暨健康科技工業研究發展中心
58.82
58.82
152,818
9,600
162,418
241,985
67.12
37.43
石材暨資源產業研究發展中心
53.75
53.75
95,072
101,806
196,878
250,882
78.47
29.40
商業發展研究院
44.33
44.33
152,112
85,664
237,776
253,723
93.71
41.39
生物技術開發中心
33.33
86.67
759,588
57,627
817,215
976,153
83.72
39.35
專利檢索中心
100
100
41,816
0
41,816
42,008
99.54
60.56
文化部7家
金門酒廠胡璉文化藝術基金會
100
100
15,000
0
15,000
15,426
97.23
30.67
臺灣博物館文教基金會
100
85.47
2,100
0
2,100
2,264
92.76
5.30
中央通訊社
100
100
315,341
52,861
368,202
554,723
66.38
73.82
中央廣播電臺
100
100
465,839
15,282
481,121
645,566
74.53
51.25
中華民國電影事業發展基金會
80
80
48,605
4,916
53,521
87,120
61.43
24.71
國家電影資料館
100
100
82,715
0
82,715
85,771
96.44
20.40
公共電視文化事業基金會
100
100
1,207,125
803,929
2,011,054
2,191,556
91.76
28.49
內政部4家
二二八事件紀念基金會
100
100
0
42,956
42,956
53,834
79.79
31.24
婦女權益促進發展基金會
100
100
19,937
3,807
23,744
38,737
61.30
41.05
國土規劃及不動資訊中心
100
100
0
46,303
46,303
60,607
76.40
55.11
台灣建築中心
56.18
60.85
22,512
102,541
125,053
237,370
52.68
29.74
衛生署4家註2
器官捐贈移植登錄中心
100
89.93
50,315
0
50,315
50,938
98.77
16.51
醫院評鑑暨醫療品質策進會
76.93
81.64
250
135,166
135,416167,026
81.07
43.07
醫藥品查驗中心
100
100
146,496
164,186
310,682
311,716
99.67
73.63
國家衛生研究院
100
100
2,412,406
576,641
2,989,047
3,163,9309
94.18
29.68
外交部3家
國際合作發展基金會
93.15
100
0
1,160,903
1,160,903
1,461,225
79.45
43.05
臺灣民主基金會
100
100
140,873
0
140,873
141,625
99.47
12.35
太平洋經濟合作理事會中華民國委員會
67.00
67.00
18,358
0
18,358
18,568
98.87
51.17
國科會2家
國家實驗研究院
100
100
5,111,855
410,823
5,522,678
5,850,689
94.39
25.30
國家同步輻射研究中心
100
100
1,535,003
0
1,535,003
1,559,512
98.43
28.94
教育部2家
高等教育評鑑中心基金會
66.67
66.67
50,191
57,227
107,418
110,199
97.48
33.03
高等教育合作基金會
68.60
64.55
23,147
0
23,147
28,640
80.82
34.26
環保署-環境資源研究發展基金會
100
100
0
25,994
25,994
45,231
57.47
52.00
通傳會-台灣網站分級推廣基金會
100
100
3,921
1,066
4,987
5,417
92.06
52.81
陸委會-海峽交流基金會
77.61
74.66
228,224
0
228,224
447,386
51.01
43.53
司法院-法律扶助基金會
100
100
709,631
30,598
740,229
806,608
91.77
20.59
蒙藏會-蒙藏基金會
40.00
89.03
498
4,524
5,022
5,515
91.06
19.20
退輔會-榮民榮眷基金會
100
100
692,773
0
692,773
739,632
93.66
0.80
※註：1.資料來源，整理自各主管部會彙整財團法人填報資料(102年度5月底)。
2.另衛生署所轄藥害救濟基金會填報委辦收入2,306萬4千元，未含代辦計畫2,440萬8千元。